newt

Newt：Chise的示例申请

NEWT是针对基于Web的库的示例应用程序，名为Chise开发的旨在可视化和编辑SBGN，SBML或简单交互格式（SIF）的过程描述（PD）和活动流（PD）和活动流（AF）语言表示的路径模型。

Chise和此样本申请是根据GNU较少的通用公共许可证分发的。

如何引用用法

使用NEWT时，请引用以下内容：

H. Balci，Mc Siper，N。Saleh，I。Safarli，L。Roy，M。Kilicarslan，R。Ozaydin，A。Mazein，C。Auffray，C。Auffray，O。O. O. Demir，E。Demir和U. Dogrusoz，Newt：一种全面的基于Web的工具，用于观看，构造和分析生物图，Bioologic映射，Bioological， Bioological ，Bioological，37（37），37（10），37（10） 2021。

软件

可以在此处找到此示例应用程序的部署以及有关其使用情况的详细文档。 Chise和Newt在每个具有JavaScript支持（包括移动设备）的平台上工作。

运行本地实例

为了部署工具的本地实例并运行以下步骤（我们建议使用Node.js的版本14.19.3）：

• 安装

 git clone https://github.com/iVis-at-Bilkent/newt.git
cd newt
npm install 

• 运行工具（Windows）

 npm run debug-build

• 运行该工具（MACOS/Linux）

 sudo npm run debug-build

然后，打开Web浏览器并导航到Localhost。请注意，默认端口为80，但您可能必须通过设置“端口”环境变量在某些平台中的另一个端口（例如8080）中运行此应用程序。

学分

由Freepik，Daniel Bruce，Tutsplus，Robin Kylander，Catalin Fertu，Yannick，Icon Works，Flaticon和Flaticon和Creative Commons授权的图标

Third-party libraries: Cytoscape.js, a-color-picker, Backbone, Bootstrap, FileSaver.js, jQuery, jquery-expander, Konva, libxmljs, lodash, underscore, express, browserify, nodemon, Parallel Shell, Tippyjs, nodemailer, body-parser, jsdom, cypress, multer获得麻省理工学院的许可； Mousetrap，请求获得Apache-2.0许可的请求，已获得GNU AGPL许可的Intro.js和获得许可的Chroma-JS。

我们将用户转介给Genecard，以获取基因的详细特性。同样，我们从Chebi中汲取简单化学物质的性能。 CellDesigner转换是通过此库及其相关服务执行的。最后，SBML和GPML转换是由于这项密涅瓦服务所致。

团队

• Hasan Balci，Selbi Ereshova，Utku Ersahince，Noor Muhammad和I-Vis的Ugur Dogrusoz，位于Bilkent University，马萨诸塞大学的Ozgun Babur，波士顿大学的Ozgun Babur，以及OHSU的Emek Demir的Emek Demir的Emek Demir

校友

• Metin Can siper，Muhammed Salih Altun，Nasim Saleh，Merve Kilicarslan，Rumeysa Ozaydin，Ilkin Safarli，Ahmet Candiroglu，Kaan Sancak，Kaan Sancak，Ludovic Roy，Leonard Dervishi，Leonard Dervishi，Istemi Bahceci，Alper Karacelik，Alexanderik，Alexanderik，Alexanderik，Alexanderik，AlexanderMazeinin