varVAMP

VAR ICE V IRUS AMP LICON（VARVAMP）是设计高度多样性病毒引物的工具。输入是病毒（全基因组）序列的对齐。

varvamp

对于许多病毒属，很难设计泛特异性底漆。 VARVAMP通过将模棱两可的字符引入底漆来解决此问题，并最大程度地减少3'末端的不匹配。引物可能不适用于您的输入一致性的某些序列，但应认识到大多数。

Varvamp有三种不同的口味：

单人：VARVAMP搜索最佳的引物，并报告可用于基于PCR的筛选方法的非重叠扩增子。

瓷砖：VARVAMP使用基于图的方法来设计整个病毒基因组的重叠扩增子。这设计适合牛津纳米孔或基于光明的全基因组测序的扩增子。

QPCR ：VARVAMP搜索具有优化内部探针（Taqman）的小扩增子。它可以最大程度地减少引物之间的温度差异，并检查扩增的二级结构。

文档

• 安装
• 准备数据
• 用法
• 输出
• 湿实验协议
• 它如何工作
• 常问问题

已经建立的底漆方案

我们与各自病毒的专家合作，已经为各种病毒病原体设计和湿lab评估了底漆方案。所有输入数据和VARVAMP输出都可以在此处自由使用。

此外，现在可以在PrimerSchemes上使用Varvamp引物。 Varvamp现在以ARTICV3格式报告底漆床文件。随意通过QuickLab的GitHub存储库来贡献新设计的方案。使用克里斯·肯特（Chris Kent）开发的Primal Page来生成兼容拉普雷斯的数据。

引用Varvamp

VARVAMP：瓷砖全基因组测序和高度多样性病毒病原体的QPCR的自动板特异性引物设计。

Biorxiv预印本

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重要的免责声明：对于引物设计，Varvamp使用Primer3检查序列消化的KMER是否是潜在的引物。某些功能是根据Primalscheme改编的，我没有声称。

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