date to gene converter

基因更新者

基因转换为Excel中的日期可能是有问题的，因为转换日期在途径数据库中未识别。因此，该网络工具可根据雨果基因命名委员会（HGNC）推荐的旧基因名称或可追溯到更新的基因名称。该应用的运行实例部署在以下位置：https：//share.streamlit.io/kuanrongchan/date-to-to-gene-converter/main/main/date_gene_tool.py.py.py

使用Web工具的说明

用户可以上传其.csv或.xlsx文件或文件。确保第一列包含基因名称。在第二列上具有基因描述可用于映射MAR-01和MAR-02基因，尽管此步骤不是强制性的。为用户提供了检查其数据的复选框。如果没有上传数据，则预先加载了由限制基因列表组成的演示数据集。用户可以使用预加载的演示数据集探索Web工具的功能和功能。

如果第一列包含旧基因名称，则这些基因将使用WebTool更新为新基因名称。如果第一列包含日期，则将它们转换为更新的基因名称，除了MAR-01和MAR-02以外，这些术语可以映射到多个基因。

当有重复的MAR-01值时，MAR-01将以MAR-01_1ST和MAR-01_2ND注释​​。用户将必须使用提供的小部件手动将相应的基因名称分配给值。如果数据集中提供了基因描述，则用户只需要将基因名称与基因描述匹配。否则，用户将必须检查其RAW数据集，以确定MAR-01_1st和MAR-01_2nd的含义。 MAR-02值也是如此。

最后，用户可以键入感兴趣的基因（例如Marchf1），以检查是否确实使用了新基因名称更新了基因表达数据。

本地运行基因更新工具

请在本地执行以下步骤以运行基因更新工具：

技术要求

请安装以下内容：

1. 在https://www.python.org/downloads/安装Python 3.7（或更高版本）
2. 安装任何文本编辑器（例如Sublime或Visual Studio代码）允许编辑Python（.py）文件

在本地安装简化

要安装简化，请在终端中运行以下代码：

 pip install streamlit

为date_gene_tool安装软件包

通过在终端中键入以下命令在本地安装以下软件包：

 pip install pandas
pip install numpy
pip install regex
pip install inflect
pip install dateparser
pip install openpyxl
pip install xlrd
pip install XlsxWriter
pip install streamlit-tags

在本地组织简化应用程序

要创建一个名为shettlit_apps的新文件夹并将其作为我们当前的目录，请在终端中键入以下内容：

 mkdir streamlit_apps
cd streamlit_apps

创建date_gene_tool.py文件本地文件

在终端中执行以下命令：

 mkdir date_gene_tool
cd date_gene_tool
touch date_gene_tool

这将生成一个名为date_gene_tool.py的本地文件。找到date_gene_tool.py文件后，在文本编辑器中打开文件（例如Sublime或Visual Studio代码）。

打开文件时，请复制并粘贴位于以下位置的代码：https：//github.com/kuanrongchan/date-to-gene-gene-converter/blob/main/main/main/date_gene_tool.py.py。

在输入代码后，请记住保存文件。

下载演示和HGNC符号转换文件

在github地址（https://github.com/kuanrongchan/date-to-gene-converter）中，下载以下2个文件，然后将2个文件放入date_gene_tool文件夹中（一起使用date_gene_tool.py.py文件）

1. 演示CSV
2. hgnc-symbol-check2.csv

本地运行基因更新工具

您可以通过在终端中键入本地运行该程序：

 streamlit run date_gene_tool.py

这应该在默认浏览器中出现的Gene Updater应用程序打开一个新选项卡

概括

总而言之，要在本地运行文件，请下载此存储库，安装要求并在命令行中使用以下代码运行脚本

 cd path/to/folder
pip install -r requirements.txt
streamlit run date_gene_tool.py

请注意，用户还可以通过按“代码”下拉窗口小部件在本地运行程序来直接以zip文件格式下载GitHub中的所有文件。

您也可以直接从Zenodo访问文件

学分

该应用程序由新加坡杜克 - 纳斯医学院的Clara Koh，Justin Ooi和Kuan Rong Chan开发。有关我们所做工作的更多详细信息，请访问我们的网站：kuanrongchan.com

引用

要引用您对Gene Updater的使用，请参考本文（https://www.nature.com/articles/s41598-022-17104-3）：

KOH，CWT，OOI，JSG，JOLY，GLC等。 Gene Updater：一种自动更正和更新Excel错误识别基因名称的Web工具。 SCI REP 12，12743（2022）。 https://doi.org/10.1038/s41598-022-17104-3