varVAMP
v.1.2.1
Var iable V Irus Amplics (Varvamp) est un outil pour concevoir des amorces pour des virus très divers. L'entrée est un alignement de vos séquences virales (génome complet).
Pour de nombreux genres de virus, il est difficile de concevoir des amorces Pan spécifiques. Varvamp résout cela en introduisant des caractères ambigus dans des amorces et minimise les décalages à l'extrémité 3 '. Les amorces pourraient ne pas fonctionner pour certaines séquences de votre alignement d'entrée, mais devraient reconnaître la grande majorité.
Varvamp est disponible en trois saveurs différentes:
Single : Varvamp recherche les meilleures amorces et rapporte des amplicons non chevauchants qui peuvent être utilisés pour les approches de dépistage basées sur la PCR.
TILED : Varvamp utilise une approche basée sur un graphique pour concevoir des amplicons qui se chevauchent qui tuile tout le génome viral. Cela conçoit des amplicons qui conviennent au séquençage du génome complet d'Oxford Nanopore ou d'Illumina.
QPCR : Varvamp recherche de petits amplicons avec une sonde interne optimisée (Taqman). Il minimise les différences de température entre les amorces et vérifie les structures secondaires de l'amplicon.
Nous, en collaboration avec des spécialistes pour les virus respectifs, avons déjà conçu et humide évalué les schémas d'amorces pour divers agents pathogènes viraux. Toutes les données d'entrée et les sorties Varvamp sont disponibles gratuitement ici.
De plus, les amorces Varvamp sont désormais disponibles chez Primerschemes. VarVamp rapporte désormais des fichiers de lit d'amorce au format ARTICV3. N'hésitez pas à apporter des schémas nouvellement conçus via ce référentiel GitHub du QuickLab. Utilisez Primal-Page développé par Chris Kent pour générer des données pour des refonces de traction compatibles.
Varvamp: conception automatisée d'amorce PAN spécifique pour le séquençage du génome complet carrelé et qPCR des agents pathogènes viraux très divers.
Préimpression biorxiv
Avertissement important: pour la conception d'amorce, Varvamp utilise Primer3 pour vérifier si les kmers digérés d'une séquence sont des amorces potentielles. Certaines des fonctions pour cela ont été adaptées de Primalscheme et je ne revendique pas le crédit.
Le code Remaing est sous la licence GPLV3. Le code est sans garantie; Sans même la garantie implicite de qualité marchande ou d'adéquation à un usage particulier. Ce programme est un logiciel gratuit: vous pouvez le redistribuer et / ou le modifier en vertu des termes de la licence publique générale GNU publiée par la Free Software Foundation, soit la version 3 de la licence, ou (à votre option) toute version ultérieure.
