icn3d
v3.40.0
«Я вижу в 3D» (ICN3D) просмотра структуры-это не только веб-3D-просмотрщик, но и инструмент для анализа структуры, интерактивно или в режиме пакетного режима с использованием сценариев Nodejs на основе пакета NPM ICN3D. ICN3D синхронизирует отображение трехмерной структуры, 2D -взаимодействия и 1D -последовательностей и аннотаций. Пользовательский дисплей пользователей может быть сохранен в коротком URL или изображении PNG. Полный пакет ICN3D, включая Thre.js и jQuery, находится в каталоге «Dist» после того, как вы получите исходный код с кнопкой «код». Вы можете щелкнуть файл «index.html» в каталоге «DIST», чтобы запустить локальную версию ICN3D.
Посмотреть 3D -структуру в ICN3D : Откройте ссылку https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d, введите идентификатор PDB и нажмите «Загрузить». Вы также можете нажать меню «Файл», чтобы «открыть файл» или ввести другие идентификаторы.
Как упомянуто в меню «Подсказка о трансформации», вы можете использовать левую кнопку мыши для вращения, колесо средней мыши для масштабирования и кнопки правой мыши для перевода.
Самым важным моментом использования ICN3D является текущий выбор. Любые операции по цвету, стилю и т. Д. Работают над текущим выбором. По умолчанию все атомы выбраны. После того, как вы выберете любое подмножество, ваша операция будет работать только на подмножестве. Вы можете переключить выбор, используя переключатель рядом с меню справки.
Взгляд VR и AR в ICN3D : виртуальную реальность (VR) и просмотра дополненной реальности (AR) показаны в этом видео.
Вы можете открыть баузер в гарнитуре виртуальной реальности (VR) и просмотреть трехмерную структуру в ICN3D. Затем нажмите кнопку «Введите VR» в нижнем центре вашего браузера, чтобы войти в вид виртуальной реальности. Вы можете выбрать остатки с помощью кнопки триггера, откройте меню с помощью кнопки Squeeze и нажать меню с помощью триггера, перейдите с нажатием на большой палец вперед/назад и нажмите на триггер. Есть меню для избранного, стиля, цвета и анализа. Вам нужно сделать один выбор, прежде чем нажать кнопку «Взаимодействие» и сделать два выбора, прежде чем нажать кнопку «Расстояние».
Просмотр дополненной реальности (AR) в настоящее время доступен только для просмотров ICN3D в Chrome Browser с использованием телефонов Android. Вы можете просмотреть 3D -структуру в ICN3D и нажать кнопку «Start AR» в нижнем центре, чтобы увидеть трехмерную структуру в вашем окружении. Вы можете нажать дважды быстро на экране, чтобы найти минимизированную трехмерную структуру в вашем положении, и ужесточить, чтобы масштабировать 3D -структуру.
Создайте пользовательский 3D -представление : сначала вы открываете структуру в меню «Файл», затем выберите подмножество в меню «Выбрать», просмотреть только выбранное подмножество, нажав «Просмотреть только выбор» в меню, наконец, изменить стили или цвета в меню «стиль» и «цвета».
Каждая операция имеет соответствующую команду, указанную по адресу https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/icn3d.html#commands. Эти команды будут отображаться в окне команды/журнала прямо под 3D -дисплеем. Чтобы просмотреть все предыдущие команды, вы можете нажать «Поделиться ссылкой» в меню «Файл». И исходный URL, и короткий URL -адрес можно использовать для отображения вашего пользовательского представления.
Сохраните свою работу : вы можете сохранить «ICN3D PNG -изображение» в меню «Файл> Сохранить файл». Сохраняются и файл PNG, и HTML -файл. Нажмите на файл HTML, чтобы увидеть изображение PNG, которое связано с пользовательским отображением через URL Shrosten. Сам загруженное «ICN3D PNG -изображение» также можно использовать в качестве ввода в меню «Файл> Открыть файл» для воспроизведения пользовательского дисплея. Вы можете объединить эти файлы HTML для создания собственных галерей.
«ICN3D PNG -изображение» также может храниться на веб -сервере (например, https://figshare.com, https://zenodo.org). Изображение PNG может быть загружено в ICN3D через URL, например, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://api.figshare.com/v2/file/download/39125801, или/api.figshare.com/v2/file/dowdload/3912501, или или или или или https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://zenodo .org/api/files/1a3325c8-0c84-4f1e-be2c-c143b08c6563/3gvu-xcxr6fstmxhxr3o1a.png, где URL -адрес PNG -изображения извлекается с Blob JSON по адресу https://zenodo.org/api/records/7599970.
Вы также можете сохранить «Share Link» в меню «Файл», чтобы поделиться со своими коллегами. Эти URL -адреса на протяжении всей жизни. Вы можете щелкнуть «Воспроизвредить каждый шаг> включить» в меню «Файл», чтобы узнать, как был сгенерирован пользовательский дисплей.
Все URL -адреса «Share Link» могут отображать оригинальное представление, используя архивную версию ICN3D, нажав «Открыть файл> Поделиться ссылкой в архивном VER». в меню «Файл».
Скрипты Python к пакетным структурам процессов : сценарии Python могут использоваться для обработки трехмерных структур (например, экспорта вторичных структур, изображений PNG или выхода анализа) в пакетном режиме. Примеры сценариев приведены в ICN3Dpython.
Scripts node.js с использованием NPM «ICN3D» для пакетных структур процессов : вы можете загрузить пакет NPM «ICN3D», чтобы написать сценарии node.js, вызывая функции ICN3D. Эти сценарии могут использоваться для обработки трехмерных структур (например, расчета взаимодействия) в режиме партии. Примеры сценариев приведены в ICN3DNode.
Аннотации для алфалолдных структур : для любых пользовательских структур, таких как алфалолд -структуры, вы можете показать консервативные доменные и 3D -аннотации домена. Для алфалолдных структур вы также можете показать аннотации SNP и Clinvar.
Выравнивайте альфафолдные структуры : вы можете выравнивать альфафод -структуры или структуры PDB с меню «Файл> выравнивать> несколько цепей» или «File> Align> белковые комплексы> две алфалолдные структуры». Вы также можете загрузить любые структуры как обычно, а затем загрузить свой пользовательский файл PDB в меню «Файл> Открыть файл> файл PDB (добавляемый)», а затем переведите эти структуры с помощью меню «Файл> Выбор перераспределения> путем выравнивания структуры».
Альтернативные SNP в 3D : вы можете чередовать в 3D Диком типе и мутанте SNP, нажав меню «Анализ> последовательности и аннотации», вкладку «Подробности», флажок «SNP» и MouseOver на SNP.
Электростатический потенциал Delphi : вы можете просмотреть электростатический потенциал Delphi в меню «Анализ> Delphi Потенциал».
Изоформы и экзоны : вы можете просмотреть изоформы и экзоны, нажав кнопку «Добавить трек» в окне «Последовательности и аннотации» через меню «Анализ> последовательности и аннотации».
Симметрия : вы можете показать предварительную симметрию или динамически рассчитать симметрию, используя Symd.
Используйте ICN3D в ноутбуке Jupyter : Вы можете использовать ICN3D в ноутбуке Jupyter с виджетом "ICN3DPY". Инструкции на pypi.org/project/icn3dpy.
2D мультфильмы в уровнях цепи, домена и вторичной структуры : вы можете использовать клик «Анализ> 2 -й мультфильм», чтобы показать 2D мультфильмы в уровнях цепи, домена и вторичной структуры.
Контактная карта для любых выбранных остатков : вы можете щелкнуть меню «Анализ> Карта контактов», чтобы показать интерактивную карту контактов для любых выбранных остатков. Вы можете экспортировать карту в PNG или SVG.
More features are listed at www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/icn3d.html: binding site, interaction interface, 3D printing, transmembrane proteins, surface, EM map, electron density map from MTZ, CCP4, or DSN6, 1D sequences and 2D interactions, align two structures, align multiple chains, align a protein sequence На структуру, перестройку, пользовательские дорожки, направленное на силовое график для взаимодействия, доступная растворитель площадь поверхности и т. Д.
ICN3D может быть встроен в веб -страницу, включив URL в HTML iframe, например, <iframe src = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?mmdbid=1tup&width=300&height=300&showcommand=0&mobilemenu=1&showtitle=0" width = "320" hiest = "320" style = "/if hipe ="/if hipe = "/if hipe ="/if hipe = "/if hipe ="/if hipe = "/if hipe ="/if hipe = "/if -nome hiest ="/if -nome hiep = none ". Этот метод всегда показывает самую последнюю версию ICN3D.
Чтобы встроить ICN3D с библиотеками JavaScript, необходимо включить следующие библиотеки: JQUERY, JQUERY UI, THRE.JS и ICN3D Библиотека. Добавлена тег HTML DIV для удержания 3D Viewer. Виджет ICN3D инициализируется с помощью пользовательского параметра «CFG»: «Пусть iCn3dui = new Icn3d.icn3dui (cfg); wait icn3dui.show3dStructure ();». Несколько виджетов ICN3D могут быть встроены в одну страницу. Пожалуйста, смотрите исходный код примера страницы для справки.
Пользователи могут выбрать, чтобы показать самую последнюю версию ICN3D или заблокированную версию ICN3D. Чтобы показать самую последнюю версию, используйте файлы библиотеки без версии Postfix, как показано на странице DOC ICN3D. Чтобы показать заблокированную версию, используйте файлы библиотеки с версией PostFix, как показано в исходном коде ICN3D -страницы. Если вход предоставляется в качестве идентификатора MMDB, как файлы библиотеки, так и бэкэнд CGIS версии, так что 3D -дисплей будет стабильным.
ICN3D принимает следующие идентификаторы:
ICN3D также принимает следующие типы файлов: PDB, MMCIF, MOL2, SDF, XYZ и ICN3D PNG. Файлы могут быть переданы через URL, например, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=pdb&url=https://storage.googleapis.com/membranome-assets/pdb_files/proteins/fcg2a_hum. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=mmcif&url=https://files.rcsb.org/download/1gpk.cif, или https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://api.figshare.com/v2/file/download/39125801. Смотрите страницу справки или страницу DOC для получения более подробной информации.
Если вы хотите легко создать свой код, вам нужно установить Nodejs и NPM.
Затем клонируйте этот репозиторий, а затем выполните следующие шаги настройки в рабочей копии ICN3D.
npm config set -g production false
npm install -g gulp
npm install
npm install [email protected]
delete package-lock.json
Первая строка устанавливает NPM по умолчанию как DEV, чтобы все модули были установлены. Вторая строка устанавливает инструмент Gulp Build в глобальном масштабе, что делает команду gulp доступным на командной строке. Третья линия установила все модули. Четвертая строка меняет версию Uglify-JS на старую версию, которая не сжимает имена классов. Последняя строка может потребоваться для новой сборки, чтобы удалить старую пакет-lock.json.
Вам нужно выполнить вышеуказанные шаги только один раз, чтобы настроить рабочий каталог. С тех пор, чтобы построить, просто введите:
gulp
Пожалуйста, отправьте все комментарии на [email protected].
Биоинформатика. 2020 январь 1; 36 (1): 131-135. doi: 10.1093/bioinformatics/btz502.
Чтобы цитировать ICN3D, пожалуйста, ссылайтесь:
Wang J, Youhharibache P, Zhang D, Lanczycki CJ, Geer RC, Madej T, Phan L, Ward M, Lu S, Marchler GH, Wang Y, Bryant SH, Geer Ly, Marchler-Bauer A. ICN3D, веб-зритель для обмена 1D/2D/3D представлениями биомалекулярных конструкций. Биоинформатика . 2020 январь 1; 36 (1): 131-135. (EPUB 2019 20 июня.) DOI: 10.1093/Bioinformatics/BTZ502. PubMed PMID: 31218344, полный текст в Oxford Academic
Wang J, Youkharibache P, Marchler-Bauer A, Lanczycki C, Zhang D, Lu S, Madej T, Marchler GH, Cheng T, Chong LC, Zhao S, Yang K, Lin J, Cheng Z, Dunn R, Malkaram SA, Tai Ch, Enoma D, Busby B, Johnson Nl, Tabar, Song F, Song F, Song G. Просмотр для структурного анализа в режиме пакетного режима. Передний. Мол Biosci. 2022 9: 831740. (Epub 2022 февраля.) DOI: 10.3389/fmolb.2022.831740. PubMed PMID: 35252351, полный текст на границах
