varVAMP
v.1.2.1
var iable v irus amp recons（varvamp）は、非常に多様なウイルスのためにプライマーを設計するためのツールです。入力は、ウイルス（フルゲノーム）シーケンスのアラインメントです。
多くのウイルス属の場合、パン固有のプライマーを設計することは困難です。 Varvampは、曖昧な文字をプライマーに導入することでこれを解決し、3 '端で不一致を最小限に抑えます。プライマーは、入力アライメントのいくつかのシーケンスでは機能しない場合がありますが、大多数を認識する必要があります。
Varvampには3つの異なるフレーバーがあります。
シングル：Varvampは、PCRベースのスクリーニングアプローチに使用できる、非常に最高のプライマーを検索し、重複しないアンプリコンを報告します。
TILED ：VARVAMPは、グラフベースのアプローチを使用して、ウイルスゲノム全体をタイル張る重複するアンプリコンを設計します。これは、オックスフォードナノポアまたはイルミナベースのフルゲノムシーケンスに適したアンプリコンを設計します。
QPCR ：Varvampは、最適化された内部プローブ（TaqMan）を備えた小さなアンプリコンを検索します。アンプリコン二次構造のプライマーとチェックの温度差を最小限に抑えます。
私たちは、それぞれのウイルスの専門家と協力して、すでにさまざまなウイルス病原体のプライマースキームを設計およびウェットラブ評価しています。すべての入力データとvarvamp出力は、ここで自由に利用できます。
さらに、Varvamp PrimersがPrimerschemesで利用可能になりました。 Varvampは、ARTICV3形式のプライマーベッドファイルを報告します。 QuickLabのこのGitHubリポジトリを介して、新しく設計されたスキームを自由に提供してください。 Chris Kentが開発したPrimal-Pageを使用して、互換性のあるプルリクエストのデータを生成します。
Varvamp：非常に多様なウイルス性病原体のタイル張りの完全なゲノムシーケンスとQPCRのための自動PAN固有のプライマー設計。
biorxiv preprint
重要な免責事項： Primer Designの場合、VarvampはPrimer3を使用して、シーケンスの消化kmerが潜在的なプライマーであるかどうかを確認します。これの機能のいくつかはPrimalschemeから適応されており、私は信用を主張していません。
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