primerdriver

Primerdriver: design automatizado de primers de PCR mutagênicos

Introdução

O Primerdriver é uma plataforma de bioinformática fácil de usar projetada especificamente para gerar iniciadores para experimentos de mutagênese direcionados ao site em fluxos de trabalho com uma interface de linha de comando fácil de usar. As faixas iniciadoras “atravessando”, os usuários podem gerar possíveis iniciadores mutagênicos após a entrada de uma sequência de DNA ( DNA ), iniciadores de design para uma variedade de sistemas de expressão de codão de espécies através da mutação direta do aminoácido ( PRO ), caracteriza e relatam iniciadores projetados pelo usuário ( CHAR ).

Uso

A. correndo independente

Você pode acessar e baixar a CLI na página de lançamentos. Atualmente, temos apenas binários pré-construídos para Windows e Linux de 64 bits. Para outros sistemas operacionais/arquiteturas, consulte a seção sobre o edifício da fonte, em desenvolvimento localmente.

Execute o programa em um terminal usando

primerdriver -h

Isso executará o programa de ajuda. Para os usuários iniciantes, o programa pode ser executado no modo interativo, passando o sinalizador -i :

primerdriver -i

Isso o levará a cada opção passo a passo. O design do lote pode ser realizado incluindo primerdriver como parte de um script de shell.

B. Correndo como módulo Python

Pré -requisitos

• Git
• Mise

Configurar

1. Clonar o repositório do seu dispositivo local e cd nele

   git clone https://github.com/kvdomingo/primerdriver.git
   cd primerdriver

2. Instale dependências:

   mise install

Execute o programa da seguinte forma:

poetry run python -m primerdriver -h

C. Correndo do Docker

Corra o seguinte:

docker run -it --entrypoint python kvdomingo/primerdriver -m primerdriver -h

Aplicativo da Web

Para uma experiência mais interativa, visite o aplicativo da web.

Documentação

A documentação está disponível em https://primerdriver-docs.kvd.studio.

Contribuindo

Abra um PR ou levante um problema. Você também pode enviar um e -mail para Nomer ou Kenneth, dependendo da natureza da questão.

Desenvolvendo localmente

Pré -requisitos

• Docker
• Mise

Instalação

Uma série passo a passo de exemplos que dizem como fazer um ambiente de desenvolvimento em execução

1. Clone o repo.
2. Instale pré -requisitos:

   mise install
   pip install -U pre-commit
   pre-commit install

3. Instale dependências de back -end:

   poetry install --no-root --with dev

4. Execute os servidores de desenvolvimento:

   task

Aguarde alguns minutos para que todos os contêineres iniciem e depois acesse os servidores locais em seu navegador em:

• Web App: http: // localhost: 3000
• DOCs: http: // localhost: 8000

Edifício da fonte

Execute o script:

 # On a Linux machine, will build for Linux x64 only
# On a Windows machine, will build for Windows and Linux x64
task build

Implantação

git add .
git commit -m " DESCRIPTIVE_COMMIT_MESSAGE "
git push origin your_feature_branch

Onde your_feature_branch deve resumir as alterações que você está implementando após o formato convencional de cometidos (por exemplo, feat/xxxx , fix/yyyy ).

Autores

• Numeriano Amer "NOMER" E. GUTIERREZ - Líder do projeto, biólogo molecular - Email | Github
• Kenneth V. Domingo - Lead Technical - Email | Site | Github
• Shebna Rose D. Fabilloren - Consultor Técnico - Email
• Carlo M. Lapid - Conselheiro de Projeto - Email

Versão

Este projeto está em conformidade com o Semver para versão. Para todas as versões disponíveis, consulte Tags.

Licença

Este projeto está licenciado sob a licença GPLV3.