varVAMP
v.1.2.1
Variable v Irus amp licons (varvamp) - это инструмент для проектирования праймеров для очень разнообразных вирусов. Ввод представляет собой выравнивание ваших вирусных (полных геномных) последовательностей.
Для большого количества родов вируса трудно спроектировать пан-специфические праймеры. Varvamp решает это, внедряя неоднозначные символы в праймеры и минимизирует несоответствия на 3 -дюймовом конце. Праймеры могут не работать для некоторых последовательностей вашего входного выравнивания, но должны распознать подавляющее большинство.
Варвамп поставляется в трех разных вкусах:
Одиночный : Varvamp ищет самых лучших праймеров и отчеты о непересекающихся ампликонах, которые можно использовать для подходов к скринингу на основе ПЦР.
Tiled : Varvamp использует подход, основанный на графике, для разработки перекрывающихся ампликонов, которые плют весь вирусный геном. Это проектирует ампликоны, которые подходят для оксфордского нанопора или последовательности полного генома на основе Illumina.
QPCR : Varvamp ищет небольшие ампликоны с оптимизированным внутренним зондом (Taqman). Это минимизирует температурные различия между праймерами и проверки на вторичные структуры Amplicon.
Мы, в сотрудничестве со специалистами для соответствующих вирусов, уже разработали схемы праймеров с влажными лабилами для различных вирусных патогенов. Все входные данные и выходы Varvamp доступны здесь свободно.
Более того, праймеры Varvamp теперь доступны в Primerschemes. Варвамп теперь сообщает о файлах кровати грунтовки в формате articv3. Не стесняйтесь вносить вклад в новые схемы через этот репозиторий Github of QuickLab. Используйте первичную страницу, разработанную Крисом Кентом для генерации данных для совместимых запросов.
Varvamp: Автоматизированный пан-специфический дизайн праймеров для секвенирования полного генома и QPCR очень разнообразных вирусных патогенов.
Biorxiv Preprint
Важный отказ от ответственности: для дизайна праймера Varvamp использует Primer3, чтобы проверить, являются ли перевариваемые Kmers последовательности потенциальными праймерами. Некоторые из функций для этого были адаптированы из Primalscheme, и я не претендую на кредит.
Код остановки находится под лицензией GPLV3. Код без каких -либо гарантии; даже без подразумеваемой гарантии торговой точки зрения или пригодности для определенной цели. Эта программа является бесплатным программным обеспечением: вы можете перераспределить его и/или изменить ее в соответствии с условиями общей публичной лицензии GNU, опубликованных Фондом Free Software, либо версией 3 лицензии, либо (по варианту) любой более поздней версии.
