newt
v4.0.0
Newt ist eine Beispielanwendung für die webbasierte Bibliothek mit dem Namen Chise, die entwickelt wurde, um die durch Prozessbeschreibung (PD) und AF AF) -sprachen von SBGN, SBML oder einfachen Interaktionsformat (SIF) zu visualisieren und zu bearbeiten.
Chise und dieser Beispielantrag werden unter GNU weniger allgemeine öffentliche Lizenz verteilt.
Bitte zitieren Sie Folgendes, wenn Sie Newt verwenden:
H. Balci, MC Siper, N. Saleh, I. Safarli, L. Roy, M. Kilicarslan, R. Ozaydin, A. Mazein, C. Auffray, O. Babur, E. Demir and U. Dogrusoz, Newt: a comprehensive web-based tool for viewing,constructing, and analyzing biological maps, Bioinformatics , 37(10), pp.1475-1477, 2021.
Eine Bereitstellung dieser Beispielanwendung sowie detaillierte Dokumentation zu ihrer Verwendung finden Sie hier. Chise und Newt arbeiten auf jeder Plattform mit JavaScript -Unterstützung, einschließlich mobiler Geräte.
Um eine lokale Instanz des Tools bereitzustellen und auszuführen, befolgen Sie die folgenden Schritte (wir empfehlen die Verwendung von Version 14.19.3 von Node.js):
git clone https://github.com/iVis-at-Bilkent/newt.git
cd newt
npm install
npm run debug-build
sudo npm run debug-build
Öffnen Sie dann einen Webbrowser und navigieren Sie zu Localhost. Bitte beachten Sie, dass der Standardport 80 beträgt. Möglicherweise müssen Sie diese Anwendung möglicherweise in einem anderen Port wie 8080 in einigen Plattformen ausführen, indem Sie die Umgebungsvariable der Port -Port einstellen.
Ikonen von Freepik, Daniel Bruce, Tutsplus, Robin Kylander, Catalin Fertu, Yannick, Icon Works, Flaticon und Lizenz mit Creative Commons von 3.0
Bibliotheken von Drittanbietern: Cytoscape.js, A-Far-Picker, Backbone, Bootstrap, FileSaver.js, JQuery, JQuery-Expander, Konva, libxmljs, lodash, unterstreicher, browserify, nodemon, parallel schar MIT; MouSetrap, anfordern, lizenziert mit Apache-2.0, Intro.js, lizenziert mit GNU AGPL, und damit Chroma-JS lizenziert.
Wir verweisen den Benutzer an Genecards für detaillierte Eigenschaften von Genen. In ähnlicher Weise ziehen wir Eigenschaften einfacher Chemikalien aus Chebi. Die Celldesigner -Konvertierung erfolgt über diese Bibliothek und ihren damit verbundenen Dienst. Schließlich sind SBML- und GPML -Conversions auf diesen Minerva -Service zurückzuführen.
