primerdriver

Primerdriver: Automatisches Design mutagener PCR -Primer

Einführung

PrimerDriver ist eine benutzerfreundliche Bioinformatik-Plattform, die speziell entwickelt wurde, um Primer für ortsgesteuerte Mutagenese-Experimente in Workflows mit einer benutzerfreundlichen Befehlszeilenschnittstelle zu generieren. "Durchqueren" Primerdriver-Lanes können bei der Eingabe einer DNA-Sequenz ( DNA ) mögliche mutagene Primer erzeugen, Primer für ein Array von Spezies-Codon-Expressionssystemen durch direkte Mutation der Aminosäure ( PRO ), charakterisieren und melden benutzerdefinierten Primern ( CHAR ).

Verwendung

A. Standalone laufen

Sie können auf die Seite der Veröffentlichungen auf die CLI zugreifen und herunterladen. Derzeit haben wir nur vorgefertigte Binärdateien für 64-Bit-Windows und Linux. Weitere OS/Architekturen finden Sie im Abschnitt über Gebäude aus der Quelle unter der Entwicklung lokal.

Führen Sie das Programm in einem Terminal mit

primerdriver -h

Dadurch wird das Hilfsprogramm durchgeführt. Für Erstnutzer kann das Programm im interaktiven Modus ausgeführt werden, indem das -i -Flag übergeben wird:

primerdriver -i

Dies führt Sie Schritt für Schritt durch jede Option. Das Batch -Design kann durch Einbeziehung von primerdriver als Teil eines Shell -Skripts durchgeführt werden.

B. als Python -Modul laufen

Voraussetzungen

• Git
• Isz

Aufstellen

1. Klonen Sie das Repo auf Ihr lokales Gerät und cd hinein

   git clone https://github.com/kvdomingo/primerdriver.git
   cd primerdriver

2. Abhängigkeiten installieren:

   mise install

Führen Sie das Programm wie folgt aus:

poetry run python -m primerdriver -h

C. Vom Docker rennen

Laufen Sie wie folgt:

docker run -it --entrypoint python kvdomingo/primerdriver -m primerdriver -h

Webanwendung

Für ein interaktiveres Erlebnis besuchen Sie die Webanwendung.

Dokumentation

Die Dokumentation ist unter https://primerdriver-docs.kvd.studio verfügbar.

Beitragen

Eröffnen Sie eine PR oder wecken Sie ein Problem. Sie können den Nomer oder Kenneth auch eine E -Mail senden, abhängig von der Art des Problems.

Lokal entwickeln

Voraussetzungen

• Docker
• Isz

Installation

Eine Schritt -für -Schritt -Reihe von Beispielen, in denen Sie erfahren, wie Sie eine Entwicklungsumgebung laufen

1. Klonen Sie das Repo.
2. Voraussetzungen installieren:

   mise install
   pip install -U pre-commit
   pre-commit install

3. Backend -Abhängigkeiten installieren:

   poetry install --no-root --with dev

4. Führen Sie die Entwicklungsserver aus:

   task

Warten Sie ein paar Minuten, bis alle Container beginnen können, und greifen Sie dann auf die lokalen Server in Ihrem Browser zu::

• Web -App: http: // localhost: 3000
• Dokumente: http: // localhost: 8000

Gebäude aus der Quelle

Führen Sie das Skript aus:

 # On a Linux machine, will build for Linux x64 only
# On a Windows machine, will build for Windows and Linux x64
task build

Einsatz

git add .
git commit -m " DESCRIPTIVE_COMMIT_MESSAGE "
git push origin your_feature_branch

wobei your_feature_branch die Änderungen zusammenfassen sollte, die Sie nach dem herkömmlichen Commit -Format (z. B. feat/xxxx , fix/yyyy ) implementieren.

Autoren

• Numeriano Amer "Nomer" E. Gutierrez - Projektleiter, Molekularbiologe - E -Mail | Github
• Kenneth V. Domingo - Technischer Lead - E -Mail | Website | Github
• Shebna Rose D. Fabilloren - Technischer Berater - E -Mail
• Carlo M. Lapid - Projektberater - E -Mail

Versioning

Dieses Projekt entspricht Semver für die Versionierung. Für alle verfügbaren Versionen siehe Tags.

Lizenz

Dieses Projekt ist unter der GPLV3 -Lizenz lizenziert.