icn3d
v3.40.0
"Veo en 3D" (ICN3D) Visor de estructura no es solo un visor 3D basado en la web, sino también una herramienta de análisis de estructura de manera interactiva o en el modo por lotes utilizando scripts NodeJS basados en el paquete NPM ICN3D. ICN3D sincroniza la visualización de estructura 3D, interacción 2D y secuencias y anotaciones 1D. La pantalla personalizada de los usuarios se puede guardar en una URL corta o una imagen PNG. El paquete completo de ICN3D, incluidos tres.js y jQuery, se encuentra en el directorio "DIST" después de obtener el código fuente con el botón "Código". Puede hacer clic en el archivo "index.html" en el directorio "Dist" para iniciar una versión local de ICN3D.
Ver una estructura 3D en ICN3D : Abra el enlace https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d, ingrese una ID de PDB y haga clic en "Cargar". También puede hacer clic en el menú "Archivo" en "Abrir archivo" o ingresar otras ID.
Como se menciona en el menú "Ayuda> Sugerencias de transformación", puede usar el botón izquierdo del mouse para la rotación, la rueda del mouse central para el zoom y el botón derecho del mouse para la traducción.
El punto más importante sobre el uso de ICN3D es la selección actual. Cualquier operación sobre color, estilo, etc. está trabajando en la selección actual. Por defecto, se seleccionan todos los átomos. Una vez que seleccione cualquier subconjunto, su operación funcionará solo en el subconjunto. Puede cambiar la selección con la palanca junto al menú de ayuda.
Las vistas de VR y AR en ICN3D : las vistas de realidad virtual (VR) y realidad aumentada (AR) se muestran en este video.
Puede abrir un bowser en su auricular de realidad virtual (VR) y ver una estructura 3D en ICN3D. Luego haga clic en el botón "Ingrese VR" en el centro inferior de su navegador para ingresar a la vista VR. Puede seleccionar residuos con el botón de activación, abrir el menú con el botón de compresión y hacer clic en los menús con el gatillo, navegar con el pulgar Presionado hacia adelante/hacia atrás y presione el gatillo. Hay menús para seleccionar, estilo, color y análisis. Debe hacer una selección antes de hacer clic en el botón de interacción y hacer dos selecciones antes de hacer clic en el botón Distancia.
La vista de realidad aumentada (AR) actualmente solo está disponible para las vistas ICN3D en Chrome Browser utilizando teléfonos Android. Puede ver una estructura 3D en ICN3D y hacer clic en el botón "Iniciar AR" en el centro inferior para ver la estructura 3D en su entorno. Puede tocar dos veces rápidamente en la pantalla para localizar una estructura 3D minimizada en su ubicación tocado y pellizcar para escalar la estructura 3D.
Cree una vista 3D personalizada : primero abre una estructura en el menú "Archivo", luego seleccione un subconjunto en el menú "Seleccionar", vea solo el subconjunto seleccionado haciendo clic en "Vista solo la selección" en el menú Vista, finalmente cambie los estilos o colores en menús "estilo" y "color".
Cada operación tiene un comando correspondiente como se enumera en https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/icn3d.html#commands. Estos comandos aparecerán en la ventana de comando/registro justo debajo de la pantalla 3D. Para ver todos los comandos anteriores, puede hacer clic en "Compartir enlace" en el menú "Archivo". Tanto la URL original como la URL corta se pueden usar para mostrar su vista personalizada.
Guardar su trabajo : puede guardar la "imagen PNG ICN3D" en el menú "Archivo> Guardar archivo". Se guardan tanto el archivo PNG como un archivo HTML. Haga clic en el archivo HTML para ver la imagen PNG, que está vinculada a la pantalla personalizada a través de una URL corta. La "imagen PNG ICN3D" descargada también se puede usar como una entrada en el menú "Archivo> Abrir archivo" para reproducir la pantalla personalizada. Puede combinar estos archivos HTML para generar sus propias galerías.
La "imagen PNG ICN3D" también se puede almacenar en un servidor web (por ejemplo, https://figshare.com, https://zenodo.org). La imagen de PNG se puede cargar en ICN3D a través de la URL, por ejemplo, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://api.figshare.com/v2/file/downloadload/39125801, o orator https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://zenodo .org/api/archivos/1A3325C8-0C84-4F1E-BE2C-C143B08C6563/3GVU-XCXR6FSTMXHXR3O1A.PNG, Donde se recupera la URL de la imagen PNG de la blob JSON en https://zenodo.org/api/records/75999970.
También puede guardar el "enlace de compartir" en el menú "Archivo" para compartir con sus colegas. Estas URL son de por vida. Puede hacer clic en "Reproducir cada paso> en el menú" en "Archivo" para saber cómo se generó una pantalla personalizada.
Todas las URL de "enlace de compartir" pueden mostrar la vista original utilizando la versión archivada de ICN3D haciendo clic en "Abrir archivo> Link de compartir en VER archivado". en el menú "Archivo".
Scripts de Python a estructuras de procesos por lotes : los scripts de Python se pueden usar para procesar estructuras 3D (por ejemplo, exportar estructuras secundarias, imágenes PNG o salida de análisis) en modo lotes. Los scripts de ejemplo están en icn3dpython.
Scripts node.js utilizando NPM "ICN3D" a estructuras de proceso por lotes : puede descargar el paquete NPM "ICN3D" para escribir scripts Node.js llamando a las funciones ICN3D. Estos scripts se pueden usar para procesar estructuras 3D (por ejemplo, calcular interacciones) en modo lotes. Los scripts de ejemplo están en icn3dnode.
Anotaciones para estructuras Alfafold : para cualquier estructura personalizada como estructuras Alfafold, puede mostrar anotaciones conservadas de dominio y dominio 3D. Para las estructuras Alfafold, también puede mostrar anotaciones SNP y ClinVar.
Alinee las estructuras Alfafold : puede alinear las estructuras Alfafold o las estructuras PDB con el menú "Archivo> Align> Cadenas múltiples" o "Archivo> Alinear> Complejos de proteínas> Dos estructuras Alfafold". También puede cargar cualquier estructura como de costumbre, luego cargar su archivo PDB personalizado con el menú "Archivo> Abrir archivo> archivo PDB (appendable)", luego relair estas estructuras con el menú "Archivo> Selección Realign> por alineación de la estructura".
SNP alternativos en 3D : puede alternar en 3D Wild Type y mutante de SNP haciendo clic en el menú "Análisis> Secuencias y anotaciones", la pestaña "Detalles", la casilla de verificación "SNP" y Mouseover en SNP.
Potencial electrostático de Delphi : puede ver el potencial electrostático de Delphi en el menú "Análisis> Potencial de Delphi".
Isoformas y exones : puede ver las isoformas y los exones haciendo clic en el botón "Agregar pista" en la ventana "Secuencias y anotaciones" a través del menú "Análisis> Secuencias y anotaciones".
Simetría : puede mostrar simetría precalculada o calcular la simetría dinámicamente usando Symd.
Use ICN3D en Jupyter Notebook : puede usar ICN3D en el cuaderno Jupyter con el widget "ICN3DPY". Las instrucciones están en pypi.org/project/icn3dpy.
Cartoones 2D en la cadena, el dominio y los niveles de estructura secundaria : puede usar "Análisis> Cartoon 2D" para mostrar caricaturas 2D en los niveles de estructura de cadena, dominio y secundaria.
Mapa de contacto para cualquier residuo seleccionado : puede hacer clic en el menú "Análisis> Mapa de contacto" para mostrar el mapa de contacto interactivo para cualquier residuo seleccionado. Puede exportar el mapa en PNG o SVG.
Se enumeran más características en www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/icn3d.html: sitio de unión, interfaz de interacción, impresión 3D, proteínas transmembrana, superficie, mapa em map, mapa de densidad electrónica de MTZ, ccp4 o dsn6, secuencias 1D e interacciones 2D, dos estructuras alineadas, alineaciones, alineadas, alineadas, alineadas, alineadas, alineadas, alineadas, alineadas, alineadas, alineadas, alinean múltiples. secuencia a una estructura, realignamiento, pistas personalizadas, gráfico dirigido por la fuerza para interacciones, área de superficie accesible para solventes, etc.
ICN3D se puede integrar en una página web al incluir la URL en html iframe, por ejemplo, <iframe src = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?mmdbid=1tup&width=300&height=300&showcommand=0&mobilemenu=1&showtitle=0" width = "320" altura = "320" style = "border: no". Este método siempre muestra la versión más reciente de ICN3D.
Para incrustar ICN3D con las bibliotecas de JavaScript, deben incluirse las siguientes bibliotecas: jQuery, jQuery ui, tres.js y icn3d biblioteca. Se agrega una etiqueta HTML div para sostener el visor 3D. El widget ICN3D se inicializa con el parámetro definido personalizado "CFG": "Sea icn3dui = new icn3d.icn3dui (cfg); espera icn3dui.show3dStructure ();". Múltiples widgets ICN3D se pueden incrustar en una sola página. Consulte el código fuente de la página de ejemplo como referencia.
Los usuarios pueden optar por mostrar la versión más reciente de ICN3D, o una versión bloqueada de ICN3D. Para mostrar la versión más reciente, use los archivos de la biblioteca sin la versión Postfix como se muestra en la página DOC ICN3D. Para mostrar una versión bloqueada, use los archivos de la biblioteca con la versión Postfix como se muestra en el código fuente de la página ICN3D. Si la entrada se proporciona como una ID de MMDB, tanto los archivos de la biblioteca como los CGI de backend están versión para que la pantalla 3D sea estable.
ICN3D acepta las siguientes identificaciones:
ICN3D también acepta los siguientes tipos de archivos: PDB, MMCIF, MOL2, SDF, XYZ e ICN3D PNG. Los archivos se pueden pasar a través de una URL, por ejemplo, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=pdb&url=https://storage.googleapis.com/membanome-ssets/pdb_files/proteins/fcg2a_human.pdb, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=mmcif&url=https://files.rcsb.org/download/1gpk.cif, o https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://api.figshare.com/v2/file/download/39125801. Consulte la página de ayuda o la página DOC para obtener más detalles.
Si desea construir su código fácilmente, deberá instalar NodeJS y NPM.
A continuación, clone este repositorio y luego realice los siguientes pasos de configuración en su copia de trabajo de ICN3D.
npm config set -g production false
npm install -g gulp
npm install
npm install [email protected]
delete package-lock.json
La primera línea establece el valor predeterminado de NPM como DEV para que se instalarán todos los módulos. La segunda línea instala la herramienta de compilación Gulp a nivel mundial, haciendo que el comando gulp esté disponible en la línea de comando. La tercera línea instala todos los módulos. La cuarta línea cambia la versión de Uglify-JS a una versión anterior, que no comprime los nombres de clases. Se puede requerir la última línea para que una construcción fresca elimine el paquete antiguo.
Solo tiene que realizar los pasos anteriores una vez, para configurar su directorio de trabajo. A partir de entonces, para construir, simplemente ingrese:
gulp
Envíe todos los comentarios a [email protected].
Bioinformática. 2020 1 de enero; 36 (1): 131-135. doi: 10.1093/bioinformática/btz502.
Para citar ICN3D, consulte:
Wang J, Youkharibache P, Zhang D, Lanczycki CJ, Geer RC, Madej T, Phan L, Ward M, Lu S, Marchler GH, Wang Y, Bryant SH, Geer LY, Marchler-Bauer A. ICN3D, un visor 3D basado en la web para compartir representaciones 1D/2D/3D de estructuras biomoleculares. Bioinformática . 2020 1 de enero; 36 (1): 131-135. (EPUB 2019 20 de junio) doi: 10.1093/bioinformática/btz502. PubMed PMID: 31218344, texto completo en Oxford Academic
Wang J, Youkharibache P, Marchler-Bauer A, Lanczycki C, Zhang D, Lu S, Madej T, Marchler GH, Cheng T, Chong LC, Zhao S, Yang K, Lin J, Cheng Z, Dunn R, Malkaram SA, Tai CH, Enoma D, Busby B, Johnson NL, Tabaro F, Song G, Song G, Song Y. Visor a la herramienta de análisis estructural en modo por lotes. Frente. Mol. Biosci. 2022 9: 831740. (Epub 2022 17 de febrero. Doi: 10.3389/fmolb.2022.831740. PubMed PMID: 35252351, texto completo en Frontiers
