icn3d
v3.40.0
"Vejo em 3D" (ICN3D) O Visualizador de estrutura não é apenas um visualizador 3D baseado na Web, mas também uma ferramenta de análise de estrutura interativa ou no modo em lote usando scripts NodeJS com base no pacote NPM ICN3D. O ICN3D sincroniza a exibição da estrutura 3D, a interação 2D e sequências e anotações 1D. A exibição personalizada dos usuários pode ser salva em um URL curto ou em uma imagem PNG. O pacote completo do ICN3D, incluindo três.js e jQuery, está no diretório "dist" depois de obter o código -fonte com o botão "Código". Você pode clicar no arquivo "index.html" no diretório "dist" para iniciar uma versão local do ICN3D.
Veja uma estrutura 3D no ICN3D : Abra o link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d, insira um ID do PDB e clique em "Load". Você também pode clicar no menu "Arquivo" para "abrir arquivo" ou inserir outros IDs.
Conforme mencionado no menu "Ajuda> Dicas de transformação", você pode usar o botão esquerdo do mouse para rotação, roda do mouse do meio para zoom e botão do mouse direito para tradução.
O ponto mais importante sobre o uso do ICN3D é a seleção atual. Quaisquer operações sobre cor, estilo etc. estão trabalhando na seleção atual. Por padrão, todos os átomos são selecionados. Depois de selecionar qualquer subconjunto, sua operação funcionará apenas no subconjunto. Você pode alternar a seleção usando a alternância ao lado do menu de ajuda.
As visualizações de VR e AR no ICN3D : A realidade virtual (VR) e as visualizações de realidade aumentada (AR) são mostradas neste vídeo.
Você pode abrir um Bowser no seu fone de ouvido de realidade virtual (VR) e visualizar uma estrutura 3D no ICN3D. Em seguida, clique no botão "Enter VR" no centro inferior do seu navegador para inserir a exibição VR. Você pode selecionar resíduos com o botão Trigger, abrir o menu com o botão Squeeze e clicar em menus com o gatilho, navegar com o Thumbstick pressionado para frente/para trás e pressionar o gatilho. Existem menus para seleção, estilo, cor e análise. Você precisa fazer uma seleção antes de clicar no botão de interação e fazer duas seleções antes de clicar no botão de distância.
Atualmente, a exibição de realidade aumentada (AR) está disponível apenas para visualizações ICN3D no navegador Chrome usando telefones Android. Você pode visualizar uma estrutura 3D no ICN3D e clicar no botão "Iniciar AR" no centro inferior para ver a estrutura 3D no ambiente. Você pode tocar duas vezes rapidamente na tela para localizar uma estrutura 3D minimizada em seu local tocado e prender a estrutura 3D.
Crie visualização 3D personalizada : você abre primeiro uma estrutura no menu "Arquivo" e selecione um subconjunto no menu "Selecionar", visualize apenas o subconjunto selecionado clicando em "Exibir somente seleção" no menu Exibir, finalmente alterar estilos ou cores nos menus "estilo" e "cor".
Cada operação possui um comando correspondente, conforme listado em https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/icn3d.html#commands. Esses comandos serão exibidos na janela de comando/log logo abaixo da tela 3D. Para visualizar todos os comandos anteriores, você pode clicar em "Compartilhar link" no menu "arquivo". Tanto o URL original quanto o URL curto podem ser usados para exibir sua visualização personalizada.
Salve seu trabalho : você pode salvar "ICN3D PNG Image" no menu "Arquivo> Salvar arquivo". O arquivo PNG e um arquivo HTML são salvos. Clique no arquivo HTML para ver a imagem PNG, vinculada à tela personalizada por meio de um URL reduzido. A própria imagem "ICN3D PNG" também pode ser usada como uma entrada no menu "Arquivo> Abrir arquivo" para reproduzir a exibição personalizada. Você pode combinar esses arquivos HTML para gerar suas próprias galerias.
A imagem "ICN3D PNG" também pode ser armazenada em um servidor da web (por exemplo, https://figshare.com, https://zenodo.org). A imagem PNG pode então ser carregada no ICN3D através do URL, por exemplo, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://api.figshare.com/v2wile/file/filledile/filleunsiling/FILLEFILEMENTO10 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://zenodo .org/api/files/1a3325c8-0c84-4f1e-be2c-c143b08c6563/3gvu-xcxr6fstmxhxr3o1a.png, onde o URL da imagem PNG é recuperado do JSON Blob em https://zenodo.org/api/records/7599970.
Você também pode salvar o menu "compartilhar link" no "arquivo" para compartilhar com seus colegas. Esses URLs são ao longo da vida. Você pode clicar em "Replay cada etapa> ON" no menu "Arquivo" para saber como uma exibição personalizada foi gerada.
Todos os URLs de "compartilhar link" podem mostrar a visualização original usando a versão arquivada do ICN3D clicando em "Open Arquivo> Compartilhar link no Ver Archived Ver". no menu "Arquivo".
Scripts Python para estruturas de processo em lote : os scripts Python podem ser usados para processar estruturas 3D (por exemplo, exportar estruturas secundárias, imagens PNG ou saída de análise) no modo em lote. Os scripts de exemplo estão no ICN3DPYTHON.
Scripts node.js usando o npm "icn3d" para estruturas de processo em lote : você pode baixar o pacote npm "icn3d" para escrever scripts node.js chamando funções ICN3D. Esses scripts podem ser usados para processar estruturas 3D (por exemplo, calcular interações) no modo em lote. Os scripts de exemplo estão no ICN3DNODE.
Anotações para estruturas de alfafold : Para estruturas personalizadas, como estruturas de alfafold, você pode mostrar o domínio conservado e anotações de domínio 3D. Para estruturas de alfafold, você também pode mostrar anotações SNP e clinvar.
Alinhar estruturas de alfafold : Você pode alinhar estruturas de alfafold ou estruturas de PDB com o menu "Arquivo> alinhe> várias cadeias" ou "Arquivo> ALINE> Complexos de proteínas> Duas estruturas alfafold". Você também pode carregar todas as estruturas como de costume e, em seguida, carregue seu arquivo PDB personalizado com o menu "Arquivo> Arquivo Abrir> File PDB (anexável)" e relacança essas estruturas com o menu "Arquivo> Seleção realinhe> por alinhamento da estrutura".
SNPs alternativos em 3D : Você pode alternar no tipo selvagem e mutante 3D dos SNPs clicando no menu "Análise> Sequências e anotações", a guia "Detalhes", a caixa de seleção "SNP" e o MouseOver no SNPS.
Potencial eletrostático Delphi : você pode ver o potencial eletrostático Delphi no menu "Análise> Potencial Delphi".
ISOFORMAS E EXONS : Você pode visualizar as isoformas e exons clicando no botão "Adicionar faixa" na janela "Sequências e anotações" através do menu "Análise> Sequências e anotações".
Simetria : você pode mostrar simetria pré -calculada ou calcular a simetria dinamicamente usando o SYMD.
Use o ICN3D no Jupyter Notebook : você pode usar o ICN3D no Notebook Jupyter com o widget "ICN3DPY". As instruções estão em pypi.org/project/icn3dpy.
Cartons 2D nos níveis de estrutura de corrente, domínio e estrutura secundária : você pode usar o clique "Análise> desenho animado 2D" para mostrar desenhos animados 2D nos níveis de cadeia, domínio e estrutura secundária.
Mapa de contato para qualquer resíduo selecionado : você pode clicar no menu "Análise> mapa de contato" para mostrar o mapa de contato interativo para qualquer resíduo selecionado. Você pode exportar o mapa em PNG ou SVG.
More features are listed at www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/icn3d.html: binding site, interaction interface, 3D printing, transmembrane proteins, surface, EM map, electron density map from MTZ, CCP4, or DSN6, 1D sequences and 2D interactions, align two structures, align multiple chains, align a protein Sequência de uma estrutura, realinhe, faixas personalizadas, gráfico direcionado à força para interações, área de superfície acessível ao solvente, etc.
O ICN3D pode ser incorporado em uma página da web, incluindo o URL no html iframe, por exemplo, src = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?mmdbid=1tup&width=300&height=300&showCommand=0&mobilemenu=1&showtitle=0" width = 320 "320" 320 "320" 320 "320" 320 "320" 320 "300" 300 "300" 300 "300" 300 "300" 300 "300" 300 "300" 300 "300" 300 "300" 300 "300" 300 "300" 300 "300" 300 "300. Este método sempre mostra a versão mais recente do ICN3D.
Para incorporar o ICN3D com as bibliotecas JavaScript, as seguintes bibliotecas precisam ser incluídas: JQuery, JQuery UI, Three.Js e ICN3D Library. Uma tag HTML DIV para segurar o visualizador 3D é adicionada. O widget ICN3D é inicializado com o parâmetro personalizado "CFG": "Seja icn3DUI = new ICN3D.icn3DUI (CFG); aguarda icn3dui.show3dStructure ();". Vários widgets ICN3D podem ser incorporados em uma única página. Consulte o código -fonte da página de exemplo para referência.
Os usuários podem optar por mostrar a versão mais recente do ICN3D, ou uma versão bloqueada do ICN3D. Para mostrar a versão mais recente, use os arquivos da biblioteca sem a versão Postfix, conforme mostrado na página do ICN3D Doc. Para mostrar uma versão bloqueada, use os arquivos da biblioteca com a versão Postfix, conforme mostrado no código -fonte da página ICN3D. Se a entrada for fornecida como um ID do MMDB, os arquivos da biblioteca e o back -end CGIs serão versionados para que a tela 3D seja estável.
O ICN3D aceita os seguintes IDs:
O ICN3D também aceita os seguintes tipos de arquivo: PDB, MMCIF, MOL2, SDF, XYZ e ICN3D PNG. Os arquivos podem ser passados através de um URL, por exemplo, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=pdb&url=https://storage.googleap.com/membranome-assets/pdb_files https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=mmcif&url=https://files.rcsb.org/download/1gpk.cif, ou https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://api.figshare.com/v2/file/download/39125801. Consulte a página de ajuda ou a página do documento para obter mais detalhes.
Se você deseja criar seu código facilmente, precisará instalar o NodeJS e o NPM.
Em seguida, clone este repositório e execute as seguintes etapas de configuração em sua cópia de trabalho do ICN3D.
npm config set -g production false
npm install -g gulp
npm install
npm install [email protected]
delete package-lock.json
A primeira linha define o padrão do NPM como DEV para que todos os módulos sejam instalados. A segunda linha instala a ferramenta Gulp Build em todo o mundo, disponibilizando o comando gulp na linha de comando. A terceira linha instala todos os módulos. A quarta linha altera a versão do UGLIFY-JS para uma versão antiga, que não comprime nomes de classe. A última linha pode ser necessária para uma nova compilação para remover o pacote antigo, lock.json.
Você só precisa executar as etapas acima uma vez, para configurar seu diretório de trabalho. A partir de então, para construir, basta entrar:
gulp
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Bioinformática. 2020 Jan 1; 36 (1): 131-135. doi: 10.1093/bioinformatics/btz502.
Para citar o ICN3D, por favor, faça referência:
Wang J, Youkharibache P, Zhang D, Lanczycki CJ, Geer RC, Madej T, Phan L, Ward M, Lu S, Marchler GH, Wang Y, Bryant SH, Geer LY, Marchler-Bauer A. ICN3D, um visualizador 3D baseado na Web para compartilhar 1d/2d/3d/3d Representes. Bioinformática . 2020 1 de janeiro; 36 (1): 131-135. (Epub 2019 20 de junho.) Doi: 10.1093/bioinformatics/btz502. PubMed PMID: 31218344, texto completo no Oxford Academic
Wang J, Youkharibache P, Marchler-Bauer A, Lanczycki C, Zhang D, Lu S, Madej T, Marchler GH, Cheng T, Chong LC, Zhao S, Yang K, Lin J, Cheng Z, Dunn R, Malkaram Sa, Tai Ch, Enoma D, Busby B, JOHNSON NL, Ferramenta de Análise Estrutural do Visualizador no modo em lote. Frente. Mol. Biosci. 2022 9: 831740. (Epub 2022 17 de fevereiro) doi: 10.3389/fmolb.2022.831740. PubMed PMID: 35252351, texto completo nas fronteiras
