newt

Newt: Aplikasi Sampel untuk CHISE

Newt adalah aplikasi sampel untuk pustaka berbasis web bernama Chise yang dikembangkan untuk memvisualisasikan dan mengedit model jalur yang diwakili oleh proses deskripsi proses (PD) dan aliran aktivitas (AF) dari SBGN, SBML atau format interaksi sederhana (SIF).

Chise dan aplikasi sampel ini didistribusikan di bawah GNU Lesser General Public License.

Bagaimana mengutip penggunaan

Harap kutip yang berikut saat Anda menggunakan newt:

H. Balci, MC Siper, N. Saleh, I. Safarli, L. Roy, M. Kilicarslan, R. Ozaydin, A. Mazein, C. Auffray, O. Babur, E. Demir and U. Dogrusoz, Newt: a comprehensive web-based tool for viewing,constructing, and analyzing biological maps, Bioinformatics , 37(10), pp.1475-1477, 2021.

Perangkat lunak

Penyebaran aplikasi sampel ini bersama dengan dokumentasi terperinci tentang penggunaannya dapat ditemukan di sini. Chise dan Newt bekerja di setiap platform yang memiliki dukungan JavaScript termasuk perangkat seluler.

Menjalankan contoh lokal

Untuk menggunakan dan menjalankan instance lokal dari alat ini, silakan ikuti langkah -langkah di bawah ini (kami sarankan penggunaan versi 14.19.3 dari Node.js):

• Instalasi

 git clone https://github.com/iVis-at-Bilkent/newt.git
cd newt
npm install 

• Menjalankan Alat (Windows)

 npm run debug-build

• Menjalankan Alat (MacOS/Linux)

 sudo npm run debug-build

Kemudian, buka browser web dan navigasikan ke LocalHost. Harap dicatat bahwa port default adalah 80 tetapi Anda mungkin harus menjalankan aplikasi ini di port lain seperti 8080 di beberapa platform dengan mengatur variabel lingkungan 'port'.

Kredit

Ikon yang dibuat oleh Freepik, Daniel Bruce, Tutsplus, Robin Kylander, Catalin Ferttu, Yannick, Icon Works, Flaticon dan berlisensi dengan Creative Commons sebesar 3.0

Perpustakaan Pihak Ketiga: Cytoscape.js, A-Picker-Picker, Backbone, Bootstrap, Filesaver.js, JQuery, JQuery-Expander, Konva, Libxmljs, Lodash, Nodemail, Browserify, Nodemon, Parallel Shell, Tippyjs, Nodemailer, Browserifikasi, Nodemon, Parallel, Tippyjs, nodemail, browserif, nodemon, paralel, Tippyjs, nodemailer, browserif, nodemon, paralel, Tippyjs, nodemailer, browserifikasi, nodemon, paralel, Tippyjs, nodemail Mit; Mousetrap, meminta berlisensi dengan Apache-2.0, intro.js yang dilisensikan dengan GNU AGPL, dan Chroma-Js berlisensi dengan ini.

Kami merujuk pengguna ke GenEcards untuk sifat terperinci gen. Demikian pula, kami menarik sifat bahan kimia sederhana dari Chebi. Konversi CellDesigner dilakukan melalui perpustakaan ini dan layanan terkaitnya. Akhirnya, konversi SBML dan GPML adalah karena layanan Minerva ini.

Tim

• Hasan Balci, Selbi Ereshova, Umut Utku Ersahince, Noor Muhammad dan Ugur Dogrusoz dari I-Vis di Universitas Bilkent, Ozgun Babur dari Universitas Massachusetts di Boston, dan Emek Demir dari Lab Demir di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di OHSU di

Alumni

• Metin Can Siper, Muhammed Salih Altun, Nasim Saleh, Merve Kilicarslan, Rumeysa Ozaydin, Ilkin Safarli, Ahmet Candiroglu, Kaan Sancak, Ludovic Roy, Leonard Dervishi, Istemi Bahceci, Alper Karacele, Alper Karacel, Alper Karaze,