primerdriver

Primerdriver: Автоматизированный дизайн мутагенных праймеров ПЦР

Введение

PrimerDriver -это удобная платформа для биоинформатики, специально предназначенная для создания праймеров для экспериментов по мутагенезу, ориентированным на сайт, в рабочие процессы с удобным в использовании интерфейс командной строки. «Траверные» праймерные дорожки, пользователи могут генерировать возможные мутагенные праймеры при вводе последовательности ДНК ( DNA ), дизайнерские праймеры для массива систем экспрессии кодонов с помощью прямой мутации аминокислот ( PRO ), характеризуют и сообщают о назначенных пользователями праймеров ( CHAR ).

Использование

А. Запуск автономного

Вы можете получить доступ и загрузить CLI со страницы релизов. В настоящее время у нас есть только предварительно построенные двоичные файлы для 64-битных Windows и Linux. Для других ОС/архитектур см. В разделе «Строительство из источника», в рамках развития на местном уровне.

Запустить программу в терминале, используя

primerdriver -h

Это запустит программу помощи. Для начинающих пользователей программа может быть запущена в интерактивном режиме, передавая флаг -i :

primerdriver -i

Это проведет вас через каждую опцию шаг за шагом. Пакетный дизайн может быть выполнен, включив primerdriver как часть сценария оболочки.

B. Работа в качестве модуля Python

Предварительные условия

• Git
• Миз

Настраивать

1. Клонировать репо к местному устройству и cd в него

   git clone https://github.com/kvdomingo/primerdriver.git
   cd primerdriver

2. Установить зависимости:

   mise install

Запустите программу следующим образом:

poetry run python -m primerdriver -h

C. Бег от Docker

Запустите следующее:

docker run -it --entrypoint python kvdomingo/primerdriver -m primerdriver -h

Веб -приложение

Для более интерактивного опыта посетите веб -приложение.

Документация

Документация доступна по адресу https://primerdriver-docs.kvd.studio.

Внося

Откройте PR или поднимите проблему. Вы также можете отправить электронное письмо Nomer или Kenneth, в зависимости от характера вопроса.

Разработка локально

Предварительные условия

• Докер
• Миз

Установка

Пошаговая серия примеров, которые рассказывают вам, как получить среду разработки

1. Клонировать репо.
2. Установите предпосылки:

   mise install
   pip install -U pre-commit
   pre-commit install

3. Установите зависимости бэкэнд:

   poetry install --no-root --with dev

4. Запустите серверы разработки:

   task

Подождите несколько минут, чтобы все контейнеры запустились, затем получите доступ к местным серверам в вашем браузере по адресу:

• Веб -приложение: http: // localhost: 3000
• Документы: http: // localhost: 8000

Здание из источника

Запустите сценарий:

 # On a Linux machine, will build for Linux x64 only
# On a Windows machine, will build for Windows and Linux x64
task build

Развертывание

git add .
git commit -m " DESCRIPTIVE_COMMIT_MESSAGE "
git push origin your_feature_branch

где your_feature_branch должен суммировать изменения, которые вы реализуете после обычного формата Commits (например, feat/xxxx , fix/yyyy ).

Авторы

• Numeriano Amer "Nomer" E. Gutierrez - руководитель проекта, молекулярный биолог - электронная почта | GitHub
• Кеннет В. Доминго - Технический лидер - Электронная почта | Веб -сайт | GitHub
• Шебна Роуз Д. Фабиллорен - технический консультант - электронная почта
• Карло М. Лапид - консультант по проекту - электронная почта

Версии

Этот проект соответствует SEMVER для управления версиями. Для всех доступных версий см. Теги.

Лицензия

Этот проект лицензирован по лицензии GPLV3.