icn3d
v3.40.0
“我在3D中看到”（ICN3D）結構查看器不僅是基於Web的3D查看器，而且是使用基於NPM軟件包ICN3D的NodeJS腳本進行交互式或在批處理模式下進行批處理模式。 ICN3D同步了3D結構，2D相互作用和1D序列和註釋的顯示。用戶的自定義顯示可以保存在短URL或PNG圖像中。 ICN3D的完整軟件包，包括三個和jQuery，在使用“代碼”按鈕的源代碼後，在目錄“ DIST”中。您可以單擊“ DIST”目錄中的文件“ index.html”以啟動ICN3D的本地版本。
查看ICN3D中的3D結構：打開鏈接https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d，輸入PDB ID，然後單擊“加載”。您還可以將“文件”菜單單擊“打開文件”或輸入其他ID。
如菜單“幫助>變換提示”中所述，您可以使用左鼠標按鈕進行旋轉，中間鼠標滾輪進行縮放以及右鼠標按鈕進行翻譯。
使用ICN3D的最重要點是當前選擇。任何關於顏色，樣式等的操作都在進行當前選擇。默認情況下，選擇所有原子。選擇任何子集後，您的操作只能在子集上使用。您可以使用幫助菜單旁邊的切換切換選擇。
ICN3D中的VR和AR視圖：虛擬現實（VR）和增強現實（AR）視圖在此視頻中顯示。
您可以在虛擬現實（VR）耳機中打開一個bowser，並在ICN3D中查看3D結構。然後單擊瀏覽器底部中心的按鈕“ Enter VR”以輸入VR視圖。您可以使用扳機按鈕選擇殘留物，使用擠壓按鈕打開菜單，然後用扳機單擊菜單，用拇指向前/向後按下拇指，然後按扳機。有用於選擇，樣式，顏色和分析的菜單。在單擊“交互”按鈕之前，您需要進行一個選擇，然後在單擊“距離”按鈕之前進行兩個選擇。
目前，使用Android手機在Chrome瀏覽器中僅可用於ICN3D視圖。您可以在ICN3D中查看一個3D結構，然後單擊“啟動”按鈕在底部中心以查看周圍的3D結構。您可以在屏幕上快速點擊兩次，以在挖掘的位置找到最小化的3D結構，然後捏合以縮放3D結構。
創建自定義3D視圖：您首先在“文件”菜單中打開一個結構，然後在“選擇”菜單中選擇一個子集，僅在視圖菜單中單擊“僅視圖選擇”，最終在“樣式”和“顏色”菜單中更改樣式或顏色。
每個操作都有一個相應的命令，如https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/icn3d/icn3d.html#commands。這些命令將顯示在3D顯示下方的命令/日誌窗口中。要查看所有以前的命令，您可以單擊“文件”菜單中的“共享鏈接”。原始URL和短URL均可用於顯示您的自定義視圖。
保存您的工作：您可以在菜單中保存“ ICN3D PNG映像”文件>“保存文件”。 PNG文件和HTML文件都保存。單擊HTML文件查看PNG圖像，該圖像通過縮短URL鏈接到自定義顯示。下載的“ ICN3D PNG圖像”本身也可以用作菜單“文件>“打開文件””中的輸入來重現自定義顯示。您可以將這些HTML文件組合起來以生成自己的畫廊。
“ ICN3D PNG圖像”也可以存儲在Web服務器中（例如，https://figshare.com，https://zenodo.org）。然後可以通過URL將PNG圖像加載到ICN3D中https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://zenodo .org/api/files/1A3325C8-0C84-4F1E-BE2C-C143B08C6563/3GVU-XCXR6FSTMXHXR3O1A.PNG，從https://zenodo.org/api/records/7599970在JSON BLOB中檢索PNG圖像的URL。
您還可以將“共享鏈接”保存在“文件”菜單中，以與您的同事共享。這些URL是終生的。您可以單擊“重播每個步驟>在“文件”菜單中，以了解如何生成自定義顯示。
所有“共享鏈接” URL可以通過單擊“打開文件>“共享”鏈接中的iCN3D的存檔版本顯示原始視圖。在“文件”菜單中。
Python腳本到批處理過程結構：Python腳本可用於處理3D結構（例如，批處理模式出口二級結構，PNG圖像或分析輸出）。示例腳本在ICN3DPYTHON上。
使用NPM“ ICN3D”到批處理過程結構：您可以通過調用ICN3D函數來編寫node.js腳本。這些腳本可用於以批處理模式處理3D結構（例如，計算交互）。示例腳本在ICN3DNODE上。
AlphaFold結構的註釋：對於任何自定義結構，例如Alphafold結構，您都可以顯示保守的域和3D域註釋。對於Alphafold結構，您還可以顯示SNP和Clinvar註釋。
對齊Alphafold結構：您可以將Alphafold結構或PDB結構與菜單“文件> ALIGN>多個鏈”相提並論。您還可以照常加載任何結構，然後加載自定義的PDB文件，其中包括菜單“文件>“打開文件”> pdb文件（附加功能）”，然後將這些結構與菜單“文件”>“ realign選擇> by Construct Alignment”相關聯。
3D中的替代SNP ：您可以通過單擊菜單“分析>序列和註釋”，“詳細信息”，複選框“ SNP”和SNP上的MouseOver來替代SNP的3D野生類型和SNP的突變體。
Delphi靜電電位：您可以在菜單“分析> Delphi電位”中查看Delphi靜電電位。
同工型和外顯子：您可以通過單擊“序列和註釋”窗口中的“添加軌道”窗口“分析”>“序列和註釋”中的“添加曲目”來查看同工型和外顯子。
對稱性：您可以使用SYMD動態計算對稱性的預算對稱性。
在Jupyter筆記本中使用ICN3D ：您可以在Jupyter Notebook中使用ICN3D，並帶有窗口小部件“ ICN3DPY”。這些說明在pypi.org/project/icn3dpy上。
鏈，域和二級結構級別中的2D漫畫：您可以使用單擊“分析> 2D卡通”來顯示鏈，域和二級結構水平中的2D卡通。
任何選定殘留物的聯繫地圖：您可以單擊菜單“分析>聯繫人地圖”，以顯示任何選定殘基的交互式聯繫地圖。您可以以PNG或SVG導出地圖。
More features are listed at www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/icn3d.html: binding site, interaction interface, 3D printing, transmembrane proteins, surface, EM map, electron density map from MTZ, CCP4, or DSN6, 1D sequences and 2D interactions, align two structures, align multiple chains, align a結構，重新調整，自定義軌道的蛋白質序列，用於相互作用的力指向圖，溶劑可訪問的表面積等。
可以通過在html iframe中加入url，例如<iframe，可以將ICN3D嵌入網頁src =“ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/ICN3D/?mmdbid=1Tup&width = 300＆height = 300＆showcommand = 0&showcommand＆showcommand＆obobilemenu = 1＆mobilemenu = 1＆showtitle = 0.此方法始終顯示ICN3D的最新版本。
要將ICN3D與JavaScript庫嵌入，需要包括以下庫：jQuery，jQuery UI，Trix.js和ICN3D庫。添加了一個用於保存3D查看器的HTML DIV標籤。 ICN3D小部件是使用自定義的參數“ CFG”初始化的：“ LET ICN3DUI = new ICN3D.ICN3DUI（CFG）;等待ICN3DUI.SHOW3STRUCTURE（）;”。多個ICN3D小部件可以嵌入單個頁面中。請參閱示例頁面的源代碼以獲取參考。
用戶可以選擇顯示ICN3D的最新版本或ICN3D的鎖定版本。要顯示最新版本，請使用ICN3D文檔頁面中所示的沒有版本後綴的庫文件。要顯示鎖定版本，請使用ICN3D頁面源代碼所示的版本後綴中的庫文件。如果將輸入作為MMDB ID提供，則將庫文件和後端CGIS均已版，因此3D顯示器將是穩定的。
ICN3D接受以下ID：
ICN3D還接受以下文件類型：PDB，MMCIF，MOL2，SDF，XYZ和ICN3D PNG。 The files can be passed through a url, eg, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/?type=pdb&url=https://storage.googleapis.com/membranome-assets/pdb_files/proteins/FCG2A_HUMAN.pdb, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=mmcif&url=https://files.rcsb.org/download/1gpk.cif，或https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://api.figshare.com/v2/file.file/file/file/file/download/39125801。有關更多詳細信息，請參見“幫助”頁面或文檔頁面。
如果要輕鬆構建代碼，則需要安裝nodejs和npm。
接下來，克隆此存儲庫，然後在ICN3D工作副本中執行以下設置步驟。
npm config set -g production false
npm install -g gulp
npm install
npm install [email protected]
delete package-lock.json
第一行將NPM默認設置為DEV，以便將安裝所有模塊。第二行將在全球安裝GULP構建工具，使命令行上的gulp命令可用。第三行安裝所有模塊。第四行將uglify-js的版本更改為舊版本，該版本不會壓縮類名稱。新構建可能需要最後一行才能刪除舊的包裝鎖。
您只需執行以上步驟一次即可設置工作目錄。從那時起，要構建，只需輸入：
gulp
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生物信息學。 2020年1月1日； 36（1）：131-135。 doi：10.1093/bioinformatics/btz502。
引用ICN3D，請參考：
Wang J，Youkharibache P，Zhang D，Lanczycki CJ，Geer RC，Madej T，Phan L，Ward M，Lu S，Lu S，Marchler GH，Wang Y，Wang Y，Bryant SH，Geer LY，Marchler-Bauer A. ICN3D，一個基於Web的3D Viewer，用於協議1D/2D/2D/3D代表的3D Viewer。生物信息學。 2020年1月1日； 36（1）：131-135。 （Epub 2019 6月20日。）doi：10.1093/bioinformatics/btz502。 PubMed PMID：31218344，牛津大學全文
Wang J, Youkharibache P, Marchler-Bauer A, Lanczycki C, Zhang D, Lu S, Madej T, Marchler GH, Cheng T, Chong LC, Zhao S, Yang K, Lin J, Cheng Z, Dunn R, Malkaram SA, Tai CH, Enoma D, Busby B, Johnson NL, Tabaro F, Song G, Ge Y. iCn3D: From Web-Based 3D查看器到批處理模式下的結構分析工具。正面。摩爾。 Biosci。 2022 9：831740。 （EPUB 2022 2月17日。）doi：10.3389/fmolb.2022.831740。 PubMed PMID：35252351，Frontiers的全文
