icn3d
v3.40.0
「I See In 3D」（ICN3D）構造ビューアーは、Webベースの3Dビューアであるだけでなく、NPMパッケージICN3Dに基づいてNodeJSスクリプトを使用して、インタラクティブまたはバッチモードを使用して構造分析ツールでもあります。 ICN3Dは、3D構造、2D相互作用、1Dシーケンスと注釈の表示を同期します。ユーザーのカスタムディスプレイは、短いURLまたはPNG画像に保存できます。 Three.jsとjQueryを含むICN3Dの完全なパッケージは、 「コード」ボタンを使用してソースコードを取得した後、ディレクトリ「DIST」にあります。 「dist」ディレクトリのファイル「index.html」をクリックして、ICN3Dのローカルバージョンを起動できます。
ICN3Dで3D構造を表示：リンクを開きますhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d、PDB IDを入力し、[ロード]をクリックします。 「ファイル」メニューをクリックして「ファイルを開く」または他のIDを入力することもできます。
メニュー「ヘルプ>変換ヒント」で述べたように、回転には左マウスボタン、ズームにはミドルマウスホイール、翻訳に右マウスボタンを使用できます。
ICN3Dの使用に関する最も重要なポイントは、現在の選択です。色、スタイルなどの操作は、現在の選択に取り組んでいます。デフォルトでは、すべての原子が選択されます。サブセットを選択すると、操作はサブセットでのみ動作します。ヘルプメニューの横にあるトグルを使用して選択を切り替えることができます。
ICN3DのVRおよびARビュー：仮想現実（VR）および拡張現実（AR）ビューをこのビデオに示します。
Virtual Reality（VR）ヘッドセットでクッパを開き、ICN3Dで3D構造を表示できます。次に、ブラウザの下部中央にある[VRを入力]ボタンをクリックして、VRビューを入力します。トリガーボタンを使用して残留物を選択し、スクイーズボタンでメニューを開き、トリガーでメニューをクリックし、サムスティックを前方/後方に押してナビゲートし、トリガーを押します。選択、スタイル、色、分析用のメニューがあります。 [インタラクション]ボタンをクリックする前に1つの選択を行い、距離ボタンをクリックする前に2つの選択を行う必要があります。
拡張現実（AR）ビューは現在、Androidフォンを使用したChromeブラウザのICN3Dビューでのみ利用できます。 ICN3Dの3D構造を表示し、下部中央の[ARを開始]ボタンをクリックして、周囲の3D構造を確認できます。画面で2回迅速にタップして、タップされた場所に最小化された3D構造を見つけ、3D構造をスケーリングするためにピンチすることができます。
カスタム3Dビューの作成：最初に「ファイル」メニューで構造を開き、[選択]メニューでサブセットを選択し、[スタイル]メニューで[スタイル]または「色」メニューで[スタイル]または色を変更して、[選択]メニューの[ビューのみ]をクリックして、選択したサブセットのみを表示します。
各操作には、https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/icn3d.html#commandsにリストされている対応するコマンドがあります。これらのコマンドは、3Dディスプレイのすぐ下のコマンド/ログウィンドウに表示されます。以前のすべてのコマンドを表示するには、「ファイル」メニューで「リンクを共有」をクリックできます。元のURLと短いURLの両方を使用して、カスタムビューを表示できます。
作業の保存：メニュー「ファイル」>ファイルの保存」に「ICN3D PNGイメージ」を保存できます。 PNGファイルとHTMLファイルの両方が保存されます。 HTMLファイルをクリックして、PNGイメージを表示します。これは、短縮URLを介してカスタムディスプレイにリンクされています。ダウンロードされた「ICN3D PNGイメージ」自体は、カスタムディスプレイを再現するために、メニュー "ファイル> [ファイル]"の入力としても使用できます。これらのHTMLファイルを組み合わせて、独自のギャラリーを生成できます。
「ICN3D PNGイメージ」は、Webサーバー（https://figshare.com、https://zenodo.orgなど）にも保存できます。 PNG画像は、URLを介してICN3Dにロードできます。例：https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url = https://api.figshare.com/v2/file/39125801またはhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url = https://zenodo .org/api/files/1a3325c8-0c84-4f1e-be2c-c143b08c6563/3gvu-xcxr6fstmxhxr3o1a.png、 PNG画像のURLがhttps://zenodo.org/api/Records/7599970のJSON Blobから取得されます。
「ファイル」メニューに「共有リンク」を保存して、同僚と共有することもできます。これらのURLは生涯です。 「ファイル」メニューの「各ステップ>オン」をクリックして、カスタムディスプレイの生成方法を学習できます。
すべての「共有リンク」URLは、「ArchivedVer。」で「開くファイル>共有リンク」をクリックして、ICN3Dのアーカイブバージョンを使用して元のビューを表示できます。 「ファイル」メニュー。
バッチプロセス構造へのPythonスクリプト：Pythonスクリプトを使用して、バッチモードで3D構造（例、セカンダリ構造、PNG画像、または分析出力など）を処理できます。サンプルスクリプトはICN3DPYTHONにあります。
node.js npm "ICN3D"を使用してバッチプロセス構造を使用してスクリプト：npm "ICN3D"パッケージをダウンロードして、ICN3D関数を呼び出すことでnode.jsスクリプトを書き込むことができます。これらのスクリプトを使用して、バッチモードで3D構造（たとえば、相互作用の計算）を処理できます。サンプルスクリプトはICN3DNODEにあります。
AlphaFold構造の注釈：AlphaFold構造などのカスタム構造の場合、保存されたドメインと3Dドメインアノテーションを表示できます。 AlphaFold構造の場合、SNPおよびClinvarアノテーションを表示することもできます。
Align AlphaFold構造：AlphaFold構造またはPDB構造をメニュー「ファイル> Align> Multiple Chains」または「Align> Protein Complex> 2つのAlphaFold構造」で整列できます。また、任意の構造を通常どおりロードしてから、カスタムPDBファイルをメニュー「ファイル> [ファイルを開く]> [pdbファイル（付録）]にロードし、[構造アライメントによるメニュー> [再配置]> [[ファイル]> [再配置]> [再配置]でこれらの構造を再認識します。
3Dの代替SNP ：メニュー「分析>シーケンスとアノテーション」、タブ「詳細」、チェックボックス「SNP」、およびSNPのマウスオーバーをクリックすると、3Dの野生型とSNPの変異体で交互にできます。
Delphi静電ポテンシャル：メニュー「分析> Delphiの可能性」でDelphiの静電ポテンシャルを表示できます。
アイソフォームとエクソン：メニュー>シーケンス>シーケンスとアノテーション」を介して「シーケンスとアノテーション」ウィンドウで[トラックを追加]ボタンをクリックすると、アイソフォームとエクソンを表示できます。
対称性：事前に計算された対称性を表示するか、Symdを使用して対称性を動的に計算できます。
Jupyter NotebookでICN3Dを使用します：Widget "ICN3DPY"を使用してJupyterノートブックでICN3Dを使用できます。指示はpypi.org/project/icn3dpyにあります。
チェーン、ドメイン、およびセカンダリ構造レベルの2D漫画：クリック「分析> 2D漫画」を使用して、チェーン、ドメイン、およびセカンダリ構造レベルに2D漫画を表示できます。
選択した残留物については、マップを連絡します。メニュー「分析>連絡先マップ」をクリックして、選択した残基のインタラクティブな連絡先マップを表示できます。 PNGまたはSVGでマップをエクスポートできます。
その他の機能はwww.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/icn3d.htmlにリストされています：結合部位、相互作用インターフェイス、3D印刷、膜貫通タンパク質、表面、EMマップ、MTZ、CCP4、またはDSN6、DSN6、DSN6、DSN6、1Dシーケンス、2つのChains、Align Align Align Align Align Align Algen構造、再調整、カスタムトラック、相互作用のための力指向グラフ、溶媒アクセス可能な表面積などのシーケンス。
ICN3Dは、html iframe、eg <iframeにURLを含めることにより、Webページに埋め込むことができますsrc = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?mmdbid=1tup&width=300&height=300&showcommand=0&mobilemenu = 1＆showtitle = 0" "320" 320 "スタイル=この方法は、常にICN3Dの最新バージョンを示しています。
JavaScriptライブラリをICN3Dに埋め込むには、次のライブラリを含める必要があります：jQuery、jQuery UI、3.JS、およびICN3Dライブラリ。 3Dビューアを保持するHTML Divタグが追加されます。 ICN3Dウィジェットは、カスタム定義のパラメーター「CFG」で初期化されます：「let icn3dui = new icn3d.icn3dui（cfg）; await icn3dui.show3dstructure（）; "。複数のICN3Dウィジェットを1つのページに埋め込むことができます。参照については、サンプルページのソースコードを参照してください。
ユーザーは、ICN3Dの最新バージョン、またはICN3Dのロックバージョンを表示することを選択できます。最新のバージョンを表示するには、ICN3Dドキュメントページに示されているように、バージョンPOSTFIXなしでライブラリファイルを使用します。ロックされたバージョンを表示するには、ICN3Dページのソースコードに示されているように、バージョンPOSTFIXでライブラリファイルを使用します。入力がMMDB IDとして提供されている場合、3Dディスプレイが安定するように、ライブラリファイルとバックエンドCGIの両方がバージョンになっています。
ICN3Dは次のIDを受け入れます。
ICN3Dは、PDB、MMCIF、MOL2、SDF、XYZ、およびICN3D PNGのファイルタイプも受け入れます。ファイルは、https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=pdb&url = https://storage.googleapis.com/membranome-assets/pdb_files/protins/fcg2a_uman.pddbdb_files.googleapis.com/membranome-assets/pdb＆url = https://storage.phedfcg2a_uman.pddb_fils.htdb_fils.human.pddbdb_human.f.human.f.human.f.human.f.human.f.human.pddbを介して渡すことができます。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?ttype=mmcif&url=https://files.rcsb.org/dowdoload/1gpk.cif、またはhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url = https://api.figshare.com/v2/file/download/39125801。詳細については、ヘルプページまたはドキュメントページを参照してください。
コードを簡単に作成する場合は、nodejsとnpmをインストールする必要があります。
次に、このリポジトリをクローンしてから、ICN3Dの作業コピーで次のセットアップ手順を実行します。
npm config set -g production false
npm install -g gulp
npm install
npm install [email protected]
delete package-lock.json
最初の行は、すべてのモジュールがインストールされるように、NPMデフォルトをDEVとして設定します。 2行目は、Gulp Buildツールをグローバルにインストールし、コマンドラインでgulpコマンドを使用できるようにします。 3行目はすべてのモジュールをインストールします。 4行目は、uglify-JSのバージョンを古いバージョンに変更しますが、クラス名を圧縮しません。最後のラインは、古いパッケージlock.jsonを削除するために新鮮なビルドに必要になる場合があります。
作業ディレクトリをセットアップするには、上記の手順を1回実行する必要があります。それ以降、構築するには、単に入力するだけです。
gulp
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バイオインフォマティクス。 2020年1月1日; 36（1）：131-135。 doi：10.1093/bioinformatics/btz502。
ICN3Dを引用するには、参照してください。
Wang J、Youkharibache P、Zhang D、Lanczycki CJ、Geer RC、MadeJ T、Phan L、Ward M、Lu S、Marchler GH、Wang Y、Bryant SH、 Geer LY、Marchler-Bauer A.バイオインフォマティクス。 2020年1月1日; 36（1）：131-135。 （EPUB 2019 6月20日）doi：10.1093/bioinformatics/btz502。 PubMed PMID：31218344、オックスフォードアカデミックの全文
Wang J、Youkharibache P、Marchler-Bauer A、Lanczycki C、Zhang D、Lu S、MadeJ T、Marchler GH、Cheng T、Chong LC、Zhao S、Yang K、Lin J、Cheng Z、Dunn R、Malkaram SA、Tai Ch 、Enomバッチモードの構造分析ツールからビューアー。フロント。モル。 Biosci。 2022 9：831740。 （EPUB 2022 2月17日）doi：10.3389/fmolb.2022.831740。 PubMed PMID：35252351、フロンティアの全文
