"ฉันเห็นใน 3D" (ICN3D) ตัวดูโครงสร้างไม่เพียง แต่เป็นตัวแสดงแบบ 3D บนเว็บ แต่ยังเป็นเครื่องมือวิเคราะห์โครงสร้างแบบโต้ตอบหรือในโหมดแบทช์โดยใช้สคริปต์ NodeJS ตามแพ็คเกจ NPM ICN3D ICN3D ซิงโครไนซ์การแสดงโครงสร้าง 3D การโต้ตอบ 2D และลำดับ 1D และคำอธิบายประกอบ การแสดงผลที่กำหนดเองของผู้ใช้สามารถบันทึกใน URL สั้น ๆ หรือรูปภาพ PNG แพ็คเกจที่สมบูรณ์ของ ICN3D รวมถึง Three.js และ jQuery อยู่ในไดเรกทอรี "dist" หลังจากที่คุณได้รับซอร์สโค้ดด้วยปุ่ม "รหัส" คุณสามารถคลิกไฟล์ "index.html" ในไดเรกทอรี "DIST" เพื่อเรียกใช้ ICN3D เวอร์ชันท้องถิ่น
ดูโครงสร้าง 3D ใน ICN3D : เปิดลิงก์ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d ป้อน ID PDB และคลิก "โหลด" นอกจากนี้คุณยังสามารถคลิกเมนู "ไฟล์" เพื่อ "เปิดไฟล์" หรือป้อน ID อื่น ๆ
ดังที่ได้กล่าวไว้ในเมนู "วิธีใช้> คำแนะนำการแปลง" คุณสามารถใช้ปุ่มเมาส์ซ้ายสำหรับการหมุนล้อเมาส์กลางสำหรับการซูมและปุ่มเมาส์ขวาสำหรับการแปล
จุดที่สำคัญที่สุดเกี่ยวกับการใช้ ICN3D คือการเลือกปัจจุบัน การดำเนินการใด ๆ เกี่ยวกับสีสไตล์ ฯลฯ กำลังดำเนินการในการเลือกปัจจุบัน โดยค่าเริ่มต้นอะตอมทั้งหมดจะถูกเลือก เมื่อคุณเลือกชุดย่อยใด ๆ การดำเนินการของคุณจะทำงานเฉพาะในชุดย่อย คุณสามารถสลับการเลือกโดยใช้สลับถัดจากเมนูวิธีใช้
VR และ AR Views ใน ICN3D : Virtual Reality (VR) และ Augmented Reality (AR) แสดงในวิดีโอนี้
คุณสามารถเปิดชุดหูฟังเสมือนจริง (VR) ของคุณและดูโครงสร้าง 3D ใน ICN3D จากนั้นคลิกปุ่ม "Enter VR" ที่กึ่งกลางด้านล่างของเบราว์เซอร์ของคุณเพื่อป้อนมุมมอง VR คุณสามารถเลือกสิ่งตกค้างด้วยปุ่มทริกเกอร์เปิดเมนูด้วยปุ่มบีบแล้วคลิกเมนูด้วยทริกเกอร์นำทางด้วย thumbstick ที่กดไปข้างหน้า/ย้อนกลับและกดทริกเกอร์ มีเมนูสำหรับเลือกสไตล์สีและการวิเคราะห์ คุณต้องทำการเลือกหนึ่งรายการก่อนคลิกปุ่มโต้ตอบและทำการเลือกสองรายการก่อนคลิกปุ่มระยะทาง
มุมมอง Augmented Reality (AR) นั้นมีให้เฉพาะมุมมอง ICN3D ในเบราว์เซอร์ Chrome โดยใช้โทรศัพท์ Android คุณสามารถดูโครงสร้าง 3D ใน ICN3D และคลิกปุ่ม "เริ่มต้น AR" ที่กึ่งกลางด้านล่างเพื่อดูโครงสร้าง 3D ในสภาพแวดล้อมของคุณ คุณสามารถแตะได้อย่างรวดเร็วสองครั้งบนหน้าจอเพื่อค้นหาโครงสร้าง 3 มิติที่ย่อเล็กสุดในตำแหน่งเคาะของคุณและหยิกเพื่อปรับโครงสร้าง 3D
สร้างมุมมอง 3D แบบกำหนดเอง : คุณเปิดโครงสร้างในเมนู "ไฟล์" ก่อนจากนั้นเลือกชุดย่อยในเมนู "เลือก" ดูเฉพาะชุดย่อยที่เลือกโดยคลิก "มุมมองเฉพาะการเลือก" ในเมนูมุมมองในที่สุดเปลี่ยนสไตล์หรือสีใน "สไตล์" และ "เมนู"
การดำเนินการแต่ละครั้งมีคำสั่งที่สอดคล้องกันตามที่ระบุไว้ที่ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/icn3d.html#Commands คำสั่งเหล่านี้จะปรากฏในหน้าต่างคำสั่ง/บันทึกอยู่ใต้จอแสดงผล 3D หากต้องการดูคำสั่งก่อนหน้าทั้งหมดคุณสามารถคลิก "แชร์ลิงก์" ในเมนู "ไฟล์" ทั้ง URL ดั้งเดิมและ URL สั้น ๆ สามารถใช้เพื่อแสดงมุมมองที่คุณกำหนดเอง
บันทึกงานของคุณ : คุณสามารถบันทึก "ICN3D PNG Image" ในเมนู "ไฟล์> บันทึกไฟล์" ทั้งไฟล์ PNG และไฟล์ HTML จะถูกบันทึกไว้ คลิกไฟล์ HTML เพื่อดูภาพ PNG ซึ่งเชื่อมโยงกับการแสดงผลที่กำหนดเองผ่าน URL ที่สั้นลง "ICN3D PNG Image" ที่ดาวน์โหลดมานั้นสามารถใช้เป็นอินพุตในเมนู "ไฟล์> เปิดไฟล์" เพื่อทำซ้ำการแสดงผลที่กำหนดเอง คุณสามารถรวมไฟล์ HTML เหล่านี้เพื่อสร้างแกลเลอรี่ของคุณเอง
"ICN3D PNG Image" สามารถเก็บไว้ในเว็บเซิร์ฟเวอร์ (เช่น https://figshare.com, https://zenodo.org) ภาพ PNG นั้นสามารถโหลดลงใน ICN3D ผ่าน URL เช่น https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://zenodo .org/api/files/1a3325c8-0c84-4f1e-be2c-c143b08c6563/3gvu-xcxr6fstmxhxr3o1a.png, ที่ URL ของภาพ PNG ถูกดึงมาจาก JSON Blob ที่ https://zenodo.org/api/records/7599970
นอกจากนี้คุณยังสามารถบันทึก "แชร์ลิงก์" ในเมนู "ไฟล์" เพื่อแชร์กับเพื่อนร่วมงานของคุณ URL เหล่านี้ตลอดชีวิต คุณสามารถคลิก "เล่นซ้ำแต่ละขั้นตอน> บน" ใน "เมนูไฟล์" เพื่อเรียนรู้วิธีการสร้างการแสดงผลแบบกำหนดเอง
URL "Share Link" ทั้งหมดสามารถแสดงมุมมองดั้งเดิมโดยใช้ ICN3D เวอร์ชันที่เก็บถาวรโดยคลิก "ไฟล์เปิด> ลิงก์แชร์ใน Ver ที่เก็บถาวร" ในเมนู "ไฟล์"
สคริปต์ Python ไปยังโครงสร้างกระบวนการแบทช์ : สคริปต์ Python สามารถใช้ในการประมวลผลโครงสร้าง 3 มิติ (เช่นการส่งออกโครงสร้างทุติยภูมิภาพ PNG หรือเอาต์พุตการวิเคราะห์) ในโหมดแบทช์ สคริปต์ตัวอย่างอยู่ที่ ICN3DPYTHON
สคริปต์ node.js โดยใช้ NPM "ICN3D" ไปยังโครงสร้างกระบวนการแบตช์ : คุณสามารถดาวน์โหลดแพ็คเกจ NPM "ICN3D" เพื่อเขียนสคริปต์ node.js โดยเรียกฟังก์ชั่น ICN3D สคริปต์เหล่านี้สามารถใช้ในการประมวลผลโครงสร้าง 3 มิติ (เช่นคำนวณการโต้ตอบ) ในโหมดแบทช์ สคริปต์ตัวอย่างอยู่ที่ ICN3DNode
คำอธิบายประกอบสำหรับโครงสร้าง alphafold : สำหรับโครงสร้างที่กำหนดเองใด ๆ เช่นโครงสร้าง alphafold คุณสามารถแสดงโดเมนอนุรักษ์และคำอธิบายประกอบโดเมน 3 มิติ สำหรับโครงสร้าง Alphafold คุณยังสามารถแสดงคำอธิบายประกอบ SNP และ Clinvar
จัดตำแหน่งโครงสร้าง alphafold : คุณสามารถจัดโครงสร้าง Alphafold หรือโครงสร้าง PDB กับเมนู "ไฟล์> Align> หลายโซ่" หรือ "ไฟล์> Align> Protein Complexes> โครงสร้าง alphafold สองตัว" นอกจากนี้คุณยังสามารถโหลดโครงสร้างใด ๆ ตามปกติจากนั้นโหลดไฟล์ PDB ที่กำหนดเองของคุณด้วยเมนู "ไฟล์> เปิดไฟล์> ไฟล์ PDB (ต่อท้าย)" จากนั้น reLaING โครงสร้างเหล่านี้ด้วยเมนู "ไฟล์> การเลือก Realign> โดยการจัดตำแหน่งโครงสร้าง"
SNPs สำรองใน 3D : คุณสามารถสลับในประเภท Wild Wild และกลายพันธุ์ของ SNPs ได้โดยคลิกที่เมนู "การวิเคราะห์> ลำดับและคำอธิบายประกอบ", แท็บ "รายละเอียด", ช่องทำเครื่องหมาย "SNP" และ MouseOver บน SNPS
ศักยภาพไฟฟ้าสถิต Delphi : คุณสามารถดูศักยภาพไฟฟ้าสถิต Delphi ในเมนู "การวิเคราะห์> ศักยภาพของ Delphi"
isoforms และ exons : คุณสามารถดู isoforms และ exons ได้โดยคลิกที่ปุ่ม "เพิ่มแทร็ก" ในหน้าต่าง "Sequences & Annotations" ผ่านทางเมนู "การวิเคราะห์> ลำดับและคำอธิบายประกอบ"
สมมาตร : คุณสามารถแสดงสมมาตรที่คำนวณได้ล่วงหน้าหรือคำนวณสมมาตรแบบไดนามิกโดยใช้ SymD
ใช้ ICN3D ในสมุดบันทึก Jupyter : คุณสามารถใช้ ICN3D ในสมุดบันทึก Jupyter ด้วยวิดเจ็ต "ICN3DPY" คำแนะนำอยู่ที่ pypi.org/project/icn3dpy
การ์ตูน 2D ในโซ่โดเมนและระดับโครงสร้างทุติยภูมิ : คุณสามารถใช้คลิก "การวิเคราะห์> การ์ตูน 2D" เพื่อแสดงการ์ตูน 2D ในโซ่โดเมนและระดับโครงสร้างรอง
แผนที่ติดต่อสำหรับสิ่งตกค้างใด ๆ ที่เลือก : คุณสามารถคลิกเมนู "การวิเคราะห์> แผนที่ติดต่อ" เพื่อแสดงแผนที่ติดต่อแบบโต้ตอบสำหรับสิ่งตกค้างที่เลือก คุณสามารถส่งออกแผนที่ใน PNG หรือ SVG
คุณสมบัติเพิ่มเติมแสดงอยู่ที่ www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/icn3d.html: ไซต์ที่มีผลผูกพัน, อินเทอร์เฟซปฏิสัมพันธ์, การพิมพ์ 3D, โปรตีน transmembrane, พื้นผิว, แผนที่ความหนาแน่นของอิเล็กตรอน ลำดับโปรตีนไปยังโครงสร้างการจัดแนวแทร็กที่กำหนดเองกราฟที่กำกับโดยแรงสำหรับการโต้ตอบพื้นที่ผิวที่เข้าถึงได้ของตัวทำละลาย ฯลฯ
ICN3D สามารถฝังอยู่ในเว็บเพจได้โดยรวม URL ใน HTML IFRAME เช่น <iframe src = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/ วิธีนี้จะแสดง ICN3D เวอร์ชันล่าสุดเสมอ
ในการฝัง ICN3D ด้วยไลบรารี JavaScript ต้องรวมไลบรารีต่อไปนี้: JQuery, JQuery UI, Three.JS และ ICN3D Library มีการเพิ่มแท็ก HTML div เพื่อเก็บตัวชม 3D วิดเจ็ต ICN3D เริ่มต้นด้วยพารามิเตอร์ที่กำหนดเอง "CFG": "ให้ ICN3DUI = ใหม่ ICN3D.ICN3DUI (CFG); รอ ICN3DUI.SHOW3DSTRUCTURE ();" วิดเจ็ต ICN3D หลายตัวสามารถฝังได้ในหน้าเดียว โปรดดูซอร์สโค้ดของหน้าตัวอย่างสำหรับการอ้างอิง
ผู้ใช้สามารถเลือกที่จะแสดง ICN3D เวอร์ชันล่าสุดหรือ ICN3D เวอร์ชันล็อค หากต้องการแสดงเวอร์ชันล่าสุดให้ใช้ไฟล์ไลบรารีโดยไม่ต้องใช้เวอร์ชัน postfix ดังที่แสดงในหน้าเอกสาร ICN3D หากต้องการแสดงเวอร์ชันที่ล็อคให้ใช้ไฟล์ไลบรารีด้วยเวอร์ชัน postfix ดังที่แสดงในซอร์สโค้ดของหน้า ICN3D หากอินพุตถูกจัดทำขึ้นเป็น MMDB ID ไฟล์ไลบรารีและ CGIs แบ็กเอนด์จะถูกสร้างขึ้นเพื่อให้จอแสดงผล 3D มีความเสถียร
ICN3D ยอมรับรหัสต่อไปนี้:
ICN3D ยังยอมรับประเภทไฟล์ต่อไปนี้: PDB, MMCIF, MOL2, SDF, XYZ และ ICN3D PNG ไฟล์สามารถส่งผ่าน URL เช่น https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=pdb&url=https://storage.googleapis.com/membranome-assets/pdb_files https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=mmcif&url=https://files.rcsb.org/download/1gpk.cif หรือ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://api.figshare.com/v2/file/download/39125801 ดูหน้าวิธีใช้หรือหน้าเอกสารสำหรับรายละเอียดเพิ่มเติม
หากคุณต้องการสร้างรหัสของคุณได้อย่างง่ายดายคุณจะต้องติดตั้ง NodeJS และ NPM
ถัดไปโคลนพื้นที่เก็บข้อมูลนี้จากนั้นดำเนินการขั้นตอนการตั้งค่าต่อไปนี้ในสำเนาการทำงานของ ICN3D
npm config set -g production false
npm install -g gulp
npm install
npm install [email protected]
delete package-lock.json
บรรทัดแรกตั้งค่าเริ่มต้น NPM เป็น dev เพื่อให้โมดูลทั้งหมดจะถูกติดตั้ง บรรทัดที่สองติดตั้งเครื่องมือสร้างอึกทั่วโลกทำให้คำสั่ง gulp พร้อมใช้งานในบรรทัดคำสั่ง บรรทัดที่สามติดตั้งโมดูลทั้งหมด บรรทัดที่สี่จะเปลี่ยนเวอร์ชันของ Uglify-JS เป็นเวอร์ชันเก่าซึ่งไม่ได้บีบอัดชื่อคลาส บรรทัดสุดท้ายอาจจำเป็นสำหรับการสร้างใหม่เพื่อลบ package-lock.json เก่า
คุณต้องทำตามขั้นตอนข้างต้นเพียงครั้งเดียวเพื่อตั้งค่าไดเรกทอรีการทำงานของคุณ จากนั้นเป็นต้นไปเพื่อสร้างเพียงป้อน:
gulp
กรุณาส่งความคิดเห็นทั้งหมดไปที่ [email protected]
ชีวสารสนเทศศาสตร์ 2020 ม.ค. 1; 36 (1): 131-135 doi: 10.1093/bioinformatics/btz502
หากต้องการอ้างอิง ICN3D โปรดอ้างอิง:
Wang J, Youkharibache P, Zhang D, Lanczycki CJ, Geer RC, Madej T, Phan L, Ward M, Lu S, Marchler GH, Wang Y, Bryant SH, Geer Ly, Marchler-Bauer A. ICN3D ชีวสารสนเทศศาสตร์ 2020 ม.ค. 1; 36 (1): 131-135 (EPUB 2019 20 มิถุนายน) ดอย: 10.1093/ชีวสารสนเทศศาสตร์/BTZ502 PubMed PMID: 31218344 ข้อความเต็มรูปแบบที่ Oxford Academic
Wang J, Youkharibache P, Marchler-Bauer A, Lanczycki C, Zhang D, Lu S, Madej T, Marchler GH, Cheng T, Chong LC, Zhao S, Yang K, Lin J, Cheng Z, Dunn R, Malkaram Sa เครื่องมือดูการวิเคราะห์โครงสร้างในโหมดแบทช์ ด้านหน้า. โมล Biosci 2022 9: 831740 (EPUB 2022 17 ก.พ. ) ดอย: 10.3389/fmolb.2022.831740 PubMed PMID: 35252351 ข้อความเต็มที่ Frontiers