varVAMP
v.1.2.1
VAR ISIBE V IRUS AMP LICONS (VARVAMP) ist ein Werkzeug zum Entwerfen von Primern für sehr unterschiedliche Viren. Die Eingabe ist eine Ausrichtung Ihrer viralen (vollständigen Genom-) Sequenzen.
Für viele Virengattungen ist es schwierig, panspezifische Primer zu entwerfen. Varvamp löst dies durch Einführung mehrdeutiger Zeichen in Primer und minimiert Fehlanpassungen am 3' -Ende. Primer funktionieren möglicherweise nicht für einige Sequenzen Ihrer Eingabeausrichtung, sollten jedoch die große Mehrheit erkennen.
Varvamp gibt es in drei verschiedenen Geschmacksrichtungen:
Single : Varvamp sucht nach den besten Primern und meldet nicht überlappende Amplikons, die für PCR-basierte Screening-Ansätze verwendet werden können.
TILED : Varvamp verwendet einen graphbasierten Ansatz, um überlappende Amplikons zu entwerfen, die das gesamte virale Genom fliesen. Dies entwirft Amplikons, die für die Sequenzierung von Oxford Nanopore oder für die Sequenzierung auf Illumina basieren.
QPCR : Varvamp sucht nach kleinen Amplikonen mit einer optimierten internen Sonde (Taqman). Es minimiert Temperaturunterschiede zwischen den Primern und Überprüfungen auf Amplikonsekundärstrukturen.
Wir haben in Zusammenarbeit mit Spezialisten für die jeweiligen Viren bereits Primerschemata für verschiedene virale Krankheitserreger entworfen und nass labiert. Alle Eingangsdaten und Varvamp -Ausgänge sind hier frei verfügbar.
Darüber hinaus sind Varvamp -Primer bei PrimerSchemes verfügbar. Varvamp berichtet jetzt Primer -Bettdateien im Articv3 -Format. Fühlen Sie sich frei, neu gestaltete Schemata über dieses Github -Repository des QuickLab beizutragen. Verwenden Sie die von Chris Kent entwickelte Primal-PAGE, um Daten für kompatible Pull-Requests zu generieren.
VARVAMP: Automatisches pan-spezifisches Primerdesign für geflieste vollständige Genomsequenzierung und qPCR von hochvern verschiedenen viralen Krankheitserregern.
Biorxiv Preprint
Wichtiger Haftungsausschluss: Für das Primer -Design verwendet Varvamp Primer3, um zu prüfen, ob verdaute Kmer einer Sequenz potenzielle Primer sind. Einige der Funktionen hierfür wurden von PrimalScheme angepasst, und ich beanspruchte keine Gutschrift.
Der Remaing -Code befindet sich unter der GPLV3 -Lizenz. Der Code ist ohne Garantie; Ohne die implizite Garantie für Handelsfähigkeit oder Eignung für einen bestimmten Zweck. Dieses Programm ist kostenlose Software: Sie können es neu verteilt und/oder unter den Bestimmungen der GNU General Public Lizenz wie von der Free Software Foundation, entweder Version 3 der Lizenz veröffentlicht, oder (nach Ihrer Option) jede spätere Version ändern.
