varVAMP
v.1.2.1
Var iable v irus amp lisensi (VARVAMP) adalah alat untuk merancang primer untuk virus yang sangat beragam. Input ini merupakan perataan dari urutan viral (genom penuh) Anda.
Untuk banyak genera virus sulit untuk merancang primer khusus pan. Varvamp memecahkan ini dengan memperkenalkan karakter ambigu ke dalam primer dan meminimalkan ketidakcocokan di akhir 3 '. Primer mungkin tidak berfungsi untuk beberapa urutan penyelarasan input Anda tetapi harus mengenali mayoritas besar.
Varvamp hadir dalam tiga rasa yang berbeda:
Single : Varvamp mencari primer terbaik dan melaporkan kembali amplikon non-tumpang tindih yang dapat digunakan untuk pendekatan skrining berbasis PCR.
Ubin : Varvamp menggunakan pendekatan berbasis grafik untuk merancang amplikon yang tumpang tindih yang ubin seluruh genom virus. Ini merancang amplikon yang cocok untuk Oxford Nanopore atau sekuensing genom penuh berbasis Illumina.
QPCR : Varvamp mencari amplikon kecil dengan probe internal yang dioptimalkan (TAQMAN). Ini meminimalkan perbedaan suhu antara primer dan pemeriksaan untuk struktur sekunder amplikon.
Kami, bekerja sama dengan spesialis untuk virus masing-masing, telah merancang dan membasahi skema primer untuk berbagai patogen virus. Semua data input dan output varvamp tersedia secara bebas di sini.
Selain itu, primer Varvamp sekarang tersedia di primerschemes. Varvamp sekarang melaporkan file tempat tidur primer dalam format ArtiCV3. Jangan ragu untuk menyumbangkan skema yang baru dirancang melalui repositori github QuickLab ini. Gunakan Primal-Page yang dikembangkan oleh Chris Kent untuk menghasilkan data untuk permintaan tarik yang kompatibel.
VARVAMP: Desain primer spesifik panel otomatis untuk sekuensing genom penuh ubin dan qPCR dari patogen virus yang sangat beragam.
pracetak biorxiv
Penafian penting: Untuk desain primer, Varvamp menggunakan Primer3 untuk memeriksa apakah kmers yang dicerna dari suatu urutan adalah primer potensial. Beberapa fungsi untuk ini diadaptasi dari primalscheme dan saya tidak mengklaim kredit.
Kode Remaing berada di bawah lisensi GPLV3. Kode itu tanpa jaminan apa pun; bahkan tanpa jaminan tersirat dari dapat diperjualbelikan atau kebugaran untuk tujuan tertentu. Program ini adalah perangkat lunak gratis: Anda dapat mendistribusikannya kembali dan/atau memodifikasinya berdasarkan ketentuan lisensi publik umum GNU seperti yang diterbitkan oleh Yayasan Perangkat Lunak Gratis, baik versi 3 lisensi, atau (pada opsi Anda) versi selanjutnya.
