primerdriver

底漆：誘變PCR引物的自動設計

介紹

PrimerRiver是一種用戶友好的生物信息學平台，專門設計用於用易於使用的命令行界面生成站點定向的誘變實驗的引物。 “遍歷”底漆車道，用戶可以在輸入DNA序列（ DNA ）時產生可能的誘變引物，通過直接突變氨基酸（ PRO ）來設計和報告用戶設計的引物（ CHAR ），設計了一系列物種密碼子表達系統的底漆。

用法

A.獨立運行

您可以從“發行版”頁面訪問並下載CLI。目前，我們只有64位Windows和Linux的預製二進製文件。有關其他操作系統/體系結構，請參見在本地開發下從源建築物的構建部分。

使用終端運行程序

primerdriver -h

這將運行幫助程序。對於首次用戶，可以通過傳遞-i標誌：以交互式模式運行該程序：

primerdriver -i

這將使您逐步瀏覽每個選項。可以通過將primerdriver作為Shell腳本的一部分來執行批處理設計。

B.作為Python模塊運行

先決條件

• git
• 米斯

設定

1. 克隆回購到您當地的設備，並將cd推入其中

   git clone https://github.com/kvdomingo/primerdriver.git
   cd primerdriver

2. 安裝依賴項：

   mise install

運行程序如下：

poetry run python -m primerdriver -h

C.從Docker跑步

運行如下：

docker run -it --entrypoint python kvdomingo/primerdriver -m primerdriver -h

Web應用程序

要獲得更互動的體驗，請訪問Web應用程序。

文件

該文檔可在https://primerdriver-docs.kvd.studio上找到。

貢獻

打開公關或提出問題。您也可以根據問題的性質給Nomer或Kenneth發送電子郵件。

在本地發展

先決條件

• Docker
• 米斯

安裝

一個逐步的一系列示例，告訴您如何使開發環境運行

1. 克隆倉庫。
2. 安裝先決條件：

   mise install
   pip install -U pre-commit
   pre-commit install

3. 安裝後端依賴項：

   poetry install --no-root --with dev

4. 運行開發服務器：

   task

等待幾分鐘以啟動所有容器，然後訪問瀏覽器中的本地服務器：

• Web應用程序：http：// localhost：3000
• 文檔：http：// localhost：8000

從來源建造

運行腳本：

 # On a Linux machine, will build for Linux x64 only
# On a Windows machine, will build for Windows and Linux x64
task build

部署

git add .
git commit -m " DESCRIPTIVE_COMMIT_MESSAGE "
git push origin your_feature_branch

your_feature_branch應該總結您按照常規提交格式實現的更改（例如， feat/xxxx ， fix/yyyy ）。

作者

• Numeriano Amer“ Nomer” E. Gutierrez-項目負責人，分子生物學家 - 電子郵件| github
• 肯尼思（Kenneth V. Domingo） - 技術領導 - 電子郵件|網站| github
• Shebna Rose D. Fabilloren-技術顧問 - 電子郵件
• Carlo M. Lapid-項目顧問 - 電子郵件

版本控制

該項目符合用於版本控制的SEMVER。對於所有可用版本，請參見標籤。

執照

該項目是根據GPLV3許可證獲得許可的。