date to gene converter
Gene Updater is now published in Scientific Reports
Konversi otomatis gen menjadi tanggal di Excel dapat menjadi masalah, karena tanggal yang dikonversi tidak dikenali dalam database jalur. Alat web ini dengan demikian berfungsi untuk mengonversi nama gen lama atau tanggal kembali ke nama gen yang diperbarui seperti yang direkomendasikan oleh Komite Nomenklatur Gen Hugo (HGNC). Instance yang sedang berjalan dari aplikasi ini digunakan di: https://share.streamlit.io/kuanrongchan/date-to-gene-converter/main/date_gene_tool.py
Pengguna dapat mengunggah file atau file .csv atau .xlsx mereka. Pastikan kolom pertama berisi nama gen. Memiliki deskripsi gen pada kolom kedua berguna untuk memetakan gen Mar-01 dan Mar-02, meskipun langkah ini tidak wajib. Kotak centang disediakan untuk pengguna untuk memeriksa data mereka. Jika tidak ada data yang diunggah, dataset demo yang terdiri dari daftar gen terbatas yang telah dimuat sebelumnya. Pengguna dapat menggunakan dataset demo yang telah dimuat sebelumnya untuk menjelajahi fitur dan fungsionalitas alat web.
Jika kolom pertama berisi nama gen lama, gen ini akan diperbarui ke nama gen baru menggunakan webtool. Jika kolom pertama berisi tanggal, mereka akan dikonversi ke nama gen yang diperbarui, dengan pengecualian Mar-01 dan Mar-02 karena istilah-istilah ini dapat dipetakan ke lebih dari satu gen.
Ketika ada duplikat nilai Mar-01, Mar-01 akan dijelaskan sebagai Mar-01_1st dan Mar-01_2nd. Pengguna harus secara manual menetapkan nama gen yang sesuai ke nilai menggunakan widget yang disediakan. Jika deskripsi gen disediakan dalam dataset, pengguna hanya perlu mencocokkan nama gen dengan deskripsi gen. Kalau tidak, pengguna harus memeriksa dataset mentah mereka untuk memastikan apa rata-rata MAR-01_1st dan Mar-01_2nd. Proses yang sama berlaku untuk nilai Mar-02 juga.
Akhirnya, pengguna dapat memasukkan gen yang diminati (misalnya Marchf1) untuk memeriksa apakah data ekspresi gen memang telah diperbarui dengan nama gen baru.
Harap jalankan langkah -langkah berikut untuk menjalankan alat pembaruan gen secara lokal:
Harap instal berikut ini:
Untuk menginstal StreamLit, jalankan kode berikut di Terminal:
pip install streamlit
Instal paket berikut secara lokal dengan mengetikkan perintah berikut di terminal:
pip install pandas
pip install numpy
pip install regex
pip install inflect
pip install dateparser
pip install openpyxl
pip install xlrd
pip install XlsxWriter
pip install streamlit-tags
Untuk membuat folder baru yang disebut streamlit_apps dan menjadikannya direktori kami saat ini, ketik yang berikut di terminal:
mkdir streamlit_apps
cd streamlit_apps
Jalankan perintah berikut di terminal:
mkdir date_gene_tool
cd date_gene_tool
touch date_gene_tool
Ini akan menghasilkan file lokal yang dinamai sebagai date_gene_tool.py. Setelah menemukan file date_gene_tool.py, buka file dalam editor teks (misalnya kode studio Sublime atau Visual).
Saat Anda membuka file, salin dan tempel kode yang terletak di: https://github.com/kuanrongchan/date-to-gene-converter/blob/main/date_gene_tool.py.
Ingatlah untuk menyimpan file setelah mengetikkan kode.
Di alamat github (https://github.com/kuanrongchan/date-to-gene-converter), unduh 2 file berikut dan letakkan 2 file dalam folder Date_gene_tool (bersama dengan file date_gene_tool.py):
Anda dapat menjalankan program secara lokal dengan mengetik di terminal:
streamlit run date_gene_tool.py
Ini harus membuka tab baru dengan aplikasi Gene Updater yang muncul di browser default Anda
Singkatnya, untuk menjalankan file secara lokal, silakan unduh repositori ini, instal persyaratan dan jalankan skrip dengan kode berikut di baris perintah
cd path/to/folder
pip install -r requirements.txt
streamlit run date_gene_tool.py
Perhatikan bahwa pengguna juga dapat langsung mengunduh semua file dalam GitHub dalam format file zip dengan menekan widget dropdown "kode" untuk menjalankan program secara lokal.
Anda juga dapat mengakses file langsung dari Zenodo
Aplikasi ini dikembangkan oleh Clara Koh, Justin Ooi dan Kuan Rong Chan dari Duke-Nus Medical School, Singapura. Untuk detail lebih lanjut tentang apa yang kami lakukan, silakan kunjungi situs web kami di: kuanrongchan.com
Untuk mengutip penggunaan pembaruan gen Anda, silakan merujuk artikel ini (https://www.nature.com/articles/s41598-022-17104-3):
KOH, CWT, OOI, JSG, Joly, Glc et al. Gene Updater: Alat web yang mengorokreksi dan memperbarui nama gen yang salah diidentifikasi Excel. SCI Rep 12, 12743 (2022). https://doi.org/10.1038/s41598-022-17104-3
