primerdriver

PrimerDriver: Desain otomatis primer PCR mutagenik

Perkenalan

PrimerDriver adalah platform bioinformatika yang ramah pengguna yang dirancang khusus untuk menghasilkan primer untuk percobaan mutagenesis yang diarahkan ke situs ke dalam alur kerja dengan antarmuka baris perintah yang mudah digunakan. Jalur primerdriver "Traversing", pengguna dapat menghasilkan kemungkinan primer mutagenik setelah input dari urutan DNA ( DNA ), desain primer untuk serangkaian sistem ekspresi kodon spesies melalui mutasi langsung asam amino ( PRO ), mengkarakterisasi dan melaporkan primer yang dirancang pengguna ( CHAR ).

Penggunaan

A. Berlari mandiri

Anda dapat mengakses dan mengunduh CLI dari halaman rilis. Saat ini, kami hanya memiliki binari prebuilt untuk Windows dan Linux 64-bit. Untuk OS/arsitektur lainnya, lihat bagian tentang pembangunan dari sumber, di bawah pengembangan lokal.

Jalankan program di terminal menggunakan

primerdriver -h

Ini akan menjalankan program bantuan. Untuk pengguna pertama kali, program dapat dijalankan dalam mode interaktif dengan melewati bendera -i :

primerdriver -i

Ini akan memandu Anda melalui setiap opsi langkah demi langkah. Desain batch dapat dilakukan dengan memasukkan primerdriver sebagai bagian dari skrip shell.

B. Berlari sebagai Modul Python

Prasyarat

• Git
• Mise

Pengaturan

1. Klon repo ke perangkat lokal dan cd ke dalamnya

   git clone https://github.com/kvdomingo/primerdriver.git
   cd primerdriver

2. Instal dependensi:

   mise install

Jalankan program sebagai berikut:

poetry run python -m primerdriver -h

C. Berlari dari Docker

Jalankan sebagai berikut:

docker run -it --entrypoint python kvdomingo/primerdriver -m primerdriver -h

Aplikasi Web

Untuk pengalaman yang lebih interaktif, kunjungi aplikasi web.

Dokumentasi

Dokumentasi tersedia di https://primerdriver-docs.kvd.studio.

Berkontribusi

Buka PR atau angkat masalah. Anda juga dapat mengirim email ke Nomer atau Kenneth, tergantung pada sifat masalah ini.

Berkembang secara lokal

Prasyarat

• Buruh pelabuhan
• Mise

Menginstal

Serangkaian contoh contoh contoh yang memberi tahu Anda cara menjalankan lingkungan pengembangan

1. Kloning repo.
2. Instal Prasyarat:

   mise install
   pip install -U pre-commit
   pre-commit install

3. Instal Ketergantungan Backend:

   poetry install --no-root --with dev

4. Jalankan server pengembangan:

   task

Tunggu beberapa menit agar semua wadah memulai, lalu akses server lokal di browser Anda di:

• Aplikasi Web: http: // localhost: 3000
• Dokumen: http: // localhost: 8000

Membangun dari sumber

Jalankan skrip:

 # On a Linux machine, will build for Linux x64 only
# On a Windows machine, will build for Windows and Linux x64
task build

Penyebaran

git add .
git commit -m " DESCRIPTIVE_COMMIT_MESSAGE "
git push origin your_feature_branch

Di mana your_feature_branch harus merangkum perubahan yang Anda terapkan mengikuti format komitmen konvensional (misalnya, feat/xxxx , fix/yyyy ).

Penulis

• Numeriano Amer "Nomer" E. Gutierrez - Lead Proyek, Ahli Biologi Molekuler - Email | GitHub
• Kenneth V. Domingo - Lead Teknis - Email | Situs web | GitHub
• Shebna Rose D. Fabilloren - Konsultan Teknis - Email
• Carlo M. Lapid - Penasihat Proyek - Email

Versi

Proyek ini mematuhi SEMVER untuk versi. Untuk semua versi yang tersedia, lihat tag.

Lisensi

Proyek ini dilisensikan di bawah lisensi GPLV3.