newt

Newt：Chise的示例申請

NEWT是針對基於Web的庫的示例應用程序，名為Chise開發的旨在可視化和編輯SBGN，SBML或簡單交互格式（SIF）的過程描述（PD）和活動流（PD）和活動流（AF）語言表示的路徑模型。

Chise和此樣本申請是根據GNU較少的通用公共許可證分發的。

如何引用用法

使用NEWT時，請引用以下內容：

H. Balci，Mc Siper，N。 Saleh，I。 Safarli，L。 Roy，M。 Kilicarslan，R。 Ozaydin，A。 Mazein，C。 Auffray，C。 Auffray，O。 O. O. Demir，E。 Demir和U. Dogrusoz，Newt：一種全面的基於Web的工具，用於觀看，構造和分析生物圖，Bioologic映射，Bioological， Bioological ，Bioological，37（37），37（10），37（10） 2021。

軟體

可以在此處找到此示例應用程序的部署以及有關其使用情況的詳細文檔。 Chise和Newt在每個具有JavaScript支持（包括移動設備）的平台上工作。

運行本地實例

為了部署工具的本地實例並運行以下步驟（我們建議使用Node.js的版本14.19.3）：

• 安裝

 git clone https://github.com/iVis-at-Bilkent/newt.git
cd newt
npm install 

• 運行工具（Windows）

 npm run debug-build

• 運行該工具（MACOS/Linux）

 sudo npm run debug-build

然後，打開Web瀏覽器並導航到Localhost。請注意，默認端口為80，但您可能必須通過設置“端口”環境變量在某些平台中的另一個端口（例如8080）中運行此應用程序。

學分

由Freepik，Daniel Bruce，Tutsplus，Robin Kylander，Catalin Fertu，Yannick，Icon Works，Flaticon和Flaticon和Creative Commons授權的圖標

Third-party libraries: Cytoscape.js, a-color-picker, Backbone, Bootstrap, FileSaver.js, jQuery, jquery-expander, Konva, libxmljs, lodash, underscore, express, browserify, nodemon, Parallel Shell, Tippyjs, nodemailer, body-parser, jsdom, cypress, multer獲得麻省理工學院的許可； Mousetrap，請求獲得Apache-2.0許可的請求，已獲得GNU AGPL許可的Intro.js和獲得許可的Chroma-JS。

我們將用戶轉介給Genecard，以獲取基因的詳細特性。同樣，我們從Chebi中汲取簡單化學物質的性能。 CellDesigner轉換是通過此庫及其相關服務執行的。最後，SBML和GPML轉換是由於這項密涅瓦服務所致。

團隊

• Hasan Balci，Selbi Ereshova，Utku Ersahince，Noor Muhammad和I-Vis的Ugur Dogrusoz，位於Bilkent University，馬薩諸塞大學的Ozgun Babur，波士頓大學的Ozgun Babur，以及OHSU的Emek Demir的Emek Demir的Emek Demir

校友

• Metin Can siper，Muhammed Salih Altun，Nasim Saleh，Merve Kilicarslan，Rumeysa Ozaydin，Ilkin Safarli，Ahmet Candiroglu，Kaan Sancak，Kaan Sancak，Ludovic Roy，Leonard Dervishi，Leonard Dervishi，Istemi Bahceci，Alper Karacelik，Alexanderik，Alexanderik，Alexanderik，Alexanderik，AlexanderMazeinin