icn3d
v3.40.0
"Ich sehe in 3D" (ICN3D) Structure Viewer ist nicht nur ein webbasiertes 3D-Viewer, sondern auch ein interaktiv oder im Batch-Modus mit NodeJS-Skripten, die auf dem NPM-Paket ICN3D basieren. ICN3D synchronisiert die Anzeige der 3D -Struktur, der 2D -Interaktion sowie der 1D -Sequenzen und Anmerkungen. Die benutzerdefinierte Anzeige der Benutzer kann in einer kurzen URL oder einem PNG -Bild gespeichert werden. Das komplette Paket von ICN3D einschließlich drei.js und jQuery befindet sich im Verzeichnis "Dist", nachdem Sie den Quellcode mit der Schaltfläche "Code" erhalten haben. Sie können im Verzeichnis "Dist" auf die Datei "index.html" klicken, um eine lokale Version von ICN3D zu starten.
Sehen Sie sich eine 3D -Struktur in ICN3D an : Öffnen Sie den Link https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d, geben Sie eine PDB -ID ein und klicken Sie auf "Laden". Sie können auch das Menü auf "Datei" klicken, um die Datei zu öffnen oder andere IDs einzugeben.
Wie im Menü "Help> Transformation Tipps" erwähnt, können Sie die linke Maustaste zum Drehen, zum Zoomen mit mittlerem Maus und zum Zoomen und zur rechten Maustaste zur Übersetzung verwenden.
Der wichtigste Punkt bei der Verwendung von ICN3D ist die aktuelle Auswahl. Alle Operationen für Farbe, Stil usw. arbeiten an der aktuellen Auswahl. Standardmäßig werden alle Atome ausgewählt. Sobald Sie eine Teilmenge ausgewählt haben, funktioniert Ihr Betrieb nur auf der Teilmenge. Sie können die Auswahl mit dem Umschalten neben dem Hilfsmenü umschalten.
VR- und AR -Ansichten in ICN3D : Die Virtual Reality (VR) und Augmented Reality (AR) -Ansicht werden in diesem Video gezeigt.
Sie können einen Bowser in Ihrem Virtual Reality (VR) -Headset (VR) öffnen und eine 3D -Struktur in ICN3D anzeigen. Klicken Sie dann auf die Schaltfläche "VR" in der unteren Mitte Ihres Browsers, um die VR -Ansicht einzugeben. Sie können Rückstände mit der Trigger -Taste auswählen, das Menü mit der Squeeze -Taste öffnen und mit dem Trigger auf Menüs klicken, mit dem Daumenstift nach vorne/rückwärts gedrückt werden und den Abzug drücken. Es gibt Menüs für Auswahl, Stil, Farbe und Analyse. Sie müssen eine Auswahl treffen, bevor Sie auf die Interaktionstaste klicken und zwei Auswahlen treffen, bevor Sie auf die Schaltfläche Distanz klicken.
Die Augmented Reality (AR) -Ansicht (AR) ist derzeit nur für ICN3D -Ansichten im Chrome -Browser mit Android -Telefonen verfügbar. Sie können eine 3D -Struktur in ICN3D anzeigen und auf die Schaltfläche "Start AR" in der unteren Mitte klicken, um die 3D -Struktur in Ihrer Umgebung anzuzeigen. Sie können zweimal schnell auf dem Bildschirm tippen, um eine minimierte 3D -Struktur in Ihrem abgebildeten Standort zu finden und die 3D -Struktur zu skalieren.
Erstellen Sie benutzerdefinierte 3D -Ansicht : Sie öffnen zuerst ein Struktur in "Datei" -Menü und wählen Sie eine Teilmenge in "Menü" Menü "," Sehen Sie sich nur die ausgewählte Teilmenge "an, indem Sie im Menü" Nur Auswahl anzeigen "klicken. Schließlich ändern Sie die Stile oder Farben in" Stil "und" Farbe ".
Jede Operation hat einen entsprechenden Befehl, der unter https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/icn3d.html#commands aufgeführt ist. Diese Befehle werden im Befehl/Protokollfenster rechts unter der 3D -Anzeige angezeigt. Um alle vorherigen Befehle anzuzeigen, können Sie im Menü "Datei" auf "Link" klicken. Sowohl die ursprüngliche URL als auch die kurze URL können verwendet werden, um Ihre benutzerdefinierte Ansicht anzuzeigen.
Speichern Sie Ihre Arbeit : Sie können "ICN3D PNG Image" im Menü "Datei> Datei speichern" speichern. Sowohl die PNG -Datei als auch eine HTML -Datei werden gespeichert. Klicken Sie auf die HTML -Datei, um das PNG -Bild anzuzeigen, das über eine Shorten -URL mit der benutzerdefinierten Anzeige verknüpft ist. Das heruntergeladene "ICN3D -PNG -Bild" selbst kann auch als Eingabe im Menü "Datei> Datei öffnen" verwendet werden, um die benutzerdefinierte Anzeige zu reproduzieren. Sie können diese HTML -Dateien kombinieren, um Ihre eigenen Galerien zu generieren.
Das "ICN3D PNG Image" kann auch in einem Webserver gespeichert werden (z. B. https://figshare.com, https://zenodo.org). Das PNG -Bild kann dann über die URL in ICN3D geladen werden, z. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://zenodo .org/api/Dateien/1A3325C8-0C84-4F1E-BE2C-C143B08C6563/3GVU-XCXR6FSTMXHXR3O1A.PNG, wobei die URL des PNG -Bildes aus dem JSON -Blob unter https://zenodo.org/api/records/7599970 abgerufen wird.
Sie können auch "Datei" "Share Link" in "Datei" speichern, um sie mit Ihren Kollegen zu teilen. Diese URLs sind lebenslang. Sie können in "Datei" -Menü "jeden Schritt wiedergeben" klicken, um zu erfahren, wie eine benutzerdefinierte Anzeige generiert wurde.
Alle URLs "Share -Link" können die ursprüngliche Ansicht mit der archivierten Version von ICN3D anzeigen, indem Sie klicken, indem Sie auf "Datei öffnen> Link in archiviertem Verhut teilen." Im Menü "Datei".
Python -Skripte zum Batch -Prozessstrukturen : Python -Skripte können verwendet werden, um 3D -Strukturen (z. B. sekundäre Strukturen exportieren, PNG -Bilder oder Analyseausgabe) im Batch -Modus zu verarbeiten. Die Beispielskripte finden Sie bei ICN3DPython.
Node.js -Skripte mit NPM "ICN3D" zu Batch -Prozessstrukturen : Sie können das NPM "ICN3D" -Paket herunterladen, um Node.js -Skripte zu schreiben, indem Sie ICN3D -Funktionen aufrufen. Diese Skripte können verwendet werden, um 3D -Strukturen (z. B. die Berechnung von Interaktionen) im Stapelmodus zu verarbeiten. Die Beispielskripte finden Sie bei ICN3DNode.
Anmerkungen für Alphafold -Strukturen : Für alle benutzerdefinierten Strukturen wie Alphafold -Strukturen können Sie konservierte Domain- und 3D -Domänenanmerkungen zeigen. Bei Alphafold -Strukturen können Sie auch SNP- und Clinvar -Anmerkungen zeigen.
Alphafold -Strukturen ausrichten : Sie können Alphafold -Strukturen oder PDB -Strukturen mit dem Menü "Datei> Ausrichtung> Mehrere Ketten" oder "Datei> Ausrichtung> Proteinkomplexe> Zwei Alphafold -Strukturen" ausrichten. Sie können auch wie üblich alle Strukturen laden und Ihre benutzerdefinierte PDB -Datei mit dem Menü "Datei> Datei öffnen> PDB -Datei (Appendable)" "laden und diese Strukturen dann mit dem Menü" Datei> Realign Selection> By Structure Alignment "vermitteln.
Alternative SNPs in 3D : Sie können sich in 3D -Wildtyp und Mutante von SNPs wechseln, indem Sie auf das Menü "Analyse> Sequenzen & Annotationen", die Registerkarte "Details", das Kontrollkästchen "SNP" und Mausover auf SNPs klicken.
Elektrostatisches Delphi -Potential : Sie können das elektrostatische Delphi -Potential im Menü "Analyse> Delphi -Potential" anzeigen.
Isoformen und Exons : Sie können die Isoformen und Exons anzeigen, indem Sie auf die Schaltfläche "Track hinzufügen" im Fenster "Sequenzen und Annotationen" über das Menü "Analyse> Sequenzen & Anmerkungen" klicken.
Symmetrie : Sie können eine vorgebaute Symmetrie zeigen oder Symmetrie dynamisch unter Verwendung von SYMD berechnen.
Verwenden Sie ICN3D in Jupyter Notebook : Sie können ICN3D im Jupyter -Notizbuch mit dem Widget "ICN3DPY" verwenden. Die Anweisungen finden Sie unter pypi.org/project/icn3dpy.
2D -Cartoons in der Kette-, Domänen- und Sekundärstrukturebene : Sie können Klick "Analyse> 2D -Cartoon" verwenden, um 2D -Cartoons in der Kette-, Domänen- und Sekundärstrukturebene anzuzeigen.
Kontaktkarte für ausgewählte Rückstände : Klicken Sie auf das Menü "Analyse> Kontaktkarte", um die interaktive Kontaktkarte für ausgewählte Rückstände anzuzeigen. Sie können die Karte in PNG oder SVG exportieren.
More features are listed at www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/icn3d/icn3d.html: binding site, interaction interface, 3D printing, transmembrane proteins, surface, EM map, electron density map from MTZ, CCP4, or DSN6, 1D sequences and 2D interactions, align two structures, align multiple chains, Richten Sie eine Proteinsequenz auf eine Struktur aus, realisiert, benutzerdefinierte Tracks, kraftgestützte Graphen für Wechselwirkungen, lösungsmittel zugängliche Oberfläche usw.
ICN3D kann in eine Webseite eingebettet werden, indem die URL in HTML Iframe, z. B. Iframe, aufgenommen wird src = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?mmdbid=1tup&width=300&height=300&showcommand=0&mobilemenu=1&showtitle=0" Width = "320" Height = "320" -Sheigh = "320" -Sheight = "320". Diese Methode zeigt immer die neueste Version von ICN3D.
Um ICN3D in JavaScript -Bibliotheken einzubetten, müssen die folgenden Bibliotheken enthalten sein: JQuery, JQuery UI, Three.js und ICN3D -Bibliothek. Ein HTML -DIV -Tag, um den 3D -Betrachter zu halten, wird hinzugefügt. Das ICN3D -Widget wird mit dem benutzerdefinierten definierten Parameter "CFG" initialisiert: "Lassen Sie ICN3dui = new ICN3D.ICN3DUI (CFG); ICN3DUI.Show3DStructure ();"; Mehrere ICN3D -Widgets können in eine einzelne Seite eingebettet werden. Bitte beachten Sie den Quellcode der Beispielseite als Referenz.
Benutzer können die neueste Version von ICN3D oder eine gesperrte Version von ICN3D anzeigen. Um die neueste Version anzuzeigen, verwenden Sie die Bibliotheksdateien ohne das Versionspostfix, wie auf der Seite ICN3D DOC gezeigt. Verwenden Sie die Bibliotheksdateien mit dem Versionspostfix, wie auf dem Quellcode von ICN3D -Seite gezeigt, um eine gesperrte Version anzuzeigen. Wenn die Eingabe als MMDB -ID bereitgestellt wird, werden sowohl Bibliotheksdateien als auch Backend -CGIs so versioniert, dass die 3D -Anzeige stabil ist.
ICN3D akzeptiert die folgenden IDs:
ICN3D akzeptiert auch die folgenden Dateitypen: PDB, MMCIF, Mol2, SDF, XYZ und ICN3D PNG. Die Dateien können durch eine URL weitergeleitet werden, z. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=mmcif&url=https://files.rcsb.org/download/1gpk.cif, OR https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://api.figshare.com/v2/file/download/39125801. Weitere Informationen finden Sie auf der Seite "Help -Seite oder der DOC -Seite.
Wenn Sie Ihren Code problemlos erstellen möchten, müssen Sie NodeJS und NPM installieren.
Klonen Sie als nächstes dieses Repository und führen Sie dann die folgenden Setup -Schritte in Ihrer Arbeitskopie von ICN3D aus.
npm config set -g production false
npm install -g gulp
npm install
npm install [email protected]
delete package-lock.json
Die erste Zeile legt den NPM -Standard als Dev fest, damit alle Module installiert werden. Die zweite Zeile installiert das Gulp -Build -Tool weltweit, wodurch der Befehl gulp in der Befehlszeile verfügbar ist. Die dritte Zeile installiert alle Module. Die vierte Zeile ändert die Version von Uglify-Js in eine alte Version, die die Klassennamen nicht komprimiert. Die letzte Linie kann für einen frischen Build erforderlich sein, um alte Package-Lock.json zu entfernen.
Sie müssen nur einmal die oben genannten Schritte ausführen, um Ihr Arbeitsverzeichnis einzurichten. Geben Sie von da an einfach ein, um zu bauen:
gulp
Bitte senden Sie alle Kommentare an [email protected].
Bioinformatik. 2020 Jan 1; 36 (1): 131-135. doi: 10.1093/bioinformatics/btz502.
Um ICN3D zu zitieren, verweisen Sie bitte:
Wang J, Youkharibache P, Zhang D, Lanczycki CJ, Geer RC, Madej T, Phan L, Ward M, Lu S, Marchler GH, Wang Y, Bryant SH, Geer Ly, Marchler-Bauer A. ICN3D, ein webbasiertes 3D-Betrachter für Sharing 1D/2D/2D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D/3D. Bioinformatik . 2020 Jan 1; 36 (1): 131-135. (EPUB 2019 20. Juni) doi: 10.1093/bioinformatics/btz502. PubMed PMID: 31218344, Volltext bei Oxford Academic
Wang J, Youkharibache P, Marchler-Bauer A, Lanczycki C, Zhang D, Lu S, Madej T, Marchler GH, Cheng T, Chong LC, Zhao S, Yang K, Lin J, Cheng Z, Dunn R, Malkaram Sa, Tai Ch, Enoma D, Busby B, Johnson N, Johnson N, Johnson N, Johnson N, Johnson N, Johnson N, Johnson N, Johnson N, Johnson N, Johnson Nl, Tabaro F. 3D -Betrachter zum Strukturanalyse -Tool im Stapelmodus. Front. Mol. Biosci. 2022 9: 831740. (EPUB 2022 17. Februar) doi: 10.3389/fmolb.2022.831740. PubMed PMID: 35252351, Volltext an Grenzen
