primerdriver

Primerdriver: التصميم الآلي للدعوى PCR Mutagenic

مقدمة

PrimerDriver هي منصة المعلوماتية الحيوية سهلة الاستخدام مصممة خصيصًا لإنشاء الاشعال لتجارب الطفرات الموجهة إلى الموقع في سير عمل مع واجهة سطر أوامر سهلة الاستخدام. "اجتياز" ممرات primerdriver ، يمكن للمستخدمين توليد الاشعال الطفرة المحتملة عند مدخلات تسلسل الحمض النووي ( DNA ) ، وتصميم الاشعال لمجموعة من أنظمة تعبير كودون الأنواع من خلال طفرة مباشرة للحمض الأميني ( PRO ) ، وتوصيف الإبلاغ وإبلاغه بتصميم المستخدم ( CHAR ).

الاستخدام

أ. الجري المستقل

يمكنك الوصول إلى CLI وتنزيل CLI من صفحة الإصدارات. حاليًا ، لدينا فقط ثنائيات تم تصميمها مسبقًا لنظام التشغيل Windows و Linux 64 بت. للاطلاع على نظام التشغيل/البنى الأخرى ، راجع قسم المبنى من المصدر ، ضمن التطوير محليًا.

قم بتشغيل البرنامج في محطة باستخدام

primerdriver -h

هذا سوف يدير برنامج المساعدة. بالنسبة للمستخدمين لأول مرة ، يمكن تشغيل البرنامج في الوضع التفاعلي عن طريق تمرير علم -i :

primerdriver -i

سيمشي هذا عبر كل خيار خطوة بخطوة. يمكن إجراء تصميم الدُفعات من خلال تضمين primerdriver كجزء من البرنامج النصي shell.

ب. يعمل كوحدة بيثون

المتطلبات الأساسية

• غيت
• ميس

يثبت

1. استنساخ الريبو إلى جهازك المحلي cd مضغوطة فيه

   git clone https://github.com/kvdomingo/primerdriver.git
   cd primerdriver

2. تثبيت التبعيات:

   mise install

قم بتشغيل البرنامج على النحو التالي:

poetry run python -m primerdriver -h

C. الركض من Docker

تشغيل كما يلي:

docker run -it --entrypoint python kvdomingo/primerdriver -m primerdriver -h

تطبيق الويب

للحصول على تجربة أكثر تفاعلية ، تفضل بزيارة تطبيق الويب.

الوثائق

الوثائق متوفرة على https://primerdriver-docs.kvd.studio.

المساهمة

افتح العلاقات العامة أو إثارة مشكلة. يمكنك أيضًا إرسال بريد إلكتروني إلى Nomer أو Kenneth ، اعتمادًا على طبيعة القضية.

النمو محليا

المتطلبات الأساسية

• عامل ميناء
• ميس

التثبيت

سلسلة خطوة بخطوة من الأمثلة التي تخبرك بكيفية تشغيل بيئة تطوير

1. استنساخ الريبو.
2. تثبيت المتطلبات الأساسية:

   mise install
   pip install -U pre-commit
   pre-commit install

3. تثبيت التبعيات الخلفية:

   poetry install --no-root --with dev

4. قم بتشغيل خوادم التطوير:

   task

انتظر بضع دقائق حتى تبدأ جميع الحاويات ، ثم الوصول إلى الخوادم المحلية في متصفحك على:

• تطبيق الويب: http: // localhost: 3000
• مستندات: http: // localhost: 8000

بناء من المصدر

قم بتشغيل البرنامج النصي:

 # On a Linux machine, will build for Linux x64 only
# On a Windows machine, will build for Windows and Linux x64
task build

النشر

git add .
git commit -m " DESCRIPTIVE_COMMIT_MESSAGE "
git push origin your_feature_branch

حيث يجب أن تلخص your_feature_branch التغييرات التي تقوم بتنفيذها بعد تنسيق الالتزامات التقليدية (على سبيل المثال ، feat/xxxx ، fix/yyyy ).

المؤلفون

• Numeriano Amer "Nomer" E. Gutierrez - Project Lead ، Molecular Biolic - Email | جيثب
• كينيث ف. دومينغو - الرصاص الفني - البريد الإلكتروني | الموقع | جيثب
• Shebna Rose D. Fabilloren - مستشار فني - البريد الإلكتروني
• كارلو م. لابيد - مستشار المشروع - البريد الإلكتروني

الإصدار

يتوافق هذا المشروع مع Semver للإصدار. لجميع الإصدارات المتاحة ، انظر العلامات.

رخصة

هذا المشروع مرخص بموجب ترخيص GPLV3.