newt

Newt: um aplicativo de amostra para chise

A Newt é um aplicativo de amostra para a biblioteca baseada na Web denominada Chise desenvolvida para visualizar e editar os modelos de caminho representados pela descrição do processo (PD) e pelo fluxo de atividade (AF) de SBGN, SBML ou formato de interação simples (SIF).

Chise e este aplicativo de amostra são distribuídos sob licença pública geral da GNU.

Como citar o uso

Cite o seguinte quando você usar o Newt:

H. Balci, Mc Siper, N. Saleh, I. Safarli, L. Roy, M. Kilicarslan, R. Ozaydin, A. Mazein, C. Auffray, O. Babur, E. Demir e U. Dogusoz, Newt: Uma Web Compreensiva para Visualização, Construindo e Analisando Maps Biológicos, Biatics, Biatics: Maps: uma ferramenta abrangente para a Web, constituindo, e analisando e analisando Biatics, biológicos , Biatics, uma ferramenta biológica e analisada, para a construção de 4, a ferramenta Biatyta, com base em Web. 2021.

Software

Uma implantação deste aplicativo de amostra, juntamente com a documentação detalhada sobre seu uso, pode ser encontrada aqui. Chise e Newt trabalham em todas as plataformas que têm suporte a JavaScript, incluindo dispositivos móveis.

Executando uma instância local

Para implantar e executar uma instância local da ferramenta, siga as etapas abaixo (recomendamos o uso da versão 14.19.3 do Node.js):

• Instalação

 git clone https://github.com/iVis-at-Bilkent/newt.git
cd newt
npm install 

• Executando a ferramenta (Windows)

 npm run debug-build

• Executando a ferramenta (MacOS/Linux)

 sudo npm run debug-build

Em seguida, abra um navegador da web e navegue até localhost. Observe que a porta padrão é 80, mas você pode precisar executar esse aplicativo em outra porta, como 8080, em algumas plataformas, definindo a variável de ambiente 'porta'.

Créditos

Ícones feitos por Freepik, Daniel Bruce, Tutsplus, Robin Kylander, Catalin Fertu, Yannick, Icon Works, Flaticon e licenciado com Creative Commons por 3.0

Third-party libraries: Cytoscape.js, a-color-picker, Backbone, Bootstrap, FileSaver.js, jQuery, jquery-expander, Konva, libxmljs, lodash, underscore, express, browserify, nodemon, Parallel Shell, Tippyjs, nodemailer, body-parser, jsdom, cypress, multer licensed with MIT; MouseTrap, solicita licenciado com Apache-2.0, Intro.js licenciado com GNU AGPL e Chroma-JS licenciados com isso.

Referimos o usuário a GeneCards para propriedades detalhadas dos genes. Da mesma forma, extraímos propriedades de produtos químicos simples da Chebi. A conversão do CellDesigner é realizada através desta biblioteca e seu serviço associado. Finalmente, as conversões SBML e GPML são devidas a este serviço Minerva.

Equipe

• Hasan Balci, Selbi Eresohova, Umut Utku Ersahince, Noor Muhammad e Ugur Doglusoz de I-Vis na Universidade de Bilkent, Ozgun Babur da Universidade de Massachusetts em Boston, e EMEK Demir do Demir em Ohsu

Ex -alunos

• Metin pode síper, Muhammed Salih Altun, Nasim Saleh, Merve Kilicarslan, Rumeysa Ozaydin, Ilkin Safarli, Ahmet Candiroglu, Kaan Cancak, Ludovic Roy, Leonard Dervishi, Istemi Bahceci, Alper Karacel,