date to gene converter
Gene Updater is now published in Scientific Reports
Автоматическое преобразование генов в даты в Excel может быть проблематичным, так как преобразованные даты не распознаются в базах данных Pathway. Таким образом, этот веб -инструмент служит для преобразования старых имен или дат генов в обновленные имена генов, рекомендованные Комитетом номенклатуры гена Хьюго (HGNC). Занимающийся экземпляр приложения развернут по адресу: https://share.streamlit.io/kuanrongchan/date-to-gene-converter/main/date_gene_tool.py
Пользователи могут загружать свой файл .csv или .xlsx. Убедитесь, что первый столбец содержит имена генов. Наличие описания гена на втором столбце полезно для картирования генов MAR-01 и MAR-02, хотя этот шаг не является обязательным. Флакторы предоставляются пользователям для проверки своих данных. Если данные не загружаются, демонстрационный набор данных, состоящий из ограниченного списка генов, предварительно загружен. Пользователи могут использовать предварительно загруженный демонстрационный набор данных для изучения функций и функций веб-инструмента.
Если первый столбец содержит старые имена генов, эти гены будут обновлены до новых имен генов с помощью WebTool. Если первый столбец содержит даты, они будут преобразованы в обновленные имена генов, за исключением MAR-01 и MAR-02, поскольку эти термины могут быть сопоставлены с более чем одним геном.
Когда существуют дубликаты значений MAR-01, MAR-01 будет аннотирован как MAR-01_1ST и MAR-01_2ND. Пользователям придется вручную назначать соответствующие имена генов на значения, используя предоставленные виджеты. Если в наборе данных приведено описание гена, пользователям просто нужно будет соответствовать имени гена с описанием гена. В противном случае пользователи должны будут проверить свой набор данных, чтобы выяснить, что означает MAR-01_1ST и MAR-01_2-й. Тот же процесс также идет для значений MAR-02.
Наконец, пользователи могут ключевать в интересующих генах (например, Marchf1), чтобы осмотреть, если данные экспрессии генов действительно были обновлены с помощью новых имен генов.
Пожалуйста, выполните следующие шаги, чтобы запустить инструмент обновления генов локально:
Пожалуйста, установите следующее:
Для установки потоковой связи запустите следующий код в терминале:
pip install streamlit
Установите следующие пакеты локально, набрав следующие команды в терминале:
pip install pandas
pip install numpy
pip install regex
pip install inflect
pip install dateparser
pip install openpyxl
pip install xlrd
pip install XlsxWriter
pip install streamlit-tags
Чтобы создать новую папку с именем wreamlit_apps и сделать ее нашего текущего каталога, введите следующее в терминале:
mkdir streamlit_apps
cd streamlit_apps
Выполнить следующие команды в терминале:
mkdir date_gene_tool
cd date_gene_tool
touch date_gene_tool
Это генерирует локальный файл с именем, который называется Date_gene_tool.py. После поиска файла date_gene_tool.py откройте файл в текстовом редакторе (например, Sublime или Visual Studio Code).
Когда вы откроете файл, скопируйте и вставьте коды, которые расположены по адресу: https://github.com/kuanrongchan/date-to-gene-converter/blob/main/date_gene_tool.py.
Не забудьте сохранить файл после ввода в кодах.
В адресе github (https://github.com/kuanrongchan/date-to-gene-converter) загрузите следующие 2 файла и поместите 2 файла в папке date_gene_tool (вместе с файлом date_gene_tool.py):
Вы можете запустить программу локально, набрав в терминале:
streamlit run date_gene_tool.py
Это должно открыть новую вкладку с приложением Gene Updater, появившимся в вашем браузере по умолчанию
Таким образом, чтобы запустить файл локально, загрузите этот репозиторий, установите требования и запустите скрипт со следующими кодами в командной строке
cd path/to/folder
pip install -r requirements.txt
streamlit run date_gene_tool.py
Обратите внимание, что пользователи также могут напрямую загружать все файлы в GitHub в формате файла ZIP, нажав раскрывающийся виджет «код» для запуска программы локально.
Вы также можете получить доступ к файлам непосредственно из Zenodo
Это приложение разработано Кларой Ко, Джастином Оои и Куан Ронг Чан из медицинской школы Duke-Nus, Сингапур. Для получения более подробной информации о том, что мы делаем, посетите наш веб -сайт по адресу: kuanrongchan.com
Чтобы ссылаться на использование обновления генов, обратитесь к этой статье (https://www.nature.com/articles/s41598-022-17104-3):
Ко, CWT, OOI, JSG, Joly, GLC et al. Gene Updater: веб -инструмент, который автозагодает и обновляется для Excel неправильно идентифицированных имен генов. SCI Rep 12, 12743 (2022). https://doi.org/10.1038/S41598-022-17104-3
