primerdriver

Primerdriver: conception automatisée des amorces de PCR mutagène

Introduction

PrimerDriver est une plate-forme bioinformatique conviviale spécialement conçue pour générer des amorces pour des expériences de mutagenèse dirigées sur le site en flux de travail avec une interface de ligne de commande facile à utiliser. Les voies d'amorce «traversant», les utilisateurs peuvent générer d'éventuelles amorces mutagènes lors de l'apport d'une séquence d'ADN ( DNA ), des amorces de conception pour un éventail de systèmes d'expression de codon d'espèce par la mutation directe de l'acide aminé ( PRO ), caractérisent et rapportent des amorces conçues par l'utilisateur ( CHAR ).

Usage

A. Courir autonome

Vous pouvez accéder et télécharger la CLI à partir de la page des versions. Actuellement, nous n'avons que des binaires prédéfinis pour des fenêtres 64 bits et des Linux. Pour d'autres systèmes d'exploitation / architectures, consultez la section sur la construction de Source, sous le développement local.

Exécuter le programme dans un terminal en utilisant

primerdriver -h

Cela exécutera le programme d'aide. Pour les nouveaux utilisateurs, le programme peut être exécuté en mode interactif en passant le drapeau -i :

primerdriver -i

Cela vous guidera à travers chaque option étape par étape. La conception par lots peut être effectuée en incluant primerdriver dans le cadre d'un script de shell.

B. Exécution de module Python

Condition préalable

• Git
• Mise

Installation

1. Clone le repo de votre appareil local et cd dedans

   git clone https://github.com/kvdomingo/primerdriver.git
   cd primerdriver

2. Installez les dépendances:

   mise install

Exécutez le programme comme suit:

poetry run python -m primerdriver -h

C. courir de Docker

Exécutez comme suit:

docker run -it --entrypoint python kvdomingo/primerdriver -m primerdriver -h

Application Web

Pour une expérience plus interactive, visitez l'application Web.

Documentation

La documentation est disponible sur https://primerdriver-docs.kvd.studio.

Contributif

Ouvrez un PR ou soulevez un problème. Vous pouvez également envoyer un e-mail à Nomer ou Kenneth, selon la nature de la question.

Développer localement

Condition préalable

• Docker
• Mise

Installation

Une série étape par étape d'exemples qui vous indiquent comment faire fonctionner un environnement de développement

1. Cloner le repo.
2. Installez les conditions préalables:

   mise install
   pip install -U pre-commit
   pre-commit install

3. Installez les dépendances backend:

   poetry install --no-root --with dev

4. Exécutez les serveurs de développement:

   task

Attendez quelques minutes pour que tous les conteneurs commencent, puis accédez aux serveurs locaux de votre navigateur à:

• Application Web: http: // localhost: 3000
• Docs: http: // localhost: 8000

Bâtiment de Source

Exécutez le script:

 # On a Linux machine, will build for Linux x64 only
# On a Windows machine, will build for Windows and Linux x64
task build

Déploiement

git add .
git commit -m " DESCRIPTIVE_COMMIT_MESSAGE "
git push origin your_feature_branch

où your_feature_branch devrait résumer les modifications que vous implémentez en suivant le format conventionnel Commits (par exemple, feat/xxxx , fix/yyyy ).

Auteurs

• Numeriano Amer "Nomer" E. Gutierrez - PROJET PROJET, biologiste moléculaire - Courriel | Github
• Kenneth V. Domingo - Place technique - Courriel | Site Web | Github
• Shebna Rose D. Fabilloren - Consultant technique - Courriel
• Carlo M. Lapid - Conseiller de projet - Email

Versioning

Ce projet est conforme à Semver pour le versioning. Pour toutes les versions disponibles, voir les balises.

Licence

Ce projet est autorisé sous la licence GPLV3.