หน้าแรก>การเขียนโปรแกรมที่เกี่ยวข้อง>โค้ดแหล่งที่มา AI
ดาวน์โหลด

Var isiable v irus amp licons (VARVAMP) เป็นเครื่องมือในการออกแบบไพรเมอร์สำหรับไวรัสที่มีความหลากหลายสูง อินพุตเป็นการจัดเรียงลำดับของไวรัส (เต็มจีโนม) ของคุณ

ตัวแปร

สำหรับไวรัสจำนวนมากมันเป็นเรื่องยากที่จะออกแบบไพรเมอร์เฉพาะแพน Varvamp แก้ปัญหานี้โดยการแนะนำอักขระที่คลุมเครือลงในไพรเมอร์และลดความไม่ตรงกันที่ปลาย 3 ' ไพรเมอร์อาจไม่ทำงานสำหรับลำดับการจัดเรียงอินพุตของคุณ แต่ควรรับรู้เสียงส่วนใหญ่

Varvamp มีสามรสชาติที่แตกต่างกัน:

โลโก้ Varvamp

Single : Varvamp ค้นหาไพรเมอร์ที่ดีที่สุดและรายงานแอมป์ที่ไม่ทับซ้อนกลับซึ่งสามารถใช้สำหรับวิธีการคัดกรองที่ใช้ PCR

เดี่ยว

Tiled : Varvamp ใช้วิธีการที่ใช้กราฟเพื่อออกแบบแอมพลิฟายเออร์ที่ทับซ้อนกันซึ่งกระเบื้องจีโนมไวรัสทั้งหมด สิ่งนี้ออกแบบแอมพลิฟายเออร์ที่เหมาะสำหรับการจัดลำดับจีโนมที่ใช้ Oxford Nanopore หรือ Illumina

กระเบื้อง

QPCR : การค้นหา VARVAMP สำหรับแอมป์ขนาดเล็กที่มีโพรบภายในที่ดีที่สุด (TAQMAN) มันช่วยลดความแตกต่างของอุณหภูมิระหว่างไพรเมอร์และตรวจสอบโครงสร้างทุติยภูมิแอมพลิฟายเออร์

QPCR

เอกสาร

  • การติดตั้ง
  • การเตรียมข้อมูล
  • การใช้งาน
  • เอาท์พุท
  • โปรโตคอลเปียก
  • มันทำงานอย่างไร
  • คำถามที่พบบ่อย

รูปแบบไพรเมอร์ที่จัดตั้งขึ้นแล้ว

เราในความร่วมมือกับผู้เชี่ยวชาญสำหรับไวรัสที่เกี่ยวข้องได้ออกแบบแล้วและมีแผนไพรเมอร์ที่เปียกชื้นแล้วสำหรับเชื้อโรคไวรัสหลายชนิด ข้อมูลอินพุตทั้งหมดและเอาต์พุต Varvamp มีให้บริการอย่างอิสระที่นี่

นอกจากนี้ Varvamp Primers ยังมีอยู่ที่ Primerschemes ตอนนี้ Varvamp รายงานไฟล์เตียงไพรเมอร์ในรูปแบบ ARTICV3 อย่าลังเลที่จะมีส่วนร่วมแผนการออกแบบใหม่ผ่านที่เก็บ GitHub ของ QuickLab นี้ ใช้ Primal-Page ที่พัฒนาโดย Chris Kent เพื่อสร้างข้อมูลสำหรับการตอบกลับแบบดึงที่เข้ากันได้

อ้างถึง Varvamp

VARVAMP: การออกแบบไพรเมอร์เฉพาะแพนอัตโนมัติสำหรับการเรียงลำดับจีโนมเต็มรูปแบบและ QPCR ของเชื้อโรคไวรัสที่มีความหลากหลายสูง

biorxiv preprint

ข้อจำกัดความรับผิดชอบที่สำคัญ: สำหรับการออกแบบไพรเมอร์ Varvamp ใช้ Primer3 เพื่อตรวจสอบว่า kmers ที่ย่อยแล้วของลำดับเป็นไพรเมอร์ที่มีศักยภาพหรือไม่ ฟังก์ชั่นบางอย่างสำหรับเรื่องนี้ถูกดัดแปลงจาก Primalscheme และฉันไม่ได้เรียกร้องเครดิต

รหัส remaing อยู่ภายใต้ใบอนุญาต GPLV3 รหัสไม่มีการรับประกันใด ๆ โดยไม่มีการรับประกันโดยนัยเกี่ยวกับความสามารถในการค้าหรือความเหมาะสมสำหรับวัตถุประสงค์เฉพาะ โปรแกรมนี้เป็นซอฟต์แวร์ฟรี: คุณสามารถแจกจ่ายใหม่และ/หรือแก้ไขภายใต้ข้อกำหนดของใบอนุญาตสาธารณะ GNU ทั่วไปที่เผยแพร่โดย Free Software Foundation ไม่ว่าจะเป็นเวอร์ชัน 3 ของใบอนุญาตหรือ (ตามตัวเลือกของคุณ) รุ่นใหม่ ๆ

ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด