date to gene converter
Gene Updater is now published in Scientific Reports
يمكن أن يكون التحويل التلقائي للجينات إلى التواريخ في Excel مشكلة ، حيث لا يتم التعرف على التواريخ المحولة في قواعد بيانات المسار. تعمل أداة الويب هذه على تحويل أسماء الجينات القديمة أو التواريخ إلى أسماء الجينات المحدثة على النحو الموصى بها من قبل لجنة Hugo Gene Complate (HGNC). يتم نشر مثيل التشغيل للتطبيق على: https://share.streamlit.io/kuanrongchan/date-to--gene-converter/main/date_gene_tool.py
يمكن للمستخدمين تحميل ملف أو ملفات أو ملفات .xlsx الخاصة بهم. تأكد من أن العمود الأول يحتوي على أسماء الجينات. إن وجود وصف للجين على العمود الثاني مفيد لرسم خرائط جينات Mar-01 و Mar-02 ، على الرغم من أن هذه الخطوة ليست إلزامية. يتم توفير مربع الاختيار للمستخدمين لتفقد بياناتهم. إذا لم يتم تحميل أي بيانات ، يتم تحميل مجموعة بيانات تجريبية تتكون من قائمة مقيدة من الجينات مسبقًا. يمكن للمستخدمين استخدام مجموعة البيانات التجريبية التي تم تحميلها مسبقًا لاستكشاف ميزات ووظائف أداة الويب.
إذا كان العمود الأول يحتوي على أسماء الجينات القديمة ، فسيتم تحديث هذه الجينات إلى أسماء الجينات الجديدة باستخدام WebTool. إذا كان العمود الأول يحتوي على تواريخ ، فسيتم تحويله إلى أسماء الجينات المحدثة ، باستثناء Mar-01 و Mar-02 حيث يمكن تعيين هذه المصطلحات لأكثر من جين واحد.
عندما تكون هناك قيم Mar-01 مكررة ، سيتم شرح Mar-01 باسم Mar-01_1st و Mar-01_2nd. سيتعين على المستخدمين تعيين أسماء الجينات المقابلة يدويًا للقيم باستخدام أجهزة التشغيل المقدمة. إذا تم توفير وصف الجينات في مجموعة البيانات ، فسوف يحتاج المستخدمون فقط إلى مطابقة اسم الجين مع وصف الجين. خلاف ذلك ، سيتعين على المستخدمين التحقق من مجموعة البيانات الأولية الخاصة بهم للتأكد من ما يعني Mar-01_1 و Mar-01_2nd. نفس العملية تنطبق على قيم Mar-02 أيضًا.
أخيرًا ، يمكن للمستخدمين المفتاح في جينات الاهتمام (على سبيل المثال MarchF1) لتفقد ما إذا كانت بيانات التعبير الجيني قد تم تحديثها بالفعل بأسماء الجينات الجديدة.
يرجى تنفيذ الخطوات التالية لتشغيل أداة تحديث الجينات محليًا:
الرجاء تثبيت ما يلي:
لتثبيت SPEREMLIT ، قم بتشغيل الرمز التالي في المحطة:
pip install streamlit
قم بتثبيت الحزم التالية محليًا عن طريق كتابة الأوامر التالية في المحطة:
pip install pandas
pip install numpy
pip install regex
pip install inflect
pip install dateparser
pip install openpyxl
pip install xlrd
pip install XlsxWriter
pip install streamlit-tags
لإنشاء مجلد جديد يسمى STREMELIT_APPS وجعله دليلنا الحالي ، اكتب ما يلي في المحطة:
mkdir streamlit_apps
cd streamlit_apps
تنفيذ الأوامر التالية في المحطة:
mkdir date_gene_tool
cd date_gene_tool
touch date_gene_tool
سيؤدي ذلك إلى إنشاء ملف محلي يسمى باسم Date_gene_tool.py. بعد تحديد موقع ملف Date_gene_tool.py ، افتح الملف في محرر النص (على سبيل المثال رمز الاستوديو المرئي أو Visual Studio).
عندما تفتح الملف ، ونسخ ولصق الرموز الموجودة على: https://github.com/kuanrongchan/date-to--gene-converter/blob/main/date_gene_tool.py.
تذكر حفظ الملف بعد الكتابة في الرموز.
في عنوان github (https://github.com/kuanrongchan/date-to--gene-converter) ، قم بتنزيل الملفان التاليان ووضع الملفان في مجلد Date_Gene_Tool (مع ملف Date_gene_tool.py):
يمكنك تشغيل البرنامج محليًا عن طريق الكتابة في Terminal:
streamlit run date_gene_tool.py
يجب أن يفتح هذا علامة تبويب جديدة مع ظهور تطبيق Gene Updater في متصفحك الافتراضي
باختصار ، لتشغيل الملف محليًا ، يرجى تنزيل هذا المستودع وتثبيت المتطلبات وتشغيل البرنامج النصي مع الرموز التالية في سطر الأوامر
cd path/to/folder
pip install -r requirements.txt
streamlit run date_gene_tool.py
لاحظ أنه يمكن للمستخدمين أيضًا تنزيل جميع الملفات داخل GitHub بتنسيق ملف ZIP عن طريق الضغط على عنصر واجهة المستخدم "الرمز" المنسدلة لتشغيل البرنامج محليًا.
يمكنك أيضًا الوصول إلى الملفات مباشرة من Zenodo
تم تطوير هذا التطبيق بواسطة Clara Koh و Justin Ooi و Kuan Rong Chan من كلية Duke-Nus Medical ، سنغافورة. لمزيد من التفاصيل حول ما نقوم به ، يرجى زيارة موقعنا على: kuanrongchan.com
للاستشهاد باستخدامك لمحديثات الجينات ، يرجى الرجوع إلى هذه المقالة (https://www.nature.com/articles/S41598-022-17104-3):
KOH ، CWT ، OOI ، JSG ، JOLY ، GLC et al. Updater الجينات: أداة ويب تصحيح تلقائيًا وتحديثات لأسماء الجينات التي تم تحديدها بشكل خاطئ. SCI Rep 12 ، 12743 (2022). https://doi.org/10.1038/S41598-022-17104-3
