icn3d
v3.40.0
"Je vois dans 3D" (ICN3D) La visionneuse de structure n'est pas seulement une visionneuse 3D basée sur le Web, mais aussi un outil d'analyse de structure de manière interactive ou en mode batch à l'aide de scripts NodeJS basé sur le package NPM ICN3D. ICN3D synchronise l'affichage de la structure 3D, de l'interaction 2D et des séquences 1D et des annotations. L'affichage personnalisé des utilisateurs peut être enregistré dans une URL courte ou une image PNG. Le package complet d'ICN3d, y compris trois.js et jQuery, se trouve dans le répertoire "Dist" après avoir obtenu le code source avec le bouton "Code". Vous pouvez cliquer sur le fichier "index.html" dans le répertoire "DIST" pour lancer une version locale d'ICN3d.
Affichez une structure 3D dans ICN3D : ouvrez le lien https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d, saisissez un ID PDB, puis cliquez sur "Chargez". Vous pouvez également cliquer sur "Fichier" Menu pour "ouvrir le fichier" ou saisir d'autres ID.
Comme mentionné dans le menu "Aide> Indices de transformation", vous pouvez utiliser le bouton de la souris gauche pour la rotation, la roue de la souris moyenne pour le zoom et le bouton de la souris droite pour la traduction.
Le point le plus important sur l'utilisation de l'ICN3d est la sélection actuelle. Toutes les opérations sur la couleur, le style, etc. travaillent sur la sélection actuelle. Par défaut, tous les atomes sont sélectionnés. Une fois que vous avez sélectionné un sous-ensemble, votre opération fonctionnera uniquement sur le sous-ensemble. Vous pouvez changer la sélection à l'aide de la bascule à côté du menu d'aide.
Les vues VR et AR dans ICN3D : les vues de la réalité virtuelle (VR) et de la réalité augmentée (AR) sont montrées dans cette vidéo.
Vous pouvez ouvrir un casser dans votre casque de réalité virtuelle (VR) et afficher une structure 3D dans ICN3D. Cliquez ensuite sur le bouton "Entrez VR" en bas au centre de votre navigateur pour entrer la vue VR. Vous pouvez sélectionner les résidus avec le bouton de déclenchement, ouvrir le menu avec le bouton Squelter et cliquer sur les menus avec la gâchette, naviguer avec le pouce appuyé vers l'avant / vers l'arrière et appuyer sur le déclencheur. Il existe des menus pour sélectionner, style, couleur et analyse. Vous devez effectuer une sélection avant de cliquer sur le bouton d'interaction et de faire deux sélections avant de cliquer sur le bouton Distance.
La vue de réalité augmentée (AR) n'est actuellement disponible que pour les vues ICN3D dans Chrome Browser à l'aide de téléphones Android. Vous pouvez afficher une structure 3D dans ICN3D et cliquer sur le bouton "Démarrer AR" en bas du centre pour voir la structure 3D dans votre environnement. Vous pouvez appuyer sur deux fois rapidement sur l'écran pour localiser une structure 3D minimisée dans votre emplacement taraudé et pincer pour faire évoluer la structure 3D.
Créez une vue 3D personnalisée : vous ouvrez d'abord une structure dans le menu "Fichier", puis sélectionnez un sous-ensemble dans "Sélectionnez" Menu ", affichez uniquement le sous-ensemble sélectionné en cliquant sur" Afficher uniquement la sélection "dans le menu Affichage, modifiez enfin les styles ou les couleurs dans les menus" style "et" couleur ".
Chaque opération a une commande correspondante comme indiqué sur https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/icn3d.html#commands. Ces commandes s'afficheront dans la fenêtre de commande / journal juste sous l'affichage 3D. Pour afficher toutes les commandes précédentes, vous pouvez cliquer sur "Partager le lien" dans le menu "Fichier". L'URL d'origine et l'URL courte peuvent être utilisées pour afficher votre vue personnalisée.
Enregistrez votre travail : vous pouvez enregistrer "Icn3d PNG Image" dans le menu "Fichier> Enregistrer le fichier". Le fichier PNG et un fichier HTML sont enregistrés. Cliquez sur le fichier HTML pour voir l'image PNG, qui est liée à l'affichage personnalisé via une URL de raccourci. L'image PNG "ICN3D" elle-même peut également être utilisée comme entrée dans le menu "Fichier> Ouvrir le fichier" pour reproduire l'affichage personnalisé. Vous pouvez combiner ces fichiers HTML pour générer vos propres galeries.
L'image "ICN3D PNG" peut également être stockée dans un serveur Web (par exemple, https://figshare.com, https://zenodo.org). L'image PNG peut ensuite être chargée dans ICN3D via l'URL, par exemple, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://api.figshare.com/v2/file/download/39125801, ou https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://zenodo .org / api / files / 1a3325c8-0c84-4f1e-be2c-c143b08c6563 / 3gvu-xcxr6fstmxhxr3o1a.png, où l'URL de l'image PNG est récupérée du blob JSON à https://zenodo.org/api/records/7599970.
Vous pouvez également enregistrer le menu "Partager Link" dans "Fichier" pour partager avec vos collègues. Ces URL sont à vie. Vous pouvez cliquer sur "Replay chaque étape> sur" dans le menu "Fichier" pour savoir comment un affichage personnalisé a été généré.
Toutes les URL "Partager Link" peuvent afficher la vue d'origine à l'aide de la version archivée d'ICN3d en cliquant sur "Ouvrir le fichier> Partager le lien dans le ver archivé." Dans le menu "fichier".
Scripts Python aux structures de processus par lots : les scripts Python peuvent être utilisés pour traiter les structures 3D (par exemple, les structures secondaires d'exportation, les images PNG ou la sortie d'analyse) en mode lot. L'exemple de scripts est sur ICN3DPYTHON.
SCRIPTS NODE.JS Utilisation de NPM "ICN3D" Aux Structures de processus par lots : Vous pouvez télécharger le package NPM "ICN3D" pour écrire Node.js Scripts en appelant les fonctions ICN3D. Ces scripts peuvent être utilisés pour traiter les structures 3D (par exemple, calculer les interactions) en mode lot. L'exemple de scripts est sur ICN3DNODE.
Annotations pour les structures Alphafold : pour toutes les structures personnalisées telles que les structures Alphafold, vous pouvez montrer des annotations de domaine et de domaine 3D conservés. Pour les structures Alphafold, vous pouvez également montrer des annotations SNP et Clinvar.
Aligner les structures Alphafold : vous pouvez aligner les structures alphafold ou les structures PDB avec le menu "Fichier> Aligner> plusieurs chaînes" ou "Fichier> Aligner> Complexes de protéines> Deux structures alphafold". Vous pouvez également charger n'importe quelle structure comme d'habitude, puis charger votre fichier PDB personnalisé avec le menu "Fichier> Fichier ouvrir> Fichier PDB (Andable)", puis relâcher ces structures avec le menu "Fichier> Sélection réaligne> par alignement de structure".
Alterner les SNP en 3D : vous pouvez alterner en type sauvage 3D et mutant des SNP en cliquant sur le menu "Analyse> Séquences et annotations", l'onglet "Détails", la case "SNP" et la souris sur SNP.
Potentiel électrostatique de Delphi : vous pouvez afficher le potentiel électrostatique Delphi dans le menu "Analyse> Potentiel Delphi".
Isoformes et exons : vous pouvez afficher les isoformes et les exons en cliquant sur le bouton "Ajouter une piste" dans la fenêtre "Séquences et annotations" via le menu "Analyse> Séquences et annotations".
Symétrie : vous pouvez montrer une symétrie précalculée ou calculer la symétrie dynamiquement en utilisant SYMD.
Utilisez ICN3D dans Jupyter Notebook : vous pouvez utiliser ICN3D dans Jupyter Notebook avec le widget "ICN3DPY". Les instructions sont sur PYPI.org/project/icn3dpy.
Cartons 2D dans la chaîne, le domaine et les niveaux de structure secondaire : vous pouvez utiliser Cliquez sur "Analyse> dessin animé 2D" pour montrer les dessins animés 2D dans les niveaux de chaîne, de domaine et de structure secondaire.
Carte de contact pour tous les résidus sélectionnés : vous pouvez cliquer sur le menu "Analyse> Map de contact" pour afficher la carte de contact interactive pour tous les résidus sélectionnés. Vous pouvez exporter la carte en PNG ou SVG.
D'autres fonctionnalités sont répertoriées sur www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/icn3d.html: site de liaison, interface d'interaction, imprimée 3D, protéines transmembranaires, surface, cartographie EM, cartographie de densité électronique de MTZ, CCP4, ou allignement, alliat, alliage 1d et 2d interactions, alignement, alignement, alligne Une séquence de protéines vers une structure, des pistes personnalisées réelles, un graphique dirigé par la force pour les interactions, une surface accessible au solvant, etc.
ICN3D peut être intégré dans une page Web en incluant l'URL dans HTML Iframe, par exemple <iframe src = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?mmdbid=1tup&width=300&height=300&showcommand=0&mobilemenu=1&showtitle=0" width = "320" height = "320" style = "border: nothere"> </ iframe>. Cette méthode montre toujours la version la plus récente d'ICN3D.
Pour intégrer ICN3d avec les bibliothèques JavaScript, les bibliothèques suivantes doivent être incluses: jQuery, jQuery UI, Three.js et ICN3d Library. Une balise HTML Div pour maintenir la visionneuse 3D est ajoutée. Le widget ICN3D est initialisé avec le paramètre défini personnalisé "CFG": "Laissez ICN3DUI = new ICN3D.icn3Dui (CFG); Await ICN3DUI.Show3DStructure ();". Plusieurs widgets ICN3D peuvent être intégrés dans une seule page. Veuillez consulter le code source de l'exemple de page pour référence.
Les utilisateurs peuvent choisir d'afficher la version la plus récente d'ICN3d, ou une version verrouillée d'ICN3D. Pour afficher la version la plus récente, utilisez les fichiers de la bibliothèque sans la version postfix comme indiqué dans la page DOC ICN3D. Pour afficher une version verrouillée, utilisez les fichiers de bibliothèque avec la version postfix comme indiqué dans le code source de la page ICN3D. Si l'entrée est fournie en ID MMDB, les fichiers de bibliothèque et les CGI backend sont versés afin que l'affichage 3D soit stable.
ICN3D accepte les ID suivants:
ICN3D accepte également les types de fichiers suivants: PDB, MMCIF, MOL2, SDF, XYZ et ICN3D PNG. Les fichiers peuvent être passés par une URL, par exemple, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=pdb&url=https://storage.googleapis.com/membranome-ssets/pdb_files/proteins/fcg2a_human.pdb, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=mmcif&url=https://files.rcsb.org/download/1gpk.cif, ou https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://api.figshare.com/v2/file/download/39125801. Voir la page d'aide ou la page DOC pour plus de détails.
Si vous souhaitez créer votre code facilement, vous devrez installer NodeJS et NPM.
Ensuite, clonez ce référentiel, puis effectuez les étapes de configuration suivantes dans votre copie de travail d'ICN3d.
npm config set -g production false
npm install -g gulp
npm install
npm install [email protected]
delete package-lock.json
La première ligne définit le NPM par défaut en tant que Dev afin que tous les modules soient installés. La deuxième ligne installe l'outil Gulp Build à l'échelle mondiale, ce qui rend la commande gulp disponible sur la ligne de commande. La troisième ligne installe tous les modules. La quatrième ligne modifie la version d'Uglify-js en une ancienne version, qui ne compresse pas les noms de classe. La dernière ligne peut être nécessaire pour une nouvelle construction pour supprimer l'ancien package-Lock.json.
Vous n'avez qu'à effectuer les étapes ci-dessus une fois, pour configurer votre répertoire de travail. Dès lors, pour construire, entrez simplement:
gulp
Veuillez envoyer tous les commentaires à [email protected].
Bioinformatique. 2020 1 janvier; 36 (1): 131-135. doi: 10.1093 / bioinformatique / BTZ502.
Pour citer ICN3d, veuillez référence:
Wang J, Youkharibache P, Zhang D, Lanczycki CJ, Geer RC, Madej T, Phan L, Ward M, Lu S, Marchler GH, Wang Y, Bryant SH, Geer Ly, Marchler-Bauer A. ICN3D, A Viewer 3D basé sur le Web pour partager les représentations 1D / 2D / 3D des structures biomoléculaires. Bioinformatique . 2020 1er janvier; 36 (1): 131-135. (EPUB 2019 20 juin) DOI: 10.1093 / bioinformatique / BTZ502. PubMed PMID: 31218344, texte intégral à Oxford Academic
Wang J, Youkharibache P, Marchler-Bauer A, Lanczycki C, Zhang D, Lu S, Madej T, Marchler GH, Cheng T, Chong LC, Zhao S, Yang K, Lin J, Cheng Z, Dunn R, Malkaram SA, TAI CH, ENOMA D, BUSBY B, JOHNSON NL, Visionneur à l'outil d'analyse structurelle en mode lot. Devant. Mol. Biosci. 2022 9: 831740. (EPUB 2022 17 février) doi: 10.3389 / fmolb.2022.831740. PubMed PMID: 35252351, texte intégral à Frontiers
