pia

PIA-蛋白質推理算法

PIA是用於基於MS的蛋白質推理和鑑定分析的工具箱。

PIA允許您檢查常見的蛋白質組學識別搜索引擎的結果，無縫地組合併進行統計分析。 PIA的主要重點放在綜合的推理算法上，即從一組確定的光譜中得出結論蛋白質。但這也使您可以檢查肽光譜匹配，計算不同搜索引擎結果的FDR值，並可視化PSM，肽和蛋白質之間的對應關係。

簡而言之

儘管實際搜索產生了一組肽光譜匹配（PSMS），但大多數搜索MS/MS實驗中蛋白質識別的引擎都會返回蛋白質列表。從PSM到蛋白質的步驟稱為“蛋白質推理”。如果一組確定的PSM支持在搜索數據庫中檢測多個蛋白質（“蛋白質歧義”），則通常只報告一個代表性登錄。這些代表可能會根據使用的搜索引擎和設置而有所不同。因此，通常無法將不同搜索引擎的蛋白質列表相互比較。互補搜索引擎的PSM通常被合併以增強報告的蛋白質數量或驗證肽的證據，該證據通過使用不同算法的檢測來改善。

我們開發了一個用Java編寫的算法套件，包括完全可參數的knime節點，該節點結合了來自不同實驗和/或搜索引擎的PSM，並報告一致，因此結果一致。沒有像先前的方法那樣固定的參數，例如過濾或評分，但要保持盡可能靈活，以允許用戶需要進行任何調整。

PIA可以通過命令行（也在Docker容器中）或工作流環境knime中調用，這允許無縫集成到OpenMS工作流程中。

下載

對於命令行，您可以使用conda（分別bioconda）下載最新發布的版本，也可以在此處下載構建版本。

PIA也被整合到刀片中。您可以輕鬆地從可信賴的社區貢獻存儲庫中安裝它，該存儲庫都有所有較新的刀具版本。在提交任何錯誤或問題之前，請始終使用最新版本的knime。在Wiki中可以找到有關如何在Knime中找到有關PIA內部PIA的更多信息。

教程

可以在此處下載的教程AS PDF，可在此處找到所需的數據以及此處的工作流（所有數據也可以在https://github.com/mpc-bioinformics/pia-tutorial/的教程存儲庫中可用）。

文件

有關更多文檔，請參閱Github上的Wiki（https://github.com/medbioinf/pia/wiki）。

問題，錯誤和問題

如果您在PIA有任何問題或查找錯誤和其他問題，請使用GitHub的問題跟踪器（https://github.com/medbioinf/pia/issues）。

引文和出版

如果您發現PIA對您的工作有用，請引用以下出版物：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25938255

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30474983

資金

PIA的發展由德國生物信息學基礎設施網絡Elixir / De.NBI資助。

PIA的作者

PIA的編程工作由Julian Uszkoreit（Ruhr University Bochum，醫學生物信息學）和Yasset Perez-Riverol（歐洲生物信息學研究所（EMBL-EBI），劍橋）進行