icn3d
v3.40.0
“我在3D中看到”（ICN3D）结构查看器不仅是基于Web的3D查看器，而且是使用基于NPM软件包ICN3D的NodeJS脚本进行交互式或在批处理模式下进行批处理模式。 ICN3D同步了3D结构，2D相互作用和1D序列和注释的显示。用户的自定义显示可以保存在短URL或PNG图像中。 ICN3D的完整软件包，包括三个和jQuery，在使用“代码”按钮的源代码后，在目录“ DIST”中。您可以单击“ DIST”目录中的文件“ index.html”以启动ICN3D的本地版本。
查看ICN3D中的3D结构：打开链接https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d，输入PDB ID，然后单击“加载”。您还可以将“文件”菜单单击“打开文件”或输入其他ID。
如菜单“帮助>变换提示”中所述，您可以使用左鼠标按钮进行旋转，中间鼠标滚轮进行缩放以及右鼠标按钮进行翻译。
使用ICN3D的最重要点是当前选择。任何关于颜色，样式等的操作都在进行当前选择。默认情况下，选择所有原子。选择任何子集后，您的操作只能在子集上使用。您可以使用帮助菜单旁边的切换切换选择。
ICN3D中的VR和AR视图：虚拟现实（VR）和增强现实（AR）视图在此视频中显示。
您可以在虚拟现实（VR）耳机中打开一个bowser，并在ICN3D中查看3D结构。然后单击浏览器底部中心的按钮“ Enter VR”以输入VR视图。您可以使用扳机按钮选择残留物，使用挤压按钮打开菜单，然后用扳机单击菜单，用拇指向前/向后按下拇指，然后按扳机。有用于选择，样式，颜色和分析的菜单。在单击“交互”按钮之前，您需要进行一个选择，然后在单击“距离”按钮之前进行两个选择。
目前，使用Android手机在Chrome浏览器中仅可用于ICN3D视图。您可以在ICN3D中查看一个3D结构，然后单击“启动”按钮在底部中心以查看周围的3D结构。您可以在屏幕上快速点击两次，以在挖掘的位置找到最小化的3D结构，然后捏合以缩放3D结构。
创建自定义3D视图：您首先在“文件”菜单中打开一个结构，然后在“选择”菜单中选择一个子集，仅在视图菜单中单击“仅视图选择”，最终在“样式”和“颜色”菜单中更改样式或颜色。
每个操作都有一个相应的命令，如https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/icn3d/icn3d.html#commands。这些命令将显示在3D显示下方的命令/日志窗口中。要查看所有以前的命令，您可以单击“文件”菜单中的“共享链接”。原始URL和短URL均可用于显示您的自定义视图。
保存您的工作：您可以在菜单中保存“ ICN3D PNG映像”文件>“保存文件”。 PNG文件和HTML文件都保存。单击HTML文件查看PNG图像，该图像通过缩短URL链接到自定义显示。下载的“ ICN3D PNG图像”本身也可以用作菜单“文件>“打开文件””中的输入来重现自定义显示。您可以将这些HTML文件组合起来以生成自己的画廊。
“ ICN3D PNG图像”也可以存储在Web服务器中（例如，https://figshare.com，https://zenodo.org）。然后可以通过URL将PNG图像加载到ICN3D中https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://zenodo .org/api/files/1A3325C8-0C84-4F1E-BE2C-C143B08C6563/3GVU-XCXR6FSTMXHXR3O1A.PNG，从https://zenodo.org/api/records/7599970在JSON BLOB中检索PNG图像的URL。
您还可以将“共享链接”保存在“文件”菜单中，以与您的同事共享。这些URL是终生的。您可以单击“重播每个步骤>在“文件”菜单中，以了解如何生成自定义显示。
所有“共享链接” URL可以通过单击“打开文件>“共享”链接中的iCN3D的存档版本显示原始视图。在“文件”菜单中。
Python脚本到批处理过程结构：Python脚本可用于处理3D结构（例如，批处理模式出口二级结构，PNG图像或分析输出）。示例脚本在ICN3DPYTHON上。
使用NPM“ ICN3D”到批处理过程结构：您可以通过调用ICN3D函数来编写node.js脚本。这些脚本可用于以批处理模式处理3D结构（例如，计算交互）。示例脚本在ICN3DNODE上。
AlphaFold结构的注释：对于任何自定义结构，例如Alphafold结构，您都可以显示保守的域和3D域注释。对于Alphafold结构，您还可以显示SNP和Clinvar注释。
对齐Alphafold结构：您可以将Alphafold结构或PDB结构与菜单“文件> ALIGN>多个链”相提并论。您还可以照常加载任何结构，然后加载自定义的PDB文件，其中包括菜单“文件>“打开文件”> pdb文件（附加功能）”，然后将这些结构与菜单“文件”>“ realign选择> by Construct Alignment”相关联。
3D中的替代SNP ：您可以通过单击菜单“分析>序列和注释”，“详细信息”，复选框“ SNP”和SNP上的MouseOver来替代SNP的3D野生类型和SNP的突变体。
Delphi静电电位：您可以在菜单“分析> Delphi电位”中查看Delphi静电电位。
同工型和外显子：您可以通过单击“序列和注释”窗口中的“添加轨道”窗口“分析”>“序列和注释”中的“添加曲目”来查看同工型和外显子。
对称性：您可以使用SYMD动态计算对称性的预算对称性。
在Jupyter笔记本中使用ICN3D ：您可以在Jupyter Notebook中使用ICN3D，并带有窗口小部件“ ICN3DPY”。这些说明在pypi.org/project/icn3dpy上。
链，域和二级结构级别中的2D漫画：您可以使用单击“分析> 2D卡通”来显示链，域和二级结构水平中的2D卡通。
任何选定残留物的联系地图：您可以单击菜单“分析>联系人地图”，以显示任何选定残基的交互式联系地图。您可以以PNG或SVG导出地图。
More features are listed at www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/icn3d.html: binding site, interaction interface, 3D printing, transmembrane proteins, surface, EM map, electron density map from MTZ, CCP4, or DSN6, 1D sequences and 2D interactions, align two structures, align multiple chains, align a结构，重新调整，自定义轨道的蛋白质序列，用于相互作用的力指向图，溶剂可访问的表面积等。
可以通过在html iframe中加入url，例如<iframe，可以将ICN3D嵌入网页src =“ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/ICN3D/?mmdbid=1Tup&width = 300＆height = 300＆showcommand = 0&showcommand＆showcommand＆obobilemenu = 1＆mobilemenu = 1＆showtitle = 0.此方法始终显示ICN3D的最新版本。
要将ICN3D与JavaScript库嵌入，需要包括以下库：jQuery，jQuery UI，Trix.js和ICN3D库。添加了一个用于保存3D查看器的HTML DIV标签。 ICN3D小部件是使用自定义的参数“ CFG”初始化的：“ LET ICN3DUI = new ICN3D.ICN3DUI（CFG）;等待ICN3DUI.SHOW3STRUCTURE（）;”。多个ICN3D小部件可以嵌入单个页面中。请参阅示例页面的源代码以获取参考。
用户可以选择显示ICN3D的最新版本或ICN3D的锁定版本。要显示最新版本，请使用ICN3D文档页面中所示的没有版本后缀的库文件。要显示锁定版本，请使用ICN3D页面源代码所示的版本后缀中的库文件。如果将输入作为MMDB ID提供，则将库文件和后端CGIS均已版，因此3D显示器将是稳定的。
ICN3D接受以下ID：
ICN3D还接受以下文件类型：PDB，MMCIF，MOL2，SDF，XYZ和ICN3D PNG。 The files can be passed through a url, eg, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/?type=pdb&url=https://storage.googleapis.com/membranome-assets/pdb_files/proteins/FCG2A_HUMAN.pdb, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=mmcif&url=https://files.rcsb.org/download/1gpk.cif，或https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://api.figshare.com/v2/file.file/file/file/file/download/39125801。有关更多详细信息，请参见“帮助”页面或文档页面。
如果要轻松构建代码，则需要安装nodejs和npm。
接下来，克隆此存储库，然后在ICN3D工作副本中执行以下设置步骤。
npm config set -g production false
npm install -g gulp
npm install
npm install [email protected]
delete package-lock.json
第一行将NPM默认设置为DEV，以便将安装所有模块。第二行将在全球安装GULP构建工具，使命令行上的gulp命令可用。第三行安装所有模块。第四行将uglify-js的版本更改为旧版本，该版本不会压缩类名称。新构建可能需要最后一行才能删除旧的包装锁。
您只需执行以上步骤一次即可设置工作目录。从那时起，要构建，只需输入：
gulp
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生物信息学。 2020年1月1日； 36（1）：131-135。 doi：10.1093/bioinformatics/btz502。
引用ICN3D，请参考：
Wang J，Youkharibache P，Zhang D，Lanczycki CJ，Geer RC，Madej T，Phan L，Ward M，Lu S，Lu S，Marchler GH，Wang Y，Wang Y，Bryant SH，Geer LY，Marchler-Bauer A. ICN3D，一个基于Web的3D Viewer，用于协议1D/2D/2D/3D代表的3D Viewer。生物信息学。 2020年1月1日； 36（1）：131-135。 （Epub 2019 6月20日。）doi：10.1093/bioinformatics/btz502。 PubMed PMID：31218344，牛津大学全文
Wang J, Youkharibache P, Marchler-Bauer A, Lanczycki C, Zhang D, Lu S, Madej T, Marchler GH, Cheng T, Chong LC, Zhao S, Yang K, Lin J, Cheng Z, Dunn R, Malkaram SA, Tai CH, Enoma D, Busby B, Johnson NL, Tabaro F, Song G, Ge Y. iCn3D: From Web-Based 3D查看器到批处理模式下的结构分析工具。正面。摩尔。 Biosci。 2022 9：831740。 （EPUB 2022 2月17日。）doi：10.3389/fmolb.2022.831740。 PubMed PMID：35252351，Frontiers的全文
