newt
v4.0.0
Newt는 SBGN, SBML 또는 간단한 상호 작용 형식 (SIF)의 프로세스 설명 (PD) 및 활동 흐름 (AF) 언어로 표시되는 경로 모델을 시각화하고 편집하기 위해 개발 된 Chise라는 웹 기반 라이브러리의 샘플 응용 프로그램입니다.
Chise 및이 샘플 응용 프로그램은 GNU가 적은 일반 공개 라이센스에 따라 배포됩니다.
Newt를 사용할 때 다음을 인용하십시오.
H. Balci, Mc Siper, N. Saleh, I. Safarli, L. Roy, M. Kilicarslan, R. Ozaydin, A. Mazein, C. Auffray, O. Babur, E. Demir 및 U. Dogrusoz, Newt : 시청, 구성 및 생물학적 맵, Bioinformatics , 37 (10), Bioinformatics. pp.1475-1477, 2021.
사용에 대한 자세한 문서와 함께이 샘플 응용 프로그램의 배포는 여기에서 찾을 수 있습니다. Chise 및 Newt는 모바일 장치를 포함한 JavaScript 지원이있는 모든 플랫폼에서 작업합니다.
도구의 로컬 인스턴스를 배포하고 실행하려면 아래 단계를 따르십시오 (Node.js의 버전 14.19.3 사용 권장).
git clone https://github.com/iVis-at-Bilkent/newt.git
cd newt
npm install
npm run debug-build
sudo npm run debug-build
그런 다음 웹 브라우저를 열고 LocalHost로 이동하십시오. 기본 포트는 80이지만 '포트'환경 변수를 설정하여 일부 플랫폼에서 8080과 같은 다른 포트 에서이 응용 프로그램을 실행해야 할 수도 있습니다.
Freepik, Daniel Bruce, Tutsplus, Robin Kylander, Catalin Fertu, Yannick, Icon Works, Flaticon, 3.0의 크리에이티브 커먼즈 라이센스가 제작 한 아이콘
타사 라이브러리 : Cytoscape.js, 컬러-피커, 백본, 부트 스트랩, 파일 베이버 .JS, jQuery, jQuery-expander, Konva, Libxmljs, Lodash, endercore, Express, Browserify, 평행 한 쉘, tippyjs, body-parser, jsdom, jsdom, multer; Mousetrap, Apache-2.0으로 라이센스가 부여 된 요청, intro.js는 gnu agpl로 라이센스를 부여하고이를 통해 라이센스가 부여되었습니다.
우리는 유전자의 상세한 특성에 대해서는 Genecards를 추천합니다. 마찬가지로, 우리는 Chebi에서 간단한 화학 물질의 특성을 가져옵니다. CellDesigner 변환은이 라이브러리 및 관련 서비스를 통해 수행됩니다. 마지막으로, SBML 및 GPML 변환은이 Minerva 서비스 때문입니다.
