varVAMP
v.1.2.1
VAR IBLIS VIRUS AMP LICONS (VARVAMP)는 매우 다양한 바이러스를위한 프라이머를 설계하는 도구입니다. 입력은 바이러스 성 (전체 게놈) 시퀀스의 정렬입니다.
많은 바이러스 속의 경우 팬 특이 적 프라이머를 설계하기가 어렵습니다. Varvamp는 모호한 캐릭터를 프라이머에 도입하여이를 해결하고 3 '끝에서 불일치를 최소화합니다. 프라이머는 입력 정렬의 일부 시퀀스에 대해서는 작동하지 않지만 대다수를 인식해야합니다.
varvamp는 세 가지 맛으로 제공됩니다.
싱글 : Varvamp는 최고의 프라이머를 검색하고 PCR 기반 스크리닝 접근법에 사용할 수있는 겹치지 않는 앰플 리콘을 다시보고합니다.
TILED : Varvamp는 그래프 기반 접근법을 사용하여 전체 바이러스 게놈을 타일로 겹치는 앰플 리콘을 설계합니다. 이이는 옥스포드 나노 포어 또는 일루미나 기반의 전체 게놈 시퀀싱에 적합한 앰플 리콘을 설계합니다.
QPCR : VARVAMP는 최적화 된 내부 프로브 (TAQMAN)가있는 작은 앰플 리콘을 검색합니다. 프라이머 사이의 온도 차이를 최소화하고 Amplicon 2 차 구조에 대한 검사를 최소화합니다.
우리는 각각의 바이러스에 대한 전문가와 협력하여 이미 다양한 바이러스 병원체에 대한 프라이머 체계를 설계하고 습식으로 평가했습니다. 모든 입력 데이터 및 varvamp 출력은 여기에서 자유롭게 사용할 수 있습니다.
또한, varvamp 프라이머는 이제 Primerschemes에서 제공됩니다. Varvamp는 이제 프라이머 침대 파일을 Articv3 형식으로보고합니다. QuickLab 의이 Github 저장소를 통해 새로 설계된 체계를 자유롭게 기여하십시오. Chris Kent가 개발 한 Primal-Page를 사용하여 호환 풀 수수료에 대한 데이터를 생성하십시오.
VARVAMP : 기울어 진 전체 게놈 시퀀싱 및 매우 다양한 바이러스 병원체의 QPCR을위한 자동 팬 특이 적 프라이머 설계.
Biorxiv preprint
중요한 면책 조항 : 프라이머 설계의 경우 Varvamp는 Primer3을 사용하여 서열의 소화 된 Kmers가 잠재적 프라이머인지 확인합니다. 이에 대한 기능 중 일부는 PrimalScheme에서 채택되었으며 신용을 주장하지 않습니다.
Remaing 코드는 GPLV3 라이센스에 따라 있습니다. 코드는 보증이 없습니다. 상업성 또는 특정 목적에 대한 적합성에 대한 묵시적 보증조차 없습니다. 이 프로그램은 무료 소프트웨어입니다. Free Software Foundation, 라이센스의 버전 3 또는 이후 버전에서 게시 한 GNU 일반 공개 라이센스의 조건에 따라 재분배 및/또는 수정할 수 있습니다.
