PrimerDriverは、使いやすいコマンドラインインターフェイスを使用して、サイト指向の突然変異誘発実験のプライマーをワークフローに生成するために特別に設計されたユーザーフレンドリーなバイオインフォマティクスプラットフォームです。 「トラバース」プライマードライバーレーンでは、ユーザーは、DNA配列(DNA)の入力( DNA )の入力で可能な変異原性プライマーを生成できます。アミノ酸( PRO )の直接変異を介して種コドン発現システムの配列の設計プライマー、ユーザー設計のプライマー( CHAR )を特性化および報告します。
リリースページからCLIにアクセスしてダウンロードできます。現在、64ビットのウィンドウとLinuxのバイナリが事前に構築されているだけです。他のOS/アーキテクチャについては、地元での開発中のソースからの建物に関するセクションを参照してください。
ターミナルでプログラムを実行します
primerdriver -hこれにより、ヘルププログラムが実行されます。初めてのユーザーの場合、 -iフラグを渡すことにより、プログラムはインタラクティブモードで実行できます。
primerdriver -iこれにより、各オプションを段階的に説明します。バッチデザインは、シェルスクリプトの一部としてprimerdriverを含めることで実行できます。
リポジトリをローカルデバイスにクローンし、 cdを入力します
git clone https://github.com/kvdomingo/primerdriver.git
cd primerdriver依存関係をインストールします:
mise install次のようにプログラムを実行します:
poetry run python -m primerdriver -h次のように実行します:
docker run -it --entrypoint python kvdomingo/primerdriver -m primerdriver -hよりインタラクティブなエクスペリエンスについては、Webアプリケーションにアクセスしてください。
ドキュメントは、https://primerdriver-docs.kvd.studioで入手できます。
PRを開くか、問題を提起します。また、問題の性質に応じて、NoMerまたはKennethにメールを送信することもできます。
開発環境を実行する方法を説明する一連の一連の例
mise install
pip install -U pre-commit
pre-commit installpoetry install --no-root --with devtaskすべてのコンテナが起動するまで数分待ってから、ブラウザ内のローカルサーバーにアクセスしてください。
スクリプトを実行します:
# On a Linux machine, will build for Linux x64 only
# On a Windows machine, will build for Windows and Linux x64
task buildgit add .
git commit -m " DESCRIPTIVE_COMMIT_MESSAGE "
git push origin your_feature_branch your_feature_branch 、従来のコミット形式( feat/xxxx 、 fix/yyyy )に従って実装する変更を要約する必要があります。
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