icn3d
v3.40.0
"ICN3D (ICN3D) 구조 뷰어는 웹 기반 3D 뷰어 일뿐 만 아니라 NPM 패키지 ICN3D를 기반으로 NODEJS 스크립트를 사용하여 대화식 또는 배치 모드의 구조 분석 도구이기도합니다. ICN3D는 3D 구조, 2D 상호 작용 및 1D 시퀀스 및 주석의 디스플레이를 동기화합니다. 사용자의 사용자 정의 디스플레이는 짧은 URL 또는 PNG 이미지로 저장할 수 있습니다. 3.js 및 jQuery를 포함한 ICN3D의 전체 패키지는 "코드"버튼으로 소스 코드를받은 후 디렉토리 "Dist"에 있습니다. "dist"디렉토리에서 "index.html"파일을 클릭하여 로컬 버전의 ICN3D를 시작할 수 있습니다.
ICN3D에서 3D 구조보기 : 링크 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d 링크를 열고 PDB ID를 입력 한 다음 "로드"를 클릭하십시오. "파일"메뉴를 클릭하여 "파일을 열거나 다른 ID를 입력 할 수도 있습니다.
메뉴 "Help> Transformation Hints"에서 언급했듯이 회전에 왼쪽 마우스 버튼, 축소를위한 중간 마우스 휠 및 오른쪽 마우스 버튼을 사용하여 번역 할 수 있습니다.
ICN3D를 사용하는 데있어 가장 중요한 점은 현재 선택입니다. 색상, 스타일 등에 대한 모든 작업은 현재 선택에서 작업 중입니다. 기본적으로 모든 원자가 선택됩니다. 하위 집합을 선택하면 작업이 서브 세트에서만 작동합니다. 도움말 메뉴 옆의 토글을 사용하여 선택을 전환 할 수 있습니다.
ICN3D의 VR 및 AR보기 : VR (Virtual Reality) 및 증강 현실 (AR)보기 가이 비디오에 표시됩니다.
VR (Virtual Reality) 헤드셋에서 Bowser를 열고 ICN3D에서 3D 구조를 볼 수 있습니다. 그런 다음 브라우저의 하단 중앙에있는 "VR 입력"버튼을 클릭하여 VR보기를 입력하십시오. 트리거 버튼으로 잔류 물을 선택하고 스퀴즈 버튼으로 메뉴를 열고 트리거를 사용하여 메뉴를 클릭하고 썸 스틱을 앞으로/뒤로 눌러 탐색 한 다음 트리거를 누릅니다. 선택, 스타일, 색상 및 분석을위한 메뉴가 있습니다. 상호 작용 버튼을 클릭하기 전에 하나의 선택을하고 거리 버튼을 클릭하기 전에 두 번 선택해야합니다.
증강 현실 (AR)보기는 현재 Android 전화를 사용하여 Chrome 브라우저의 ICN3D보기에서만 사용할 수 있습니다. ICN3D에서 3D 구조를보고 하단 중앙의 "시작"버튼을 클릭하여 주변의 3D 구조를 볼 수 있습니다. 화면에서 두 번 빨리 탭하여 탭 위치에서 최소화 된 3D 구조를 찾아 3D 구조를 확장 할 수 있습니다.
사용자 정의 3D보기 만들기 : 먼저 "파일"메뉴에서 구조를 열고 "선택"메뉴에서 하위 집합을 선택하고, "스타일"및 "색상"메뉴에서 "스타일 또는 색상을 변경하여"선택한 선택 "을 클릭하여 선택한 서브 세트 만보기.
각 작업에는 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/icn3d.html#commands에 나열된 해당 명령이 있습니다. 이 명령은 3D 디스플레이 바로 아래의 명령/로그 창에 표시됩니다. 이전의 모든 명령을 보려면 "파일"메뉴에서 "링크 공유"를 클릭 할 수 있습니다. 원래 URL과 짧은 URL을 모두 사용하여 사용자 정의보기를 표시 할 수 있습니다.
작업 저장 : 메뉴 "파일> 파일 저장"에 "ICN3D PNG Image"를 저장할 수 있습니다. PNG 파일과 HTML 파일이 모두 저장됩니다. html 파일을 클릭하여 PNG 이미지를보십시오. 다운로드 된 "ICN3D PNG 이미지"자체는 메뉴 "파일> 파일 열기"에서 입력으로 사용하여 사용자 정의 디스플레이를 재현 할 수 있습니다. 이 HTML 파일을 결합하여 자신의 갤러리를 생성 할 수 있습니다.
"ICN3D PNG 이미지"는 웹 서버 (예 : https://figshare.com, https://zenodo.org)에 저장 될 수 있습니다. 그런 다음 PNG 이미지는 URL, eG, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://api.figshare.com/v2/v2/file/download/391258011, OR을 통해 ICN3D에로드 할 수 있습니다. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://zenodo .org/api/files/1a3325c8-0c84-4f1e-be2c-c143b08c6563/3gvu-xcxr6fstmxhxr3o1a.png, PNG 이미지의 URL이 https://zenodo.org/api/records/7599970의 JSON Blob에서 검색됩니다.
"파일"메뉴에 "공유 링크"를 저장하여 동료와 공유 할 수도 있습니다. 이 URL은 평생입니다. "파일"메뉴에서 "각 단계를 재생하는"클릭하여 사용자 정의 디스플레이가 어떻게 생성되었는지 알아볼 수 있습니다.
모든 "공유 링크"URL은 "Archived Ver에서 파일 열기> 공유 링크"를 클릭하여 ICN3D의 아카이브 버전을 사용하여 원래보기를 표시 할 수 있습니다. "파일"메뉴에서.
배치 프로세스 구조에 대한 파이썬 스크립트 : 파이썬 스크립트를 사용하여 배치 모드에서 3D 구조 (예 : 2 차 구조, PNG 이미지 또는 분석 출력)를 처리 할 수 있습니다. 예제 스크립트는 ICN3dpython에 있습니다.
NPM "ICN3D"를 사용하여 Node.js 스크립트에 배치 프로세스 구조에 : NPM "ICN3D"패키지를 다운로드하여 ICN3D 기능을 호출하여 Node.js 스크립트를 작성할 수 있습니다. 이 스크립트는 배치 모드에서 3D 구조 (예 : 상호 작용을 계산)를 처리하는 데 사용될 수 있습니다. 예제 스크립트는 ICN3Dnode에 있습니다.
알파 폴드 구조에 대한 주석 : 알파 폴드 구조와 같은 모든 사용자 정의 구조의 경우 보존 된 도메인 및 3D 도메인 주석을 보여줄 수 있습니다. Alphafold 구조의 경우 SNP 및 Clinvar 주석도 표시 할 수도 있습니다.
알파 폴드 구조 정렬 : 메뉴 "파일> 정렬> 다중 체인"또는 "파일> 정렬> 단백질 복합체> 두 개의 알파 폴드 구조"와 알파 폴드 구조 또는 PDB 구조를 정렬 할 수 있습니다. 또한 평소와 같이 구조물을로드 한 다음 "파일> 파일 열기> PDB 파일 (부록)을 사용하여 사용자 정의 PDB 파일을로드 한 다음 메뉴"파일> 실질 선택> 구조 정렬 "과 함께 이러한 구조를 RELADIN하십시오.
3D의 대체 SNPS : 메뉴 "분석> 시퀀스 및 주석", "탭"세부 사항 ","SNP "및 SNP의 마우스 오버를 클릭하여 SNP의 3D 야생형 및 돌연변이 체로 번갈아 가십시오.
델파이 정전기 전위 : 메뉴에서 "분석> 델파이 전위"에서 델파이 정전기 전위를 볼 수 있습니다.
이소 형과 엑손 : 메뉴 "분석> 시퀀스 및 주석"을 통해 "시퀀스 및 주석"창에서 "트랙 추가"버튼을 클릭하여 이소 형과 엑손을 볼 수 있습니다.
대칭 : 사전 계산 된 대칭을 표시하거나 Symd를 사용하여 동적으로 대칭을 계산할 수 있습니다.
Jupyter Notebook에서 ICN3D를 사용하십시오 : Jupyter Notebook에서 위젯 "ICN3DPY"와 함께 ICN3D를 사용할 수 있습니다. 지침은 pypi.org/project/icn3dpy에 있습니다.
체인, 도메인 및 보조 구조 수준의 2D 만화 : "분석> 2D 만화"를 클릭하여 체인, 도메인 및 보조 구조 수준에 2D 만화를 표시 할 수 있습니다.
선택한 잔류 물에 대한 연락처 맵 : "분석> 연락처 맵"을 클릭하여 선택한 잔류 물에 대한 대화식 연락처 맵을 표시 할 수 있습니다. PNG 또는 SVG에서지도를 내보낼 수 있습니다.
더 많은 기능이 www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/icn3d.html에 나열되어 있습니다 : 바인딩 부위, 상호 작용 인터페이스, 3D 프린팅, 막 횡단 단백질, 표면, EM MAP, MTZ, CCP4 또는 DSN6, 1D 상호 작용, Align Multiple Structions, Align Multiple Structions, Align Multiple Structions의 전자 밀도 맵 단백질 서열, 구조, 재정렬, 맞춤형 트랙, 상호 작용을위한 힘 지시 그래프, 용매 접근 가능한 표면적 등.
ICN3D src = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?mmdbid=1tup&width=300&height=300&showcommand=0&mobilemenu=1&showtitle=0"320 ""320 ""</iframe "". 이 방법은 항상 최신 버전의 ICN3D를 보여줍니다.
JavaScript 라이브러리와 함께 ICN3D를 포함하려면 다음 라이브러리가 포함되어야합니다 : JQuery, JQuery UI, Three.JS 및 ICN3D 라이브러리. 3D 뷰어를 유지하기위한 HTML DIV 태그가 추가됩니다. ICN3D 위젯은 사용자 정의 정의 매개 변수 "CFG"로 초기화됩니다. 여러 ICN3D 위젯을 단일 페이지에 포함시킬 수 있습니다. 참조는 예제 페이지의 소스 코드를 참조하십시오.
사용자는 최신 버전의 ICN3D 또는 잠긴 버전의 ICN3D를 표시하도록 선택할 수 있습니다. 최신 버전을 표시하려면 ICN3D DOC 페이지에 표시된대로 PostFix 버전없이 라이브러리 파일을 사용하십시오. 잠긴 버전을 표시하려면 ICN3D 페이지의 소스 코드에 표시된대로 PostFix 버전의 라이브러리 파일을 사용하십시오. 입력이 MMDB ID로 제공되면 라이브러리 파일과 백엔드 CGI가 모두 버전으로 표시되어 3D 디스플레이가 안정적입니다.
ICN3D는 다음 ID를 수락합니다.
ICN3D는 또한 다음 파일 유형을 수용합니다 : PDB, MMCIF, MOL2, SDF, XYZ 및 ICN3D PNG. 파일은 URL, 예를 들어, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=pdb&url=https://storage.googleapis.com/membranome-assets/pdb_files/proteins/fcg2a_human.pdb, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=mmcif&url=https://files.rcsb.org/download/1gpk.cif, 또는 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/icn3d/?type=icn3dpng&url=https://api.figshare.com/v2/file/download/39125801. 자세한 내용은 도움말 페이지 또는 문서 페이지를 참조하십시오.
코드를 쉽게 구축하려면 Nodejs 및 NPM을 설치해야합니다.
다음 으로이 저장소를 복제 한 다음 ICN3D의 작업 사본에서 다음 설정 단계를 수행하십시오.
npm config set -g production false
npm install -g gulp
npm install
npm install [email protected]
delete package-lock.json
첫 번째 줄은 NPM 기본값을 DEV로 설정하여 모든 모듈이 설치되도록합니다. 두 번째 줄은 Gulp 빌드 도구를 전 세계적으로 설치하므로 명령 줄에서 gulp 명령을 사용할 수 있습니다. 세 번째 줄은 모든 모듈을 설치합니다. 네 번째 줄은 Uglify-JS 버전을 이전 버전으로 변경하여 클래스 이름을 압축하지 않습니다. 오래된 패키지 lock.json을 제거하기 위해 새로운 빌드에 마지막 줄이 필요할 수 있습니다.
작업 디렉토리를 설정하려면 위의 단계 만 한 번만 수행하면됩니다. 그때부터 건축하려면 간단히 입력하십시오.
gulp
모든 의견을 [email protected]로 보내주십시오.
생물 정보학. 2020 년 1 월 1 일; 36 (1) : 131-135. doi : 10.1093/bioinformatics/btz502.
ICN3D를 인용하려면 참조하십시오.
Wang J, Youkharibache P, Zhang D, Lanczycki CJ, Geer RC, Madej T, Phan L, Ward M, Lu S, Marchler GH, Wang Y, Bryant SH, Geer LY, Marchler-Bauer A. ICN3D, Biomolecular Structure의 1D/2D/3D 표현을위한 웹 기반 3D 시청자. 생물 정보학 . 2020 년 1 월 1 일; 36 (1) : 131-135. (Epub 2019 6 월 20 일) DOI : 10.1093/bioinformatics/btz502. PubMed PMID : 31218344, Oxford Academic의 전문
Wang J, Youkharibache P, Marchler-Bauer A, Lanczycki C, Zhang D, Lu S, Madej T, Marchler GH, Cheng T, Chong LC, Zhao S, Yang K, Lin J, Cheng Z, Dunn R, Malkaram SA, Tai CH, Enoma D, Busby B, Johnson NL, Tabaro F, Song G, Ge . 배치 모드에서 구조 분석 도구에 대한 뷰어. 앞쪽. 몰. Biosci. 2022 9 : 831740. (Epub 2022 Feb 17.) doi : 10.3389/fmolb.2022.831740. PubMed PMID : 35252351, Frontiers의 전문
