date to gene converter
Gene Updater is now published in Scientific Reports
変換された日付は経路データベースで認識されていないため、Excelの遺伝子の自動変換は問題がある場合があります。したがって、このWebツールは、Hugo遺伝子命名法委員会（HGNC）が推奨するように、古い遺伝子名または日付を更新された遺伝子名に変換するのに役立ちます。アプリの実行中のインスタンスは、https：//share.streamlit.io/kuanrongchan/date-to-gene-converter/main/date_gene_tool.pyに展開されています。
ユーザーは、.csvまたは.xlsxファイルまたはファイルをアップロードできます。最初の列に遺伝子名が含まれていることを確認してください。 2番目の列に遺伝子説明を持つことは、MAR-01およびMAR-02遺伝子のマッピングに役立ちますが、このステップは必須ではありません。ユーザーがデータを検査できるようにチェックボックスが提供されています。データがアップロードされていない場合、遺伝子の制限されたリストからなるデモデータセットが事前にロードされます。ユーザーは、事前にロードされたデモデータセットを使用して、Webツールの機能と機能を調査できます。
最初の列に古い遺伝子名が含まれている場合、これらの遺伝子はWebtoolを使用して新しい遺伝子名に更新されます。最初の列に日付が含まれている場合、これらの用語は複数の遺伝子にマッピングできるため、MAR-01とMAR-02を除き、更新された遺伝子名に変換されます。
重複したMAR-01値がある場合、MAR-01はMAR01_1STおよびMAR-01_2NDとして注釈が付けられます。ユーザーは、提供されたウィジェットを使用して、対応する遺伝子名を値に手動で割り当てる必要があります。データセットで遺伝子の説明が提供されている場合、ユーザーは遺伝子名を遺伝子記述に一致させる必要があります。それ以外の場合、ユーザーはRAWデータセットをチェックして、MAR-01_1STおよびMAR-01_2NDの平均を確認する必要があります。同じプロセスもMAR-02の値にも当てはまります。
最後に、ユーザーは関心のある遺伝子（MARTF1など）のキーをキーにして、遺伝子発現データが実際に新しい遺伝子名で更新されているかどうかを調べることができます。
次の手順を実行して、遺伝子アップデーターツールをローカルに実行してください。
以下をインストールしてください。
Riremlitをインストールするには、端末で次のコードを実行します。
pip install streamlit
次のコマンドを端末に入力して、次のパッケージをローカルにインストールします。
pip install pandas
pip install numpy
pip install regex
pip install inflect
pip install dateparser
pip install openpyxl
pip install xlrd
pip install XlsxWriter
pip install streamlit-tags
Streamlit_Appsという新しいフォルダーを作成し、現在のディレクトリを作成するには、端末に次のように入力します。
mkdir streamlit_apps
cd streamlit_apps
端末で次のコマンドを実行します。
mkdir date_gene_tool
cd date_gene_tool
touch date_gene_tool
これにより、date_gene_tool.pyと呼ばれる名前のあるローカルファイルが生成されます。 date_gene_tool.pyファイルを見つけた後、テキストエディター（SublimeまたはVisual Studioコードなど）でファイルを開きます。
ファイルを開くときは、https：//github.com/kuanrongchan/date-to-gene-converter/blob/main/date_gene_tool.pyにあります。
コードを入力した後、ファイルを保存することを忘れないでください。
githubアドレス（https://github.com/kuanrongchan/date-to-gene-converter）で、次の2つのファイルをダウンロードし、2つのファイルをdate_gene_toolフォルダー内に配置します（date_gene_tool.pyファイルとともに）：
ターミナルを入力して、プログラムをローカルに実行できます。
streamlit run date_gene_tool.py
これにより、デフォルトのブラウザにGene Updaterアプリが表示される新しいタブが開きます
要約すると、ファイルをローカルに実行するには、このリポジトリをダウンロードし、要件をインストールし、コマンドラインに次のコードを使用してスクリプトを実行してください
cd path/to/folder
pip install -r requirements.txt
streamlit run date_gene_tool.py
ユーザーは、「コード」ドロップダウンウィジェットを押してプログラムをローカルに実行することにより、ZIPファイル形式のGitHub内のすべてのファイルを直接ダウンロードすることもできます。
Zenodoから直接ファイルにアクセスすることもできます
このアプリは、シンガポールのデューク・ヌス・メディカル・スクールのクララ・コー、ジャスティン・オイ、クアン・ロン・チャンによって開発されました。私たちがしていることの詳細については、当社のウェブサイト（kuanrongchan.com）をご覧ください。
Gene Updaterの使用を引用するには、この記事を参照してください（https://www.nature.com/articles/S41598-022-17104-3）：
KOH、CWT、OOI、JSG、Joly、Glc et al。 Gene Updater：Excelの誤認された遺伝子名を自動修正して更新するWebツール。 Sci Rep 12、12743（2022）。 https://doi.org/10.1038/S41598-022-17104-3
