date to gene converter

유전자 업데이트

전환 된 날짜가 경로 데이터베이스에서 인식되지 않기 때문에 Excel의 날짜로 유전자를 자동으로 변환하는 것은 문제가 될 수 있습니다. 따라서이 웹 도구는 Hugo Gene Nomenclature Committee (HGNC)가 권장하는 바에 따라 오래된 유전자 이름 또는 날짜를 업데이트 된 유전자 이름으로 전환하는 역할을합니다. 앱의 실행되는 인스턴스는 https://share.streamlit.io/kuanrongchan/date-to-gene-converter/main/date_gene_tool.py에 배포됩니다.

웹 도구 사용에 대한 지침

사용자는 .csv 또는 .xlsx 파일 또는 파일을 업로드 할 수 있습니다. 첫 번째 열에 유전자 이름이 포함되어 있는지 확인하십시오. 두 번째 컬럼에 유전자 설명을 갖는 것은 MAR-01 및 Mar-02 유전자를 매핑하는 데 유용하지만,이 단계는 필수는 아닙니다. 사용자가 데이터를 검사 할 수있는 확인란이 제공됩니다. 데이터가 업로드되지 않으면 제한된 유전자 목록으로 구성된 데모 데이터 세트가 사전로드됩니다. 사용자는 사전로드 된 데모 데이터 세트를 사용하여 웹 도구의 기능과 기능을 탐색 할 수 있습니다.

첫 번째 열에 오래된 유전자 이름이 포함 된 경우,이 유전자는 WebTool을 사용하여 새로운 유전자 이름으로 업데이트됩니다. 첫 번째 열에 날짜가 포함 된 경우,이 용어는 둘 이상의 유전자에 매핑 될 수 있으므로 Mar-01 및 Mar-02를 제외하고 업데이트 된 유전자 이름으로 변환됩니다.

MAR-01 값이 중복되면 Mar-01은 Mar-01_1st 및 Mar-01_2nd로 주석이 달린다. 사용자는 제공된 위젯을 사용하여 해당 유전자 이름을 수동으로 할당해야합니다. 유전자 설명이 데이터 세트에 제공되면 사용자는 유전자 이름을 유전자 설명과 일치시켜야합니다. 그렇지 않으면 사용자는 MAR-01_1ST 및 3 월 01_2nd의 의미를 확인하기 위해 원시 데이터 세트를 확인해야합니다. Mar-02 값에 대해서도 동일한 프로세스가 발생합니다.

마지막으로, 사용자는 관심 유전자 (예 : MarchF1)에서 유전자 발현 데이터가 실제로 새로운 유전자 이름으로 업데이트되었는지 검사 할 수 있습니다.

유전자 업데이트 도구를 로컬로 실행합니다

유전자 업데이트 도구를 로컬로 실행하려면 다음 단계를 실행하십시오.

기술 요구 사항

다음을 설치하십시오.

1. https://www.python.org/downloads/에 Python 3.7 (또는 이후)을 설치하십시오.
2. Python (.py) 파일 편집을 허용하기 위해 텍스트 편집기 (예 : Sublime 또는 Visual Studio Code)를 설치하십시오.

로컬로 유선을 설치합니다

sleamlit을 설치하려면 터미널에서 다음 코드를 실행하십시오.

 pip install streamlit

date_gene_tool 용 패키지 설치

터미널에서 다음 명령을 입력하여 다음 패키지를 로컬로 설치하십시오.

 pip install pandas
pip install numpy
pip install regex
pip install inflect
pip install dateparser
pip install openpyxl
pip install xlrd
pip install XlsxWriter
pip install streamlit-tags

로컬에서 유선형 ​​앱을 구성합니다

sleamlit_apps라는 새 폴더를 만들고 현재 디렉토리로 만들려면 터미널에 다음을 입력하십시오.

 mkdir streamlit_apps
cd streamlit_apps

로컬로 date_gene_tool.py 파일 생성

터미널에서 다음 명령을 실행하십시오.

 mkdir date_gene_tool
cd date_gene_tool
touch date_gene_tool

이것은 date_gene_tool.py로 명명 된 로컬 파일을 생성합니다. date_gene_tool.py 파일을 찾은 후 텍스트 편집기에서 파일을 엽니 다 (예 : Sublime 또는 Visual Studio Code).

파일을 열면 https://github.com/kuanrongchan/date-to-gene-converter/blob/main/date_gene_tool.py에있는 코드를 복사하여 붙여 넣으십시오.

코드에서 입력 한 후 파일을 저장해야합니다.

데모 및 HGNC 기호 변환 파일 다운로드

github 주소 (https://github.com/kuanrongchan/date-to-gene-converter)에서 다음 2 개의 파일을 다운로드하고 date_gene_tool 폴더 내에 두 파일을 배치합니다 (date_gene_tool.py 파일과 함께).

1. demo.csv
2. HGNC-SYMBOL-Check2.csv

로컬로 유전자 업데이트 도구를 실행합니다

터미널에서 입력하여 로컬로 프로그램을 실행할 수 있습니다.

 streamlit run date_gene_tool.py

기본 브라우저에 Gene Updater 앱이 나타나는 새 탭을 열어야합니다.

요약

요약하면, 파일을 로컬로 실행하려면이 저장소를 다운로드하고 요구 사항을 설치하고 명령 줄에서 다음 코드로 스크립트를 실행하십시오.

 cd path/to/folder
pip install -r requirements.txt
streamlit run date_gene_tool.py

사용자는 "Code"드롭 다운 위젯을 눌러 프로그램을 로컬로 실행하여 GitHub 내의 모든 파일을 ZIP 파일 형식으로 직접 다운로드 할 수 있습니다.

Zenodo에서 직접 파일에 액세스 할 수도 있습니다

크레딧

이 앱은 싱가포르 Duke-Nus 의과 대학의 Clara Koh, Justin Ooi 및 Kuan Rong Chan이 개발했습니다. 우리가하는 일에 대한 자세한 내용은 웹 사이트를 방문하십시오 : kuanrongchan.com

소환

Gene Updater 사용을 인용하려면이 기사 (https://www.nature.com/articles/s41598-022-17104-3)를 참조하십시오.

KoH, CWT, OOI, JSG, Joly, Glc et al. Gene Updater : Excel 잘못 식별 된 유전자 이름을 자동으로 수정하고 업데이트하는 웹 도구. Sci Rep 12, 12743 (2022). https://doi.org/10.1038/s41598-022-17104-3