newt
v4.0.0
Newt هو تطبيق عينة للمكتبة المستندة إلى الويب المسمى CHISE تم تطويرها لتصور وتحرير نماذج المسار التي تمثلها وصف العملية (PD) ولغات تدفق النشاط (AF) من SBGN ، SBML أو تنسيق التفاعل البسيط (SIF).
يتم توزيع chise وهذا تطبيق العينة تحت رخصة عامة عامة GNU.
يرجى الاستشهاد بما يلي عند استخدام Newt:
H. Balci ، Mc Siper ، N. Saleh ، I. Safarli ، L. Roy ، M. Kilicarslan ، R. Ozaydin ، A. pp.1475-1477 ، 2021.
يمكن العثور هنا على نشر تطبيق العينة إلى جانب وثائق مفصلة حول استخدامه . تعمل Chise و Newt على كل منصة لها دعم JavaScript بما في ذلك الأجهزة المحمولة.
من أجل نشر وتشغيل مثيل محلي للأداة ، يرجى اتباع الخطوات أدناه (نوصي باستخدام الإصدار 14.19.3 من Node.js):
git clone https://github.com/iVis-at-Bilkent/newt.git
cd newt
npm install
npm run debug-build
sudo npm run debug-build
ثم افتح متصفح الويب وانتقل إلى مضيف محلي. يرجى ملاحظة أن المنفذ الافتراضي هو 80 ولكن قد تضطر إلى تشغيل هذا التطبيق في منفذ آخر مثل 8080 في بعض الأنظمة الأساسية عن طريق تعيين متغير البيئة "المنفذ".
الرموز التي قام بها فريبك ، دانييل بروس ، توتسبلوس ، روبن كياندر ، كاتالين فتيدو ، يانيك ، أيقونة ، فلاتيون ومرخصة مع المشاع الإبداعي بنسبة 3.0
مكتبات الطرف الثالث: cytoscape.js ، a-color-picker ، العمود الفقري ، bootstrap ، filesaver.js ، jquery ، jquery-expander ، konva ، libxmljs ، lodash ، iderscore ، express ، browserify ، nodemon ، tippyjs ، tippyjs ، nodemailer ، Mousetrap ، طلب ترخيص مع Apache-2.0 ، intro.js المرخصة مع GNU AGPL ، و Chroma-JS مرخصة مع هذا.
نقوم بإحالة المستخدم إلى البطاقات الجينية للحصول على خصائص مفصلة للجينات. وبالمثل ، نسحب خصائص المواد الكيميائية البسيطة من Chebi. يتم إجراء تحويل CellDesigner من خلال هذه المكتبة والخدمة المرتبطة بها. أخيرًا ، ترجع تحويلات SBML و GPML إلى خدمة Minerva هذه.
