primerdriver

底漆：诱变PCR引物的自动设计

介绍

PrimerRiver是一种用户友好的生物信息学平台，专门设计用于用易于使用的命令行界面生成站点定向的诱变实验的引物。 “遍历”底漆车道，用户可以在输入DNA序列（ DNA ）时产生可能的诱变引物，通过直接突变氨基酸（ PRO ）来设计和报告用户设计的引物（ CHAR ），设计了一系列物种密码子表达系统的底漆。

用法

A.独立运行

您可以从“发行版”页面访问并下载CLI。目前，我们只有64位Windows和Linux的预制二进制文件。有关其他操作系统/体系结构，请参见在本地开发下从源建筑物的构建部分。

使用终端运行程序

primerdriver -h

这将运行帮助程序。对于首次用户，可以通过传递-i标志：以交互式模式运行该程序：

primerdriver -i

这将使您逐步浏览每个选项。可以通过将primerdriver作为Shell脚本的一部分来执行批处理设计。

B.作为Python模块运行

先决条件

• git
• 米斯

设置

1. 克隆回购到您当地的设备，并将cd推入其中

   git clone https://github.com/kvdomingo/primerdriver.git
   cd primerdriver

2. 安装依赖项：

   mise install

运行程序如下：

poetry run python -m primerdriver -h

C.从Docker跑步

运行如下：

docker run -it --entrypoint python kvdomingo/primerdriver -m primerdriver -h

Web应用程序

要获得更互动的体验，请访问Web应用程序。

文档

该文档可在https://primerdriver-docs.kvd.studio上找到。

贡献

打开公关或提出问题。您也可以根据问题的性质给Nomer或Kenneth发送电子邮件。

在本地发展

先决条件

• Docker
• 米斯

安装

一个逐步的一系列示例，告诉您如何使开发环境运行

1. 克隆仓库。
2. 安装先决条件：

   mise install
   pip install -U pre-commit
   pre-commit install

3. 安装后端依赖项：

   poetry install --no-root --with dev

4. 运行开发服务器：

   task

等待几分钟以启动所有容器，然后访问浏览器中的本地服务器：

• Web应用程序：http：// localhost：3000
• 文档：http：// localhost：8000

从来源建造

运行脚本：

 # On a Linux machine, will build for Linux x64 only
# On a Windows machine, will build for Windows and Linux x64
task build

部署

git add .
git commit -m " DESCRIPTIVE_COMMIT_MESSAGE "
git push origin your_feature_branch

your_feature_branch应该总结您按照常规提交格式实现的更改（例如， feat/xxxx ， fix/yyyy ）。

作者

• Numeriano Amer“ Nomer” E. Gutierrez-项目负责人，分子生物学家 - 电子邮件| github
• 肯尼思（Kenneth V. Domingo） - 技术领导 - 电子邮件|网站| github
• Shebna Rose D. Fabilloren-技术顾问 - 电子邮件
• Carlo M. Lapid-项目顾问 - 电子邮件

版本控制

该项目符合用于版本控制的SEMVER。对于所有可用版本，请参见标签。

执照

该项目是根据GPLV3许可证获得许可的。