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Newt: un exemple d'application pour Chise

Newt est un exemple d'application pour la bibliothèque Web nommée Chise développée pour visualiser et modifier les modèles de voie représentés par les langages de description du processus (PD) et de flux d'activité (AF) de SBGN, SBML ou format d'interaction simple (SIF).

Chise et cet exemple de demande sont distribués sous licence publique générale GNU moindre.

Comment citer l'utilisation

Veuillez citer ce qui suit lorsque vous utilisez Newt:

H. Balci, Mc Siper, N. Saleh, I. Safarli, L. Roy, M. Kilicarslan, R. Ozaydin, A. Mazein, C. Auffray, O. Babur, E. Demir et U. Dogrusoz, Newt: un outil complet sur le Web pour la visualisation, la construction et l'analyse des mapes biologiques, BioInformatique , 37 (10), pp.1475-1477, 2021.

Logiciel

Un déploiement de cet exemple d'application ainsi qu'une documentation détaillée sur son utilisation peuvent être trouvés ici. Chise et Newt travaillent sur toutes les plateformes qui ont un support JavaScript, y compris les appareils mobiles.

Exécuter une instance locale

Afin de déployer et d'exécuter une instance locale de l'outil, veuillez suivre les étapes ci-dessous (nous recommandons l'utilisation de la version 14.19.3 de Node.js):

• Installation

 git clone https://github.com/iVis-at-Bilkent/newt.git
cd newt
npm install 

• Exécution de l'outil (Windows)

 npm run debug-build

• Exécution de l'outil (macOS / Linux)

 sudo npm run debug-build

Ensuite, ouvrez un navigateur Web et accédez à LocalHost. Veuillez noter que le port par défaut est de 80, mais vous devrez peut-être exécuter cette application dans un autre port tel que 8080 dans certaines plates-formes en définissant la variable d'environnement «port».

Crédits

Icônes fabriquées par Freepik, Daniel Bruce, Tutsplus, Robin Kylander, Catalin Fertu, Yannick, Icon Works, Flaticon et licencié avec Creative Commons par 3.0

Bibliothèques tierces: cytoscape.js, a-colore-picker, squelette, bootstrap, filessaver.js, jQuery, jQuery-Expander, konva, libxmljs, lodash, sous-traitant, body-carrosserify, nodemon, parallel shell, Tippyjs, nodemailer, carrosserie, JSD, JS, Cypress, multer licecents; Mousetrap, demande une licence avec Apache-2.0, intro.js sous licence avec GNU AGPL et chroma-js sous licence.

Nous renvoyons l'utilisateur à Genecards pour les propriétés détaillées des gènes. De même, nous tirons des propriétés de produits chimiques simples de Chebi. La conversion CellDesigner est effectuée via cette bibliothèque et son service associé. Enfin, les conversions SBML et GPML sont dues à ce service Minerva.

Équipe

• Hasan Balci, Selbi Ereshova, Umut Utku ersahinon, Noor Muhammad et Ugur Dogrusoz de I-Vis à l'Université de Bilkent, Ozgun Babur de l'Université du Massachusetts à Boston, et Emek Demir du Demir Lab à OHSU

Anciens

• Mettin Can Siper, Muhammed Salih Altun, Nasim Saleh, Merve Kilicarslan, Rumeysa Ozaydin, Ilkin Safarli, Ahmet Candliroglu, Kaan Sancak, Ludovic Roy, Leonard Dervishi, Istemi Bahceci, Alper Karacelik, Alexander Ginein