primerdriver

PrimerDriver: การออกแบบไพรเมอร์ PCR กลายพันธุ์อัตโนมัติ

การแนะนำ

PrimerDriver เป็นแพลตฟอร์มชีวสารสนเทศศาสตร์ที่ใช้งานง่ายที่ออกแบบมาโดยเฉพาะเพื่อสร้างไพรเมอร์สำหรับการทดลองการกลายพันธุ์ที่กำกับโดยไซต์ลงในเวิร์กโฟลว์ด้วยอินเทอร์เฟซบรรทัดคำสั่งที่ใช้งานง่าย “ Traversing” PrimerDriver Lanes ผู้ใช้สามารถสร้างไพรเมอร์กลายพันธุ์ที่เป็นไปได้เมื่อป้อนข้อมูลของลำดับดีเอ็นเอ CHAR DNA , การออกแบบไพรเมอร์สำหรับอาร์เรย์ของระบบการแสดงออกของสปีชีส์ Codon ผ่านการกลายพันธุ์โดยตรงของกรดอะมิโน ( PRO )

การใช้งาน

A. วิ่งแบบสแตนด์อโลน

คุณสามารถเข้าถึงและดาวน์โหลด CLI จากหน้าเผยแพร่ ปัจจุบันเรามีไบนารีที่สร้างไว้ล่วงหน้าสำหรับ Windows 64 บิตและ Linux สำหรับระบบปฏิบัติการ/สถาปัตยกรรมอื่น ๆ ดูหัวข้อเกี่ยวกับการสร้างจากแหล่งที่มาภายใต้การพัฒนาในพื้นที่

เรียกใช้โปรแกรมในเทอร์มินัลโดยใช้

primerdriver -h

สิ่งนี้จะเรียกใช้โปรแกรมความช่วยเหลือ สำหรับผู้ใช้ครั้งแรกโปรแกรมสามารถเรียกใช้ในโหมดอินเทอร์แอคทีฟได้โดยผ่านธง -i :

primerdriver -i

สิ่งนี้จะนำคุณผ่านแต่ละตัวเลือกทีละขั้นตอน การออกแบบแบทช์สามารถทำได้โดยรวมถึง primerdriver เป็นส่วนหนึ่งของเชลล์สคริปต์

B. ทำงานเป็นโมดูล Python

ข้อกำหนดเบื้องต้น

• กระตวน
• ความผิดพลาด

การตั้งค่า

1. โคลน repo ไปยังอุปกรณ์ในพื้นที่ของคุณและ cd ลงไป

   git clone https://github.com/kvdomingo/primerdriver.git
   cd primerdriver

2. ติดตั้งการพึ่งพา:

   mise install

เรียกใช้โปรแกรมดังนี้:

poetry run python -m primerdriver -h

C. วิ่งจากนักเทียบท่า

ทำงานดังนี้:

docker run -it --entrypoint python kvdomingo/primerdriver -m primerdriver -h

เว็บแอปพลิเคชัน

สำหรับประสบการณ์แบบโต้ตอบมากขึ้นโปรดไปที่เว็บแอปพลิเคชัน

เอกสาร

เอกสารนี้มีอยู่ที่ https://primerdriver-docs.kvd.studio

การบริจาค

เปิดการประชาสัมพันธ์หรือยกประเด็น คุณสามารถส่งอีเมล Nomer หรือ Kenneth ขึ้นอยู่กับลักษณะของปัญหา

พัฒนาในพื้นที่

ข้อกำหนดเบื้องต้น

• นักเทียบท่า
• ความผิดพลาด

การติดตั้ง

ตัวอย่างทีละขั้นตอนที่บอกวิธีการพัฒนาสภาพแวดล้อมการพัฒนา

1. โคลน repo
2. ติดตั้งข้อกำหนดเบื้องต้น:

   mise install
   pip install -U pre-commit
   pre-commit install

3. ติดตั้งการพึ่งพาแบ็กเอนด์:

   poetry install --no-root --with dev

4. เรียกใช้เซิร์ฟเวอร์การพัฒนา:

   task

รอสักครู่เพื่อให้ภาชนะทั้งหมดเริ่มต้นจากนั้นเข้าถึงเซิร์ฟเวอร์ท้องถิ่นในเบราว์เซอร์ของคุณที่:

• เว็บแอพ: http: // localhost: 3000
• เอกสาร: http: // localhost: 8000

อาคารจากแหล่งกำเนิด

เรียกใช้สคริปต์:

 # On a Linux machine, will build for Linux x64 only
# On a Windows machine, will build for Windows and Linux x64
task build

การปรับใช้

git add .
git commit -m " DESCRIPTIVE_COMMIT_MESSAGE "
git push origin your_feature_branch

โดยที่ your_feature_branch ควรสรุปการเปลี่ยนแปลงที่คุณกำลังดำเนินการตามรูปแบบการกระทำทั่วไป (เช่น feat/xxxx , fix/yyyy )

ผู้เขียน

• Numeriano Amer "Nomer" E. Gutierrez - โครงการนำโครงการชีววิทยาโมเลกุล - อีเมล | คนอื่น ๆ
• Kenneth V. Domingo - ผู้นำทางเทคนิค - อีเมล | เว็บไซต์ | คนอื่น ๆ
• Shebna Rose D. Fabilloren - ที่ปรึกษาด้านเทคนิค - อีเมล
• Carlo M. Lapid - ที่ปรึกษาโครงการ - อีเมล

การกำหนดเวอร์ชัน

โครงการนี้สอดคล้องกับ Semver สำหรับการกำหนดเวอร์ชัน สำหรับทุกรุ่นที่มีให้ดูแท็ก

ใบอนุญาต

โครงการนี้ได้รับใบอนุญาตภายใต้ใบอนุญาต GPLV3