varVAMP

Var inable v irus amp licons (varvamp) هي أداة لتصميم الاشعال للفيروسات المتنوعة للغاية. المدخلات هي محاذاة تسلسلات الفيروسية (الجينوم الكامل).

فارفامب

بالنسبة للكثير من الأجناس فيروس ، من الصعب تصميم الاشعال الخاصة بالعموم. يحل Varvamp هذا عن طريق إدخال أحرف غامضة في الاشعال ويقلل من عدم التطابق في النهاية 3 '. قد لا تعمل الاشعال لبعض تسلسل محاذاة المدخلات الخاصة بك ولكن يجب أن تتعرف على الغالبية العظمى.

يأتي Varvamp في ثلاث نكهات مختلفة:

واحد : يبحث Varvamp عن أفضل الاشعال والتقارير التي تعود إلى amplicons غير متداخلة والتي يمكن استخدامها لنهج الفحص القائمة على PCR.

TILED : يستخدم Varvamp نهجًا يعتمد على الرسم البياني لتصميم Amplicons متداخلة يرتدي الجينوم الفيروسي بأكمله. هذه التصميمات Amplicons المناسبة لتسلسل جينوم كامل القائم على أكسفورد أو Illumina.

QPCR : يبحث Varvamp عن amplicons الصغيرة مع مسبار داخلي محسّن (Taqman). إنه يقلل من اختلافات درجة الحرارة بين الاشعال والتحقق من الهياكل الثانوية Amplicon.

الوثائق

• تثبيت
• إعداد البيانات
• الاستخدام
• الإخراج
• بروتوكول الرطب
• كيف تعمل
• التعليمات

مخططات التمهيدي المنشأة بالفعل

نحن ، بالتعاون مع المتخصصين في الفيروسات المعنية ، قمنا بالفعل بتصميم وتقييم مخططات التمهيديات لمسببات الأمراض الفيروسية المختلفة. جميع بيانات الإدخال ومخرجات varvamp متوفرة بحرية هنا.

علاوة على ذلك ، فإن الاشعال Varvamp متوفر الآن في Primerschemes. تقوم Varvamp الآن بالإبلاغ عن ملفات سرير التمهيدي بتنسيق ARTICV3. لا تتردد في المساهمة المخططات المصممة حديثًا عبر مستودع GitHub الخاص بـ QuickLab. استخدم الصفحة البدائية التي تم تطويرها بواسطة Chris Kent لإنشاء بيانات لرسومات السحب المتوافقة.

نقلا عن فارفامب

فارفامب: تصميم تمهيدي خاص بصياغة التسلسل الجينوم الكامل من البلاط و qPCR لمسببات الأمراض الفيروسية المتنوعة للغاية.

Biorxiv preprint

---

إخلاء المسؤولية المهم: بالنسبة لتصميم التمهيدي ، يستخدم Varvamp Primer3 للتحقق مما إذا كانت kmers المهضومة من التسلسل هي الاشعال المحتملة. تم تكييف بعض الوظائف لهذا من PrimalsCheme ولا أدعي الائتمان.

رمز REMAING هو ضمن ترخيص GPLV3. الكود بدون أي ضمان ؛ بدون حتى الضمان الضمني للتسويق أو اللياقة لغرض معين. هذا البرنامج هو برنامج مجاني: يمكنك إعادة توزيعه و/أو تعديله بموجب شروط رخصة GNU العامة العامة كما تم نشرها من قبل مؤسسة البرمجيات المجانية ، إما الإصدار 3 من الترخيص ، أو (في خيارك) أي إصدار لاحق.