primerdriver

Primerdriver: diseño automatizado de cebadores de PCR mutagénicos

Introducción

PrimerDriver es una plataforma bioinformática fácil de usar específicamente diseñada para generar cebadores para experimentos de mutagénesis dirigidos por el sitio en flujos de trabajo con una interfaz de línea de comandos fácil de usar. Los usuarios de "Traversing" Primerdriver, los usuarios pueden generar posibles cebadores mutagénicos tras la entrada de una secuencia de ADN ( DNA ), cebadores de diseño para una matriz de sistemas de expresión de codones de especies a través de la mutación directa del aminoácido ( PRO ), caracterizar e informar cebadores diseñados por el usuario ( CHAR ).

Uso

A. Corriendo independiente

Puede acceder y descargar la CLI desde la página de versiones. Actualmente, solo tenemos binarios preconstruidos para Windows de 64 bits y Linux. Para otros SO/arquitecturas, consulte la sección sobre edificio desde la fuente, en el desarrollo localmente.

Ejecutar el programa en una terminal usando

primerdriver -h

Esto ejecutará el programa de ayuda. Para los usuarios por primera vez, el programa se puede ejecutar en modo interactivo pasando el indicador -i :

primerdriver -i

Esto lo guiará a través de cada opción paso a paso. El diseño por lotes se puede realizar incluyendo primerdriver como parte de un script de shell.

B. Correr como módulo Python

Requisitos previos

• Git
• Miseria

Configuración

1. Clonar el repositorio a su dispositivo local y cd en él

   git clone https://github.com/kvdomingo/primerdriver.git
   cd primerdriver

2. Instalar dependencias:

   mise install

Ejecute el programa de la siguiente manera:

poetry run python -m primerdriver -h

C. Correr desde Docker

Corre de la siguiente manera:

docker run -it --entrypoint python kvdomingo/primerdriver -m primerdriver -h

Aplicación web

Para una experiencia más interactiva, visite la aplicación web.

Documentación

La documentación está disponible en https://primerdriver-docs.kvd.studio.

Que contribuye

Abra un PR o plantee un problema. También puede enviar un correo electrónico a Nomer o Kenneth, dependiendo de la naturaleza del problema.

Desarrollando localmente

Requisitos previos

• Estibador
• Miseria

Instalación

Una serie paso a paso de ejemplos que le dicen cómo hacer que se ejecute un entorno de desarrollo en funcionamiento

1. Clon el repositorio.
2. Instalar requisitos previos:

   mise install
   pip install -U pre-commit
   pre-commit install

3. Instalar dependencias de backend:

   poetry install --no-root --with dev

4. Ejecute los servidores de desarrollo:

   task

Espere unos minutos para que comiencen todos los contenedores, luego acceda a los servidores locales en su navegador en:

• Aplicación web: http: // localhost: 3000
• Documentos: http: // localhost: 8000

Edificio de la fuente

Ejecute el guión:

 # On a Linux machine, will build for Linux x64 only
# On a Windows machine, will build for Windows and Linux x64
task build

Despliegue

git add .
git commit -m " DESCRIPTIVE_COMMIT_MESSAGE "
git push origin your_feature_branch

Donde your_feature_branch debe resumir los cambios que está implementando siguiendo el formato Conjunto Convencional (por ejemplo, feat/xxxx , fix/yyyy ).

Autores

• Numeriano Amer "Nomer" E. Gutiérrez - Proyecto Lead, Biólogo Molecular - Correo electrónico | Github
• Kenneth V. Domingo - Líder técnico - Correo electrónico | Sitio web | Github
• Shebna Rose D. Fabilloren - Consultor técnico - Correo electrónico
• Carlo M. Lapid - Asesor del proyecto - Correo electrónico

Versiones

Este proyecto cumple con Semver por versiones. Para todas las versiones disponibles, vea las etiquetas.

Licencia

Este proyecto tiene licencia bajo la licencia GPLV3.