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Newt: una aplicación de muestra para Chise

Newt es una aplicación de muestra para la biblioteca basada en la web llamada Chise desarrollada para visualizar y editar los modelos de ruta representados por Descripción del proceso (PD) y los idiomas de flujo de actividad (AF) de SBGN, SBML o formato de interacción simple (SIF).

Chise y esta aplicación de muestra se distribuyen bajo la Licencia Pública General Lesser GNU.

Cómo citar el uso

Por favor cita lo siguiente cuando use Newt:

H. Balci, Mc Siper, N. Saleh, I. Safarli, L. Roy, M. Kilicarslan, R. Ozaydin, A. Mazein, C. Auffray, O. Babur, E. Demir y U. Dogrusoz, Newt: una herramienta integral basada en la web para ver, construir y analizar maps biológicos, bioinformatics , 37 (10), PP.147547547547547547555755575575575575575575575575575475547554755475547554755TOS 2021.

Software

Aquí se puede encontrar una implementación de esta aplicación de muestra junto con documentación detallada sobre su uso . Chise y Newt trabajan en cada plataforma que tenga soporte de JavaScript, incluidos dispositivos móviles.

Ejecutando una instancia local

Para implementar y ejecutar una instancia local de la herramienta, siga los pasos a continuación (recomendamos el uso de la versión 14.19.3 de Node.js):

• Instalación

 git clone https://github.com/iVis-at-Bilkent/newt.git
cd newt
npm install 

• Ejecutando la herramienta (Windows)

 npm run debug-build

• Ejecutando la herramienta (macOS/Linux)

 sudo npm run debug-build

Luego, abra un navegador web y navegue a localhost. Tenga en cuenta que el puerto predeterminado es 80, pero es posible que deba ejecutar esta aplicación en otro puerto, como 8080 en algunas plataformas, configurando la variable de entorno 'puerto'.

Créditos

Íconos hechos por Freepik, Daniel Bruce, Tutsplus, Robin Kylander, Catalin Fertu, Yannick, Icon Works, Flaticon y con licencia de Creative Commons por 3.0

Third-party libraries: Cytoscape.js, a-color-picker, Backbone, Bootstrap, FileSaver.js, jQuery, jquery-expander, Konva, libxmljs, lodash, underscore, express, browserify, nodemon, Parallel Shell, Tippyjs, nodemailer, body-parser, jsdom, cypress, multer licensed with MIT; MuseTrap, solicitud con licencia con Apache-2.0, Intro.js con licencia con GNU AGPL y Chroma-JS con licencia con esto.

Remitimos al usuario a GenEfards para obtener propiedades detalladas de los genes. Del mismo modo, extraemos propiedades de productos químicos simples de Chebi. La conversión de CellDesigner se realiza a través de esta biblioteca y su servicio asociado. Finalmente, las conversiones SBML y GPML se deben a este servicio de Minerva.

Equipo

• Hasan Balci, Selbi Ereshova, Umut Utku Ersahince, Noor Muhammad y Ugur Dogrusoz de I-vis en la Universidad de Bilkent, Ozgun Babur de la Universidad de Massachusetts en Boston, y Emek Demir del Laboratorio Demir en OHSU en OHSU

Alumno

• Metin Can Siper, Muhammed Salih Altun, Nasim Saleh, Merve Kilicarslan, Rumeysa Ozaydin, Ilkin Safarli, Ahmet Candiroglu, Kaan Sancak, Ludovic Roy, Leonard Dervishi, Istemi Bahceci, Alper Karacelik, Alexander Mazein Mazein Mazein Mazein Mazein