newt

Newt: образец приложения для Чиза

Newt - это пример приложения для веб -библиотеки под названием Chise, разработанной для визуализации и редактирования моделей Pathway, представленных описанием процесса (PD) и языками потока активности (AF) SBGN, SBML или простого формата взаимодействия (SIF).

Chise и это примерное заявление распределяются по GNU меньшей общедоступной лицензии.

Как цитировать использование

Пожалуйста, цитируйте следующее, когда вы используете Newt:

H. Balci, Mc Siper, N. Saleh, I. Safarli, L. Roy, M. Kilicarslan, R. Ozaydin, A. Mazein, C. Auffray, O. Babur, E. Demir и U. Dogrusoz, Newt: комплексный веб-инструмент для просмотра, конструирования и анализа биологических карт, биоинформации , 37 (10), Pp.147, Pp.147, Pp.147, Pp.147, Pp.147, Pp.147, Pp.147, Pp.147, Pp.147, PP.147, PP 2021.

Программное обеспечение

Развертывание этого образца приложения вместе с подробной документацией об использовании можно найти здесь. Chise и Newt работают на каждой платформе, которая имеет поддержку JavaScript, включая мобильные устройства.

Запуск локального экземпляра

Чтобы развернуть и запустить локальный экземпляр инструмента, следуйте приведенным ниже шагам (мы рекомендуем использовать версию 14.19.3 of node.js):

• Установка

 git clone https://github.com/iVis-at-Bilkent/newt.git
cd newt
npm install 

• Запуск инструмента (Windows)

 npm run debug-build

• Запуск инструмента (macos/linux)

 sudo npm run debug-build

Затем откройте веб -браузер и перейдите в Localhost. Обратите внимание, что порт по умолчанию составляет 80, но вам, возможно, придется запустить это приложение в другом порту, например, 8080 на некоторых платформах, установив переменную среды «порт».

Кредиты

Иконки, сделанные Фрипиком, Даниэлем Брюсом, Тутсплусом, Робином Киландером, Каталином Ферту, Янником, Иконовыми работами, Flaticon и лицензирован с Creative Commons на 3,0

Сторонние библиотеки: Cytoscape.js, A-Color-Picker, Backbone, Bootstrap, Filesaver.js, jQuery, Jquery-Expander, Konva, Libxmljs, Lodash, Underscore, Express, Browserify, Nodemon, Parallel Shell, Tippyjs, Nodemailer, Body-Parser, JS, Cylt MouseTrap, запрос лицензии с Apache-2.0, Intro.js, лицензированным с GNU AGPL, и Chroma-JS, лицензированным на это.

Мы передаем пользователя в GeneCards для подробных свойств генов. Точно так же мы получаем свойства простых химикатов из Chebi. Преобразование CellDesigner выполняется через эту библиотеку и связанную с ним услугу. Наконец, преобразования SBML и GPML связаны с этой услугой Minerva.

Команда

• Хасан Балчи, Селби Эрешова, Умт Утку Эрсинс, Нур Мухаммед и Угур Догроз из И-Вис в Билкентском университете, Озгун Бабур из Массачусетского университета в Бостоне и Эмек Демир из лаборатории Демира в Оссу

Выпускники

• Метин Кан Сипер, Мухаммед Салих Алтун, Насим Салех, Мерв Киликарслан, Румеса Озайдин, Илкин Сафарли, Ахмет Кэндироглу, Каан Санкак, Людович Рой, Леонард Дервиши, Ишеми Бахчеци, Элпер Карацелик, Александр Мазеин