date to gene converter
Gene Updater is now published in Scientific Reports
A conversão automática de genes em datas no Excel pode ser problemática, pois as datas convertidas não são reconhecidas nos bancos de dados de via. Essa ferramenta da Web, portanto, serve para converter os nomes antigos de genes ou remover nos nomes de genes atualizados, conforme recomendado pelo Comitê de Nomenclatura do Gene Hugo (HGNC). A instância de corrida do aplicativo é implantada em: https://share.streamlit.io/kuanrongchan/date-to-gene-converter/main/date_gene_tool.py
Os usuários podem fazer upload de seus arquivos ou arquivos .csv ou .xlsx. Verifique se a primeira coluna contém os nomes de genes. Ter uma descrição do gene na segunda coluna é útil para mapear os genes MAR-01 e MAR-02, embora essa etapa não seja obrigatória. A caixa de seleção é fornecida para os usuários inspecionarem seus dados. Se nenhum dados for enviado, um conjunto de dados de demonstração que consiste em uma lista restrita de genes será pré-carregada. Os usuários podem usar o conjunto de dados de demonstração pré-carregado para explorar os recursos e funcionalidades da ferramenta da Web.
Se a primeira coluna contiver os nomes de genes antigos, esses genes serão atualizados para os novos nomes de genes usando o WebTool. Se a primeira coluna contiver datas, elas serão convertidas nos nomes de genes atualizados, com exceção de Mar-01 e Mar-02, pois esses termos podem ser mapeados para mais de um gene.
Quando houver valores duplicados de mar-01, mar-01 será anotado como MAR-01_1ST e MAR-01_2ND. Os usuários terão que atribuir manualmente os nomes de genes correspondentes aos valores usando os widgets fornecidos. Se a descrição do gene for fornecida no conjunto de dados, os usuários precisarão corresponder ao nome do gene com a descrição do gene. Caso contrário, os usuários terão que verificar seu conjunto de dados bruto para verificar o que a média do MAR-01_1ST e MAR-01_2nd. O mesmo processo também vale para os valores de Mar-02.
Finalmente, os usuários podem se inscrever nos genes de interesse (por exemplo, março -1) para inspecionar se os dados de expressão gênica foram realmente atualizados com os novos nomes de genes.
Execute as seguintes etapas para executar a ferramenta de atualizador de genes localmente:
Por favor, instale o seguinte:
Para instalar o streamlit, execute o seguinte código no terminal:
pip install streamlit
Instale os pacotes a seguir localmente, digitando os seguintes comandos no terminal:
pip install pandas
pip install numpy
pip install regex
pip install inflect
pip install dateparser
pip install openpyxl
pip install xlrd
pip install XlsxWriter
pip install streamlit-tags
Para criar uma nova pasta chamada STREAMLIT_APPS e torná -lo nosso diretório atual, digite o seguinte no terminal:
mkdir streamlit_apps
cd streamlit_apps
Execute os seguintes comandos no terminal:
mkdir date_gene_tool
cd date_gene_tool
touch date_gene_tool
Isso gerará um arquivo local chamado nomeado como date_gene_tool.py. Depois de localizar o arquivo date_gene_tool.py, abra o arquivo no editor de texto (por exemplo, sublime ou código do Visual Studio).
Ao abrir o arquivo, copie e cole os códigos localizados em: https://github.com/kuanrongchan/date-to-gene-converter/blob/main/date_gene_tool.py.
Lembre -se de salvar o arquivo após digitar os códigos.
No endereço do github (https://github.com/kuanrongchan/date-to-gene-converter), faça o download dos 2 arquivos a seguir e coloque os 2 arquivos na pasta DATE_GENE_TOOL (juntamente com o arquivo date_gene_tool.py):
Você pode executar o programa localmente digitando no terminal:
streamlit run date_gene_tool.py
Isso deve abrir uma nova guia com o aplicativo de atualizador de genes aparecendo no seu navegador padrão
Em resumo, para executar o arquivo localmente, faça o download deste repositório, instale os requisitos e execute o script com os seguintes códigos na linha de comando
cd path/to/folder
pip install -r requirements.txt
streamlit run date_gene_tool.py
Observe que os usuários também podem baixar diretamente todos os arquivos no GitHub no formato do arquivo zip pressionando o widget suspenso "código" para executar o programa localmente.
Você também pode acessar os arquivos diretamente da Zenodo
Este aplicativo é desenvolvido por Clara Koh, Justin Ooi e Kuan Rong Chan, da Duke-Nus Medical School, Cingapura. Para mais detalhes sobre o que fazemos, visite nosso site em: kuanrongchan.com
Para citar seu uso do Gene Updater, faça referenciar este artigo (https://www.nature.com/articles/s41598-022-17104-3):
KOH, CWT, OOI, JSG, Joly, GLC et al. GENE Updater: uma ferramenta da Web que se autocorrecte e atualiza para os nomes de genes do Excel. Sci Rep 12, 12743 (2022). https://doi.org/10.1038/S41598-022-17104-3
