date to gene converter
Gene Updater is now published in Scientific Reports
การแปลงยีนอัตโนมัติเป็นวันที่ใน Excel อาจเป็นปัญหาได้เนื่องจากวันที่แปลงไม่ได้รับการยอมรับในฐานข้อมูลทางเดิน เครื่องมือบนเว็บนี้ทำหน้าที่ในการแปลงชื่อยีนเก่าหรือย้อนกลับไปเป็นชื่อยีนที่อัปเดตตามที่แนะนำโดยคณะกรรมการการตั้งชื่อ Hugo Gene (HGNC) อินสแตนซ์ที่รันอยู่ของแอพถูกปรับใช้ที่: https://share.streamlit.io/kuanrongchan/date-to-gene-converter/main/date_gene_tool.py
ผู้ใช้สามารถอัปโหลดไฟล์หรือไฟล์. csv หรือ. xlsx ได้ ตรวจสอบให้แน่ใจว่าคอลัมน์แรกมีชื่อยีน การมีคำอธิบายยีนในคอลัมน์ที่สองมีประโยชน์สำหรับการแมปยีน Mar-01 และ Mar-02 แม้ว่าขั้นตอนนี้จะไม่ถูกบังคับ ช่องทำเครื่องหมายมีไว้สำหรับผู้ใช้เพื่อตรวจสอบข้อมูลของพวกเขา หากไม่มีการอัปโหลดข้อมูลชุดข้อมูลตัวอย่างที่ประกอบด้วยรายการยีนที่ จำกัด จะถูกโหลดล่วงหน้า ผู้ใช้สามารถใช้ชุดข้อมูลตัวอย่างที่โหลดไว้ล่วงหน้าเพื่อสำรวจคุณสมบัติและฟังก์ชันการทำงานของเครื่องมือเว็บ
หากคอลัมน์แรกมีชื่อยีนเก่ายีนเหล่านี้จะได้รับการอัปเดตเป็นชื่อยีนใหม่โดยใช้ webtool หากคอลัมน์แรกมีวันที่พวกเขาจะถูกแปลงเป็นชื่อยีนที่อัปเดตยกเว้น Mar-01 และ Mar-02 เนื่องจากคำเหล่านี้สามารถแมปกับยีนมากกว่าหนึ่งยีน
เมื่อมีค่า MAR-01 ที่ซ้ำกัน Mar-01 จะมีคำอธิบายประกอบเป็น mar-01_1st และ mar-01_2nd ผู้ใช้จะต้องกำหนดชื่อยีนที่สอดคล้องกันให้กับค่าโดยใช้วิดเจ็ตที่ให้ไว้ด้วยตนเอง หากคำอธิบายของยีนมีให้ในชุดข้อมูลผู้ใช้จะต้องจับคู่ชื่อยีนกับคำอธิบายของยีน มิฉะนั้นผู้ใช้จะต้องตรวจสอบชุดข้อมูล RAW เพื่อตรวจสอบว่าค่าเฉลี่ย Mar-01_1st และ Mar-01_2nd หมายถึงอะไร กระบวนการเดียวกันนี้สำหรับค่า Mar-02 เช่นกัน
ในที่สุดผู้ใช้สามารถคีย์ในยีนที่น่าสนใจ (เช่น Marchf1) เพื่อตรวจสอบว่าข้อมูลการแสดงออกของยีนได้รับการปรับปรุงอย่างแท้จริงด้วยชื่อยีนใหม่หรือไม่
โปรดดำเนินการตามขั้นตอนต่อไปนี้เพื่อเรียกใช้เครื่องมือ updater ยีนในเครื่อง:
กรุณาติดตั้งสิ่งต่อไปนี้:
ในการติดตั้ง Streamlit ให้เรียกใช้รหัสต่อไปนี้ในเทอร์มินัล:
pip install streamlit
ติดตั้งแพ็คเกจต่อไปนี้โดยพิมพ์คำสั่งต่อไปนี้ในเทอร์มินัล:
pip install pandas
pip install numpy
pip install regex
pip install inflect
pip install dateparser
pip install openpyxl
pip install xlrd
pip install XlsxWriter
pip install streamlit-tags
หากต้องการสร้างโฟลเดอร์ใหม่ที่เรียกว่า StreamLit_Apps และทำให้ไดเรกทอรีปัจจุบันของเราพิมพ์ต่อไปนี้ในเทอร์มินัล:
mkdir streamlit_apps
cd streamlit_apps
ดำเนินการคำสั่งต่อไปนี้ในเทอร์มินัล:
mkdir date_gene_tool
cd date_gene_tool
touch date_gene_tool
สิ่งนี้จะสร้างไฟล์ท้องถิ่นที่มีชื่อว่าชื่อเป็น date_gene_tool.py หลังจากค้นหาไฟล์ date_gene_tool.py ให้เปิดไฟล์ในตัวแก้ไขข้อความ (เช่น Sublime หรือ Visual Studio Code)
เมื่อคุณเปิดไฟล์คัดลอกและวางรหัสที่อยู่ที่: https://github.com/kuanrongchan/date-to-gene-converter/blob/main/date_gene_tool.py
อย่าลืมบันทึกไฟล์หลังจากพิมพ์ในรหัส
ในที่อยู่ GitHub (https://github.com/kuanrongchan/date-to-gene-converter) ดาวน์โหลดไฟล์ 2 ไฟล์ต่อไปนี้และวางไฟล์ 2 ไฟล์ภายในโฟลเดอร์ date_gene_tool (พร้อมกับไฟล์ date_gene_tool.py):
คุณสามารถเรียกใช้โปรแกรมในพื้นที่โดยพิมพ์ในเทอร์มินัล:
streamlit run date_gene_tool.py
สิ่งนี้ควรเปิดแท็บใหม่ด้วยแอพ Gene Updater ที่ปรากฏในเบราว์เซอร์เริ่มต้นของคุณ
โดยสรุปในการเรียกใช้ไฟล์ในเครื่องโปรดดาวน์โหลดที่เก็บนี้ติดตั้งข้อกำหนดและเรียกใช้สคริปต์ด้วยรหัสต่อไปนี้ในบรรทัดคำสั่ง
cd path/to/folder
pip install -r requirements.txt
streamlit run date_gene_tool.py
โปรดทราบว่าผู้ใช้ยังสามารถดาวน์โหลดไฟล์ทั้งหมดภายใน GitHub ได้โดยตรงในรูปแบบไฟล์ zip โดยการกดวิดเจ็ตดรอปดาวน์ "รหัส" เพื่อเรียกใช้โปรแกรมในเครื่อง
คุณสามารถเข้าถึงไฟล์ได้โดยตรงจาก Zenodo
แอพนี้พัฒนาโดย Clara Koh, Justin Ooi และ Kuan Rong Chan จากโรงเรียนแพทย์ Duke-Nus, สิงคโปร์ สำหรับรายละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับสิ่งที่เราทำกรุณาเยี่ยมชมเว็บไซต์ของเราที่: kuanrongchan.com
หากต้องการอ้างถึงการใช้ยีนอัพเดตของคุณโปรดอ้างอิงบทความนี้ (https://www.nature.com/articles/S41598-022-17104-3):
KOH, CWT, OOI, JSG, Joly, Glc และคณะ Gene Updater: เครื่องมือบนเว็บที่แก้ไขโดยอัตโนมัติและอัปเดตสำหรับชื่อยีน Excel Misidentified SCI Rep 12, 12743 (2022) https://doi.org/10.1038/S41598-022-17104-3
