newt

ニュート：Chiseのサンプルアプリケーション

Newtは、SBGN、SBML、またはSimple Interaction Format（SIF）のプロセス説明（PD）およびアクティビティフロー（AF）言語で表される経路モデルを視覚化および編集するために開発されたChiseという名前のWebベースのライブラリのサンプルアプリケーションです。

Chiseとこのサンプルアプリケーションは、GNU以下の一般公開ライセンスの下で配布されています。

使用方法を引用する方法

ニュートを使用する場合は、次のことを引用してください。

H.バルチ、MCシパー、 N。 2021。

ソフトウェア

このサンプルアプリケーションの展開とその使用に関する詳細なドキュメントは、こちらをご覧ください。 ChiseとNewtは、モバイルデバイスを含むJavaScriptサポートを備えたすべてのプラットフォームで動作します。

ローカルインスタンスを実行します

ツールのローカルインスタンスを展開および実行するには、以下の手順に従ってください（node.jsのバージョン14.19.3の使用をお勧めします）。

• インストール

 git clone https://github.com/iVis-at-Bilkent/newt.git
cd newt
npm install 

• ツールの実行（Windows）

 npm run debug-build

• ツールの実行（Macos/Linux）

 sudo npm run debug-build

次に、Webブラウザーを開き、LocalHostに移動します。デフォルトのポートは80ですが、「ポート」環境変数を設定して、一部のプラットフォームでは8080などの別のポートでこのアプリケーションを実行する必要がある場合があります。

クレジット

Freepik、Daniel Bruce、Tutsplus、Robin Kylander、Catalin Fertu、Yannick、Icon Works、Flaticon、Creative Commonsのライセンス3.0

サードパーティライブラリ：cytoscape.js、a-color-picker、backbone、bootstrap、filesaver.js、jquery、jquery-expander、konva、libxmljs、lodash、underscore、express、browsify、nodemon、paralless shell、tippyjs、nodememamemememememer、cyp、jsmememeder、dimmememememememedemer、cippyder、nodememamemememememamememememedemer、parsems、 MITで; Mousetrap、Apache-2.0でライセンスされたリクエスト、GNU AGPLでライセンスされたIntro.js、およびこれでライセンスされたChroma-JS。

遺伝子の詳細な特性については、ユーザーをGeneCardsに紹介します。同様に、Chebiから単純な化学物質の特性を引き出します。 CellDesigner変換は、このライブラリとそれに関連するサービスを通じて実行されます。最後に、SBMLおよびGPML変換はこのMinervaサービスによるものです。

チーム

• Hasan Balci、Selbi Ereshova、Umut Utku Ersahince、Noor Muhammad、およびBilkent UniversityのI-VisのUgur Dogrusoz、ボストンのマサチューセッツ大学のオズガンバブール、およびOhsuのDemir LabのEmek Demir

卒業生

• Metin Can Siper、Muhammed Salih Altun、Nasim Saleh、Merve Kilicarslan、Rumeysa Ozaydin、Ilkin Safarli、Ahmet Candiroglu、Kaan Sancak、Ludovic Roy、Leonard Dervishi、Istemi Bahceci、Alper Karacelik、Alexander Mazein